Natural disasters have devastated planet Zi, killing off almost all life. A thousand years later humans have gradually re-established civilization, salvaging ancient Zoids through diving and mining efforts. In a village whose most previous item is a giant sword which they worship as a holy symbol. A teenage boy discovers an ancient Liger-type Zoid while on a deep water salvage operation. Suddenly the village is attacked by skeletal Bio-Zoids intent on stealing a powerful generator located in the village. Our teenage hero awakens the Liger and discovers that the town`s sacred sword is the Liger`s weapon, together they fight off the mysterious Bio-Zoids. At least for now...
변경에 있는 미로드라는 마을에는 집안 대대로 '조이드 발굴'을 가업으로 삼아온 가족이 있었다. 마을의 장로이자 조이드 조종사이기도 한 아버지 라지와 어머니 민, 할머니 시오와 동생 파지 등 단란한 가족들에 둘러싸여 자라온 루지는, 대대로 조이드를 다뤄온 가풍에도 불구하고 지금까지 한 번도 조이드를 제대로 조종해 내지 못했다. 그래도 풀죽지 않는 루지는 두뇌만큼은 타고났기에 장래에는 교사가 되려는 생각을 품고 있었다. "멀리서는 전쟁이 시작되었다"라는 소문이 들려왔지만, 누구나 이 마을과는 전혀 인연이 없는 이야기라고 생각하고 있었을 즈음... 루지는 마을의 어른들과 함께 바닷속에서 라이거 타입의 대형 조이드 한 대를 건져올린다.
그 때 갑자기 정체불명의 조이드들이 마을을 공격해 왔고, 그것은 바로 디갈도 무국의 병사들이었다. 결국 전쟁의 여파가 이런 변경에까지 미치기 시작한 것이다. 조이드를 조종할 수 있는 어른들은 마을을 지키기 위해 바로 맞서 싸웠지만, 디갈도 무국의 조이드는 바이오조이드라 불리는 것으로 보통 조이드의 공격 따위는 먹히지도 않는 최고의 성능을 자랑하는 것이었기에 마을은 삽시간에 위험에 빠지고 만다. 마을의 위기를 그냥 보고 있을 수만은 없었던 루지는 막 인양해 낸 조이드에 올라타 조종을 시도한다. 지금까지 한 번도 제대로 조종해 본 적 없었던 조이드였지만, 루지의 간절한 마음이 통한 것인지 조이드는 기동하기 시작한다.
그러나 전투 경험은 커녕 조종 경험도 전무하다시피 한 루지가 그들을 대적해내는 것은 애시당초 불가능한 일이었고, 위기의 순간에 정체를 알 수 없는 두 대의 조이드가 날아와 루지를 구해주는데...
在Zi行星有一群被稱為機獸的金屬生物體，有些擁有驚人戰鬥力，但牠們必需得到由特別發電機產生的紅色凝膠才可運作。該行星在古代曾經存在超高科技文明，卻發生了一場被稱為「眾神之怒」的大災難，當時有一部份人類逃到天空上，建立了天空之都。殘留在地上的人類失傳了那些超高科技，經過許多世代後，古代的事件和天空中的人變成了傳說，現在人們找到的機獸就是古代文明的遺物。
Zi行星上有一個叫迪加魯特的國家在十多年前與天空之都訂立條約，取得天空之都的科技生產機獸，開始變得強大，積極侵略其它地方。故事主角魯治住在美洛都村，村民從水中打撈出一隻機獸村雨長牙獅。不久迪加魯特的機獸前來襲擊該村，魯治成功操控村雨長牙獅去對抗襲擊者。雖然迪加魯特軍被擊退，可是村民依賴的樹狀發電機被破壞。為了村莊可以繼續存在，魯治與擁有機獸的勒金和蕾美離開村莊，到處找尋懂得修理發電機的技師。
魯治在尋找發電機技師的旅途上遇到歌特娜、加拉加等同伴，也目睹了更多迪加魯特的暴行。後來魯治明白即使找到懂得修理發電機的人，只要迪加魯特還存在，美洛都村就不會有安寧。魯治因此主張以打倒迪加魯特為首要目標，眾人由被迪加魯特奪去國土的前領主勒金領導，號召各地反迪加魯特志士加入他們，組成迪加魯特討伐軍，展開全面抗爭。
天空之都是為了取得紅色凝膠而跟迪加魯特交易，同時採取了一些措施防止迪加魯特對己方構成威脅，卻料不到他們派遣到迪加魯特的人竟然會背叛天空之都。
In einer fernen Zukunft wurde der Planet Zi aufgrund einer plötzlichen Verschiebung seiner Erdachse von beispiellosen Katastrophen getroffen. Städte versanken im Meer, die südlichen Inseln vereisten, am Meeresboden entstanden Gebirge. Angesichts dieser Katastrophen waren die Menschen machtlos. Die gesamte Zivilisation, die auf der Oberfläche des Planeten Zi existierte, brach zusammen.
Tausende von Jahren vergingen, doch die Menschheit starb nicht aus. Die Nachkommen der wenigen Überlebenden begannen, neue Zivilisationen aufzubauen und sich schließlich zwischen den Ländern zu verständigen. Die einstige Katastrophe, heute »Der Zorn der Götter« genannt, ist längst zum Mythos geworden. Es gibt jedoch zwei Beweise dafür, dass dieser Mythos nicht nur Fiktion ist: die Generatoren und die Zoids. Die Zoids trugen maßgeblich zur Entwicklung der Zivilisationen in allen Ländern bei, wurden aber nicht nur friedlich eingesetzt.
Catástrofes naturais devastaram o planeta Zi, matando quase toda a vida. Mil anos mais tarde os humanos gradualmente foram restabelecendo a civilização, resgatando os antigos Zoids através de esforços em mergulhos e escavação. Em uma aldeia cujo item mais antigo é uma espada gigante, que eles adoram como um símbolo sagrado, um adolescente descobre um antigo Zoid Liger durante uma operação em águas profundas. De repente, a aldeia é atacada por Bio-Zoids esqueléticos que querem roubar um poderoso gerador. O jovem então desperta o Liger e descobre que a espada sagrada da cidade é na verdade a arma Zoid Liger, e juntos, lutam contra os misterios Bio-Zoids. Pelo menos por enquanto...
