经历过多次危机的魔仙堡终于恢复如常，魔仙和精灵们也过着快乐和平的生活。女王由于日夜思念她的旧友美乐蒂而病倒了，得知原委后，魔仙们决定去寻找神秘的音乐梦幻乐章，借此寻回女王当初神秘消失的好友。
为了寻找美乐蒂的下落，小蓝、美琪、美雪开始学习音乐，可是却遇到了严厉且可怕的贝达芬老师。同时，在一个人烟罕至的地方，一幢古老钟楼里面，隐居着一个容貌丑陋且及其讨厌音乐的首领“无音”。 她开始派出手下的精灵消灭世界上所有音乐，与魔仙们展开对战。
在凌家的蛋糕店门前，来了一个身份不明的流浪汉，小蓝很同情他并送予蛋糕给他。小龙由于大家对他的吉他技术感到失望而心灰意冷，于是他丢弃了他心爱的小吉他。谁知后来流浪汉捡起了小龙的吉他，在魔仙们与无音对抗的时候，流浪汉出手用吉它的魔法阻止了无音。这一切不寻常的事，令小蓝心中产生了奇怪的预感。
小蓝发现流浪汉懂得魔法，于是这勾起了小蓝想寻找流浪汉的下落的想法，牛奶却误以为小蓝对流浪汉有好感，于是他想要偷偷教训流浪汉一番。但后来流浪汉却用他的吉他魔法救了牛奶一次，接着三只精灵再次袭击流浪汉，幸亏小蓝及时阻止。流浪汉被眼前的战斗刺激，这使他想起了一些记忆。
小蓝和游乐在音乐盒精品店发现了流浪汉的下落，流浪汉看到他们后无意中将一个音乐盒摔坏了，于是小蓝和游乐被迫买下了那个音乐盒。后来在公园中，三只精灵用魔法把小蓝、游乐困在了音乐盒里，流浪汉奏起吉他施展魔法解救了他们，自己却被无音击中，陷入了昏迷。
面对昏迷的流浪汉，小蓝她们十分担心，于是魔仙们叫出了莎菲菲来帮助她们解救流浪汉，最后流浪汉终于醒来。从他身上魔仙们发现了一些线索，他们怀疑流浪汉来自封闭已久的音乐魔法世界。再一次与三只精灵激战后，流浪汉终于准备向小蓝和游乐说出实情。
流浪汉告诉了小蓝和游乐有关于他身份的故事，原来他真的是音乐魔法世界的魔法师。后来小蓝他们帮亚齐从音乐学院借了个吉他，在亚齐用吉他弹奏完一段梦幻协奏曲后，他把梦幻协奏曲的碎片——诗拉斯巴托付给了小蓝，然后消失了。无音出现，誓要与魔仙们争夺诗拉斯巴。
小蓝领着美琪、美雪还有贝贝去看了下附近新开的商场。新开的商场里面有一个很漂亮的白色钢琴，她们发现这个钢琴会时不时的自行演奏曲子，这让她们感到很疑惑。就在她们为了小蓝遗留在商场里的包而重返商场时，她们发现了弹钢琴的白衣少年，白衣少年不寻常的出现，引起了魔仙们的再次注意。
贝达芬音乐学院又新买了一台白色的钢琴，原来这架钢琴正是之前商场里，白衣少年所弹奏的那台。魔仙们发现了白衣少年夜间在贝达芬家弹奏，于是她们怀疑钢琴与梦幻协奏曲有关。魔仙们为了弄清真相再次遇上三只精灵，混战中阿比斯用魔法救了小蓝，带着钢琴一起消失了。
看着小蓝一直为阿比斯烦恼，美琪和美雪邀请小蓝和她们一起去山间旅行。然而在旅行的途中，魔仙们与阿比斯再次相遇。她们想询问阿比斯的来历，可就连阿比斯自己也不清楚自己到底经历了什么事情。就在这时三只精灵出现，众人奋力将它们击退，但阿比斯却又消失了。
贝达芬音乐学院收到了一年一度的音乐会表演会的邀请函，贝达芬却因没有合格的学生而想取消参加的资格，小蓝等人鼓起勇气为贝达芬老师参加此次音乐会的表演。当她们来到音乐厅进行彩排时，阿比斯又再次出现了。他拿出了梦幻协奏曲的碎片，这一次大家更加肯定了他也是音乐魔法师。
答应了贝多芬参加音乐表演会的小蓝不断刻苦地学习弹奏钢琴，可就算她认真按照贝多芬的指教练习，她的琴技还是很一般。表演当天，原本不可能弹出美妙琴声的小蓝，在阿比斯的代替下完美地完成了表演。后来阿比斯拿出了诗拉斯巴，想把它和另外一个乐谱拼在一起时，谁知却被前来抢夺诗拉斯巴的无音给打断了。
为了对贝达芬的细心教导表示感谢，小蓝准备送蛋糕给他。谁知音乐学校下水道出了问题，小蓝她们不得不快速送完蛋糕后，跑去了休闲广场。在那里阿比斯出现了，无音和他开始了激烈的战斗。最终在魔仙们的帮忙下，无音被击退。阿比斯将诗拉斯巴交给小蓝，请他们帮忙重建音乐魔法世界，最后消失在了海浪中。
放学后，美琪、美雪和小蓝遇上了一只可爱的金黄色猫咪。在猫咪差点被车撞之际，小蓝用魔法解救了它。后来这只猫儿在魔仙们遭到三只精灵的攻击时，突然挺身而出反救了她们。事后魔仙们带着感激之情和好奇心跟随着猫儿，发现了一位瞎眼的老伯伯。魔仙们感觉到他的身上好像隐藏着什么秘密。
魔仙们发现老伯伯屋里面还住着一个神秘人物，但老伯伯不愿意透露此人的一点信息。失望的魔仙们回到了家，发现凌妈得了动物敏感症。魔仙们再次折返老伯伯家却遭遇无音袭击，魔法猫儿又出手相助，这让魔仙们与猫儿交上了朋友，并且对这只厉害猫儿的来头感到更加好奇了。
魔仙们以为魔法猫是流浪猫，所以她们好心把它偷偷带回了家里。但动物敏感症未好的凌妈还是发现了它的存在，并要求魔仙们赶快把它送走。魔仙们把魔法猫还给老伯伯后，三只精灵却开始报复猫儿与老伯伯，幸好被魔仙们及时阻止。老伯伯不想魔仙们与猫儿接触，赶走了她们，魔仙们心中的疑惑更深了。
小蓝一直对老伯伯和猫咪的事感到疑惑，在美琪和美雪的带动下，大家再次来到老伯伯家，意外发现老伯伯家又多出来一个漂亮孙女伊丽亚。此时无音抓走老伯伯，魔仙们奋力前往营救。战斗中，魔法猫儿竟化身成了一名黄衣少女，原来她是就是魔仙们之前见过的老伯伯的孙女。
伊丽亚回忆起了她音乐魔法师的身份，以及她如何遇到老伯伯的经过。可是伊丽亚却记不起来诗拉斯巴的下落，这让她十分着急。小蓝暂时带着伊丽亚的化身魔法猫回到了凌家，在阴差阳错的情况下，凌妈妈的蛋糕启发了小蓝救人的新计谋。最终魔仙们顺利的救出了老伯伯。
伊丽亚尝试各种方法，想要记起诗拉斯巴的下落。可是三只精灵却从中阻挠，致使伊丽亚被树干压倒而昏迷过去。就在昏迷中，她回忆起了诗拉斯巴的去处：她手上的铃铛。可醒来后，伊丽亚发现自己的铃铛不见了，原来是老伯伯把它藏了起来。在明白伊利亚的想法后，老伯伯把铃铛归还给了她，最终将乐谱交给了小蓝。
魔仙们打算继续寻找其他音乐魔法师的下落，于是她们决定到音乐魔法餐厅去寻找一些线索，但结果发现是空欢喜一场。但由此她们结缘了一个贪吃爱睡的大胖子叔叔，并帮助他找回了丢失的乐器。
小龙不小心弄坏了美琪精心制作的航船模型，这让美琪十分生气。为了得到美琪的原谅，小龙答应美琪要摇100个呼拉圈给她看。正当小龙在公园辛苦练习呼拉圈时，他偶然结识了大胖子尼奥。两人一见如故，立马成为朋友。尼奥的宝贝萨克斯风被三只精灵偷走，幸好小蓝、美琪和美雪及时将它夺回。
小龙带着美琪、美雪去尼奥的公寓看望尼奥，谁知尼奥却昏倒在脏乱的地面上，这把他们吓得不清。后来他们了解到，由于失去了工作，尼奥感到心灰意冷，于是决定放弃音乐，继而卖掉了萨克斯风。魔仙们始终相信尼奥是热爱音乐的，她们千辛万找回苦萨克斯风，鼓励尼奥振作起来，继续音乐之路。
美琪、美雪发现小龙和尼奥的热身训练居然是吃碗面，于是美雪决定用实际行动好好锻炼他们。就在小龙和尼奥在山上跑步时，三只精灵使坏，尼奥昏了过去。魔仙们和小龙都十分心急，他们尝试用音乐唤醒尼奥，在小龙真诚的演奏中，尼奥终于醒来。与此同时，他的记忆也开始慢慢恢复。
面对即将要离开的尼奥，小龙感到十分不理解与沮丧。他们俩在动物园里互相交心后，小龙稍微接受了尼奥将要离开的事实，可是恢复记忆的尼奥却陷入了迷茫。三只精灵用魔法令小龙身陷险境，危急之际，尼奥施展魔法将小龙救出，暴露了音乐魔法师的身份。
尼奥想在离开前再教小龙吹萨克斯风，没想到中途自己被无音他们捉走。无音逼迫尼奥交出诗拉斯巴，尼奥勇敢抵抗。在魔仙们与无音的激烈奋战后，魔仙们终于成功将尼奥救出。最后尼奥演奏了他在人类世界的最后一支曲子，将诗拉斯巴转交给小蓝后便消失了。
尼奥离开了，美琪等人想用幻影魔法安慰伤心的小龙，却被无音手下的精灵们给破坏了。游乐突然归来，向小蓝她们讲述了他和女王关于诗拉斯巴和美乐蒂的新发现。最后小龙从萨克斯风的音乐中获得了力量，重新振作起来，他始终相信尼奥一直陪在他的身边。
《巴啦啦小魔仙大电影》故事发生在美丽魔幻的巴啦啦魔仙世界。关系着星际轨道命运的“星之钥匙”神秘陨落，迷失在人类地球。致使传说中的魔仙堡陷入毁灭性的星球撞击危机，就连法力无边的魔仙女王也身处险境……谁是制造危机的幕后黑手？ 美丽变身的小蓝姐姐，凭借全新升级的魔法棒，重回人类世界，联手小姐妹美琪、美雪，共同守护正能量，揭穿大阴谋，保卫魔仙堡。
《巴啦啦小魔仙之魔法的考验》为《巴啦啦小魔仙》大电影第2部，由于人、刘浩执导，陈雨薇、赵今麦、刘黛希、徐可、王慧、香奈儿、崔倓主演。影片2014年1月23日上映。 电影讲述了魔仙小蓝和美琪、美雪无意闯入精灵花园深处，释放出了被关在密室的魔法天才——精灵费多巴。魔力强大却不怀好意的费多巴进入人类世界便四处破坏，危急时刻，小魔仙们齐心协力克服困难、共度难关的故事。