| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S03E01 | 新学期スタート！波乱の予感 |
October 4, 2006
TV Tokyo
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| S03E02 | 十代と宝玉獣デッキのヨハン |
October 11, 2006
TV Tokyo
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| S03E03 | ネオ・スペーシアンＶＳ宝玉獣 |
October 18, 2006
TV Tokyo
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| S03E04 | プロフェッサー・コブラの刺客 |
November 1, 2006
TV Tokyo
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| S03E05 | 十代と炎のオブライエン |
November 8, 2006
TV Tokyo
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| S03E06 | ティラノ剣山と化石竜のジム |
November 15, 2006
TV Tokyo
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| S03E07 | 万丈目と雲デッキのアモン |
November 22, 2006
TV Tokyo
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| S03E08 | サンダーＶＳアイ・オブ・ザ・タイフーン |
November 29, 2006
TV Tokyo
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| S03E09 | 十代ＶＳ裏切りのＥ（エレメンタル）ヒーロー |
December 6, 2006
TV Tokyo
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| S03E10 | 絶体絶命！傷だらけのヒーロー |
December 13, 2006
TV Tokyo
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| S03E11 | 精霊狩りのギース |
December 20, 2006
TV Tokyo
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| S03E12 | 宝玉獣ＶＳ地獄の番犬（ヘル・ガンドッグ） |
December 27, 2006
TV Tokyo
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| S03E13 | 決戦！十代ＶＳプロフェッサー・コブラ |
January 4, 2007
TV Tokyo
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| S03E14 | 恐怖！毒蛇王ヴェノミノン |
January 10, 2007
TV Tokyo
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| S03E15 | トリプルコンタクト融合！マグマ・ネオス |
January 17, 2007
TV Tokyo
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| S03E16 | 異世界での戦い！宝玉獣ＶＳハーピィレディ |
January 24, 2007
TV Tokyo
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| S03E17 | 砂漠のサバイバル！ヨハンＶＳ蟻地獄 |
January 31, 2007
TV Tokyo
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| S03E18 | デュエルアカデミア危機！ゾンビ生徒の恐怖！ |
February 7, 2007
TV Tokyo
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| S03E19 | レイ救出作戦！Ｅ・ヒーローＶＳ堕天使ナース |
February 14, 2007
TV Tokyo
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| S03E20 | 学園分裂！腹ペコデュエル |
February 21, 2007
TV Tokyo
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| S03E21 | ヨハン・ジム・オブライエンＶＳ仮面の三騎士 |
February 28, 2007
TV Tokyo
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| S03E22 | Unknown |
March 7, 2007
TV Tokyo
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| S03E23 | 封印を破りし者・マルタン |
March 14, 2007
TV Tokyo
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| S03E24 | 宝玉獣ＶＳサイバー・エンド・ドラゴン |
March 21, 2007
TV Tokyo
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| S03E25 | 三幻魔の脅威！十代ＶＳマルタン |
March 28, 2007
TV Tokyo
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| S03E26 | レインボードラゴン覚醒 |
April 4, 2007
TV Tokyo
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| S03E27 | エースカード大集合！！開け、次元の扉！ |
April 11, 2007
TV Tokyo
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| S03E28 | 生死を賭けた決闘（デュエル） |
April 18, 2007
TV Tokyo
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| S03E29 | 十代VS暗黒界の斥候スカー |
April 25, 2007
TV Tokyo
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| S03E30 | 十代VS暗黒界の騎士ズール |
May 2, 2007
TV Tokyo
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| S03E31 | 十代VS暗黒界の狂王ブロン |
May 9, 2007
TV Tokyo
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| S03E32 | 邪心教典発動！暗黒界の魔神レイン |
May 16, 2007
TV Tokyo
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| S03E33 | 翔の決意！「友情の証」 |
May 23, 2007
TV Tokyo
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| S03E34 | 覇王降臨・死の決闘者（デュエリスト）たち |
May 30, 2007
TV Tokyo
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| S03E35 | ダーク・フュージョン！インフェルノ・ウイング！！ |
June 6, 2007
TV Tokyo
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| S03E36 | 空前絶後・超融合発動！ |
June 13, 2007
TV Tokyo
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| S03E37 | 恐怖の覇王！彷徨えるオブライエン |
June 20, 2007
TV Tokyo
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| S03E38 | 勝ち残る者が正義！覇王ＶＳオブライエン |
June 27, 2007
TV Tokyo
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| S03E39 | ヴォルカニック･デビルＶＳ最凶のイービル・ヒーロー |
July 4, 2007
TV Tokyo
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| S03E40 | 発動！究極封印解放儀式術 |
July 11, 2007
TV Tokyo
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| S03E41 | 究極封印神エクゾディオス召喚！ |
July 18, 2007
TV Tokyo
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| S03E42 | 封印された融合 |
July 25, 2007
TV Tokyo
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| S03E43 | 因縁の対決！サイバー流ＶＳ宝玉獣 |
August 8, 2007
TV Tokyo
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| S03E44 | 究極ドラゴン対決！サイバー･エンドＶＳレインボー・ダーク |
August 15, 2007
TV Tokyo
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| S03E45 | 魔神対決！幻魔ＶＳエクゾディア |
August 22, 2007
TV Tokyo
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| S03E46 | “ユベル”召喚！ |
August 29, 2007
TV Tokyo
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| S03E47 | ネオスＶＳアドバンスド宝玉獣 |
September 5, 2007
TV Tokyo
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| S03E48 | 超融合発動！レインボー・ネオス |
September 12, 2007
TV Tokyo
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| S03E49 | 選ばれしカード対決！エレメンタル・ヒーローＶＳユベル |
September 19, 2007
TV Tokyo
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| S03E50 | 甦る覇王十代！ |
September 26, 2007
TV Tokyo
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| S03E51 | レインボー・ネオスＶＳユベル究極態 |
October 3, 2007
TV Tokyo
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| S03E52 |
十代復活！？新たなる旅立ち
season finale
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October 10, 2007
TV Tokyo
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