| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S04E01 | 新たなる闇の鼓動 |
February 18, 2003
TV Tokyo
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| S04E02 | オレイカルコスの結界 |
February 25, 2003
TV Tokyo
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| S04E03 | 名もなき竜 ティマイオス |
March 4, 2003
TV Tokyo
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| S04E04 | ペガサスからの招待状 |
March 11, 2003
TV Tokyo
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| S04E05 | トゥーンワールドの悪夢 |
March 18, 2003
TV Tokyo
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| S04E06 | 目覚めよ！クリティウス |
April 8, 2003
TV Tokyo
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| S04E07 | 予期せぬ敵 |
April 15, 2003
TV Tokyo
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| S04E08 | 闇に堕ちた舞 |
April 22, 2003
TV Tokyo
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| S04E09 | よみがえれ！ 第三の竜 |
April 29, 2003
TV Tokyo
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| S04E10 | ヘルモスの奇跡 |
May 6, 2003
TV Tokyo
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| S04E11 | ターゲットは名もなき王（ファラオ） |
May 13, 2003
TV Tokyo
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| S04E12 | 遊戯 vs ラフェール 鉄壁のガーディアンデッキ |
May 20, 2003
TV Tokyo
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| S04E13 | ドーマの真実 |
May 27, 2003
TV Tokyo
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| S04E14 | 遊戯の中の闇 ティマイオス消滅 |
June 3, 2003
TV Tokyo
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| S04E15 | 引きさかれた魂 |
June 10, 2003
TV Tokyo
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| S04E16 | 暴走特急デュエル |
June 24, 2003
TV Tokyo
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| S04E17 | パワーアップデッキ！羽蛾＆竜崎 |
June 24, 2003
TV Tokyo
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| S04E18 | ティマイオス 発動せず |
July 1, 2003
TV Tokyo
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| S04E19 | 対決！ 二人の遊戯 |
July 8, 2003
TV Tokyo
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| S04E20 | オレイカルコス・ソルジャー |
July 22, 2003
TV Tokyo
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| S04E21 | ヴァロン始動！謎のアーマーデッキ |
July 29, 2003
TV Tokyo
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| S04E22 | 復讐のアメルダ 大空中決闘（デュエル） |
August 12, 2003
TV Tokyo
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| S04E23 | 天空の要塞 ジグラート |
August 19, 2003
TV Tokyo
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| S04E24 | 忍びよるダーツの影 |
August 19, 2003
TV Tokyo
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| S04E25 | 激突！城之内 vs ヴァロン |
September 2, 2003
TV Tokyo
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| S04E26 | フルアーマー・グラビテーション |
September 9, 2003
TV Tokyo
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| S04E27 | 響きあう魂（ソウル） |
September 16, 2003
TV Tokyo
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| S04E28 | 激闘の果てに |
September 23, 2003
TV Tokyo
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| S04E29 | 苦い勝利 |
October 1, 2003
TV Tokyo
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| S04E30 | 運命の決闘（デュエル）！遊戯 vs ラフェール |
October 8, 2003
TV Tokyo
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| S04E31 | 不死身！ガーディアン・デスサイス |
October 15, 2003
TV Tokyo
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| S04E32 | 心の闇を撃て！ |
October 22, 2003
TV Tokyo
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| S04E33 | 決戦の地へ！ダーツ vs 遊戯＆海馬 |
October 29, 2003
TV Tokyo
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| S04E34 | アトランティスの悲劇 |
November 5, 2003
TV Tokyo
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| S04E35 | 囚われのミラーナイト |
November 12, 2003
TV Tokyo
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| S04E36 | オレイカルコスの三重結界 |
November 19, 2003
TV Tokyo
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| S04E37 | よみがえれ！伝説の三騎士 |
November 26, 2003
TV Tokyo
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| S04E38 | 攻撃力∞（むげんだい） 蛇神（じゃしん）ゲー |
December 3, 2003
TV Tokyo
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| S04E39 | 神神の戦い |
December 10, 2003
TV Tokyo
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| S04E40 |
光の中を歩め
season finale
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December 17, 2003
TV Tokyo
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