二宮湊人（坂口健太郎）は、神奈川県警暴力団対策課の刑事。交際5年となる記念日に、鑑識課で働く恋人・七海悠香（臼田あさ美）にプロポーズしようとしていた。 そんな中、岡山組が覚醒剤の取引を行うという情報を入手した二宮。百田優（三浦貴大）ら捜査員と共に、ボウリング場へ向かう岡山組の動きを追っていた。 ボウリング場では、岡山と舎弟たちがボウリングを楽しむ中、大学生・仲川悟（宮世琉弥）によって、岡山のアタッシュケースが、別のものとすり替えられていた。そんなこととはつゆ知らず、反グレの北村にアタッシュケースを開けさせた岡山。中には、白い粉の入った袋がギッシリと詰まっていた。そこへ捜査員が突入し、岡山を現行犯逮捕するのだった。アタッシュケースをすり替えた悟の背後には、どんな願いも叶えるという謎のアプリCODEの存在がうごめく気配が……。さらに、そんな悟の動向を、フリーの記者・椎名一樹（染谷将太）が追い始める。
婚約者・七海悠香（臼田あさ美）を、エレベーターの落下事故で亡くした神奈川県警暴力団対策課の刑事・二宮湊人（坂口健太郎）。エレベーターが落ちた時間だけ監視カメラが作動していないなど不審な点が多く、二宮は単なる事故ではないと考えていた。 そんな中、「どんな願いも叶えてくれる」という正体不明のアプリ「CODE」を手に入れた二宮は、半信半疑ながら藁にもすがる思いで「七海悠香の死の真相が知りたい」と願いを入力。すると、「七海悠香を殺した犯人」というタイトルの動画ファイルが送られてくる。そこには、メンテナンス会社の男が、事故直後にエレベーターの扉を開け、階下を覗き込んでいる姿が映っていた……。
刑事・二宮湊人（坂口健太郎）の婚約者、七海悠香（臼田あさ美）が亡くなった事故への関与が疑われていた寺島貴司の遺体が見つかった。警察は事故死と断定するが、寺島は口封じのために殺されたと考える二宮は、悠香の事件に寺島以外の人間が関わっていると確信する。 そんな中で、「どんな願いも叶える」というアプリCODEに、「悠香を殺した寺島貴司の共犯者を知りたい」と入力した二宮。しばらくすると、悠香が亡くなった日時の監視カメラ映像が送られて来る。なんとそこには、暴力団対策課課長で、二宮の恩人でもある田波秋生（鈴木浩介）の姿が映っていた……。
「二度とCODEは使うな」。 刑事・二宮湊人（坂口健太郎）に忠告した佐々木慎介（渋谷謙人）が、遺体で発見された。死因は覚醒剤の過剰摂取。七海悠香（臼田あさ美）が亡くなった事故への関与が疑われる寺島貴司（中島健）と同じ死因で、二宮は確実に佐々木は殺されたのだと考えていた。 婚約者に続き、友人の佐々木まで……立て続けに身近な人間を亡くした二宮を、フリー記者・椎名一樹（染谷将太）は自らがCODEを調査するアジトへ連れて行く。
「俺みたいになるなよ」という言葉を残し、二宮湊人（坂口健太郎）の目の前で、自らを拳銃で撃った百田優（三浦貴大）。やりきれない思いの二宮の元に、七海悠香（臼田あさ美）を殺したという謎の男から連絡が入る。悠香のことをこれ以上調べるなと警告した男は、仲間が警察の中にいる、と告げて……。 数日後。容疑が晴れ、釈放された田波秋生（鈴木浩介）の元を訪れた二宮。疑ってしまったことを詫びながら、「CODE」にまつわるすべてのことを話すのだった。その裏で、二宮はある決意をしていた。 フリー記者・椎名一樹（染谷将太）や、ハッカーの三宅咲（堀田真由）の協力もあり、悠香が亡くなった日の夜のことが徐々に明らかになっていく。事件が起きる直前、悠香はあるデータをUSBにコピーしていた可能性が浮上し……！？ 一方、三輪円（松下奈緒）は病院から連絡を受けていた。心臓のドナーが必要である息子・芯が予断を許さない状況だという。そんな円の元に、CODEから「二宮湊人を殺害して下さい」という任務の連絡が……。さらに、「任務失敗の場合 死の制裁」の文字もあり……。果たして、二宮は逃げ切ることができるのか！？
指名手配中の甲斐篤志（青柳翔）によって、田波秋生（鈴木浩介）が撃たれてしまった。ストレッチャーに乗せられ、運ばれる田波に付き添う二宮湊人（坂口健太郎）は、ショックを隠しきれない。「どうか助けてください！」と医者に伝えるが……。 同じ頃、「CODE」から「任務完了」のメッセージが届き、満足げな様子の甲斐がいた。 一方、“制裁”から逃げる三輪円（松下奈緒）は、「CODE」について知っている事を椎名一樹（染谷将太）に話していた。 そして椎名と円の前に、二宮が現れる！ その裏では、「制限時間内に二宮湊人、三輪円を殺害して下さい」という任務を受けるモニターたちが迫っていた。 果たして二宮はどうなってしまうのか！？さらに、復讐のためにCODEを調べているという椎名と咲（堀田真由）の過去も明らかになる！
三輪円（松下奈緒）をかばい、撃たれてしまった二宮湊人（坂口健太郎）の意識が戻らない中、病室の前では警備のために、八重樫享（兵頭功海）が目を光らせていた。そんな様子を、遠巻きに見ていた救急隊員に扮した甲斐（青柳翔）の元に、CODEから「二宮湊人を殺してください」という任務が届く！ 一方、椎名（染谷将太）たちは、悠香の友人で、CODEの開発に携わっていたという小島明日香（伊藤歩）から話を聞いていた。 「悠香は……CODEを調べたから殺されたんです」という明日香は、プログラマーとして【あるアプリ】の開発に関わっていた。ある日、記者の三宅直人（竹財輝之助）が突然訪ねてきたことや、心配事を悠香に相談したことを明かしていく。そして、悠香が巻き込まれた事故の背後に蠢く陰謀が明らかに！ ついにCODEに翻弄されてきた二宮、椎名たちの復讐すべき相手が明らかになる…！？
三輪円（松下奈緒）の息子、芯（木村優来）が姿を消してしまった。二宮湊人（坂口健太郎）は、病院中を探し回るが、どこにもいない。 一方、「市川社長（玉山鉄二）の慈善活動についての取材」と称し、「ランリーテクノロジー」を訪れた椎名（染谷将太）と咲（堀田真由）。市川はいないと言われてしまうが、システム開発部の撮影許可が下りる。開発部へ向かった咲は、セキュリティーが厳しいランリーのハッキングに挑むが……。 その頃、二宮は、病院の屋上にいる芯と市川を発見。市川が、婚約者・七海悠香（臼田あさ美）の命を奪った“復讐すべき相手”「ランリー」の社長であることがわかる。「CODE」の話を振ると、市川は、CODEが悪いわけではなく、CODEを使う人間に問題がある、と指摘。さらに、弱くて卑しい人間を排除して、よりよい世界が作られている、と言う。二宮は、「あんたがCODEを作ったのか？」と問いかけるが……！？ その後、咲のハッキングによって、システム開発部のチーフプログラマー・後藤芳樹（池田鉄洋）が、市川へ“ある忠告”をしている場面を目撃した二宮たち。後藤に接触しようとするとまたも事件が起こり……！？
神奈川県内の数カ所で、連鎖的に爆破事件が発生。すべての現場から同型のアタッシュケースの破片が見つかったことにより、「CODE」が絡んでいる可能性が高いとみられていた。そんな中、アタッシュケースを運んだ姿が捉えられ、“爆弾を持ち込んだ人物”として、咲（堀田真由）が容疑者となってしまう。咲は、二宮（坂口健太郎）のスマホに届いた“任務”をこなしたのだった。 二宮は、市川（玉山鉄二）に銃を突きつけ、真相に迫る。市川は、「CODE」の開発に関わったことを認めたものの、“制裁を下す”というルールは自分が作ったものではないと主張。さらに、咲を助けたいのであれば、CODEを使った方がいい、と助言してきて……。 そして、椎名（染谷将太）の元に、咲から連絡が！ 円（松下奈緒）と共に、カラオケボックスにいるのだという。一人、助けに向かう椎名だったが……。 一方、二宮は、市川の逮捕状と家宅捜索令状を取るよう、八重樫（兵頭 功海）に指示を出していた。そんな中で、ランリーテクノロジーには、神奈川県知事の青柳（新納慎也）や、滝田総務副大臣（本田博太郎）らが続々とやってきていて……。果たして、市川の目的とは！？
「CODE」から、任務を完了させれば、息子・芯（木村優来）が助かるだけではなく、【死の制裁】も無効になると連絡を受けた円（松下奈緒）。その任務とは、制限時間内に爆弾が入ったアタッシュケースを、咲（堀田真由）に“プレゼント”することだった！ 「私のことはいいから……芯くん助けてよ！」と咲は叫ぶが、円は、縛られている咲の紐を解こうとする。爆発時間が迫る中、なんとか紐を解き終える円だったが……。
