Midilli Fatihi Yakup Ağa’nın oğulları İshak, Oruç, Hızır ve İlyas babalarının ölümünden sonra ayrı düşmüşlerdir. Oruç ve İlyas, İshak Ağalarının karşı çıkmasına rağmen denizlere açılmışlardır. İshak, Hızır’ın baba ocağı Midilli’de olmasından çok memnundur ancak Hızır’ın aklında da kitapçı Süleyman Usta ile birlikte peşine düştüğü büyük ve kutsal “sır” vardır. Baba Oruç ve İlyas korumalık görevini üstlendikleri gemide bir saldırıya uğrarlar. Bu saldırıdan sonra Oruç ve İlyas yeni bir düşman edinirler: Antuan! Daha Baba Oruç ve İlyas İskenderiye’ye dönmeden, kötü haber Venedikli deniz tüccarlarının kurduğu Unita’nın hanına bomba gibi düşer. Antuan; hiçbir ahlaki değeri olmayan, azılı bir düşmandır. Baba Oruç’un karısı Despina’yı yeni heyecanlar beklerken, düşman Antuan hiç beklenmedik bir yerden saldıracak ve kardeşleri can evlerinden vuracaktır. Hızır sır yolunda emaneti alarak başarılı olabilecek mi? Oruç kurulan kumpastan kardeşi İlyas ile birlikte kurtulabilecek mi?
Hızır, kendisi yüzünden hayatı tehlikeye giren Zeynep’le birlikte Pietro’nun adamlarından kurtulmak ve üzerinde bulundurduğu emaneti Süleyman Usta’ya ulaştırmak için çok zorlu bir yolculuğa çıkıyor. Durumu öğrenen Pietro ise hem emanete hem de Hızır’a ulaşmanın yollarını bulmak için tüm imkanları seferber etmiştir. Bu sırada Hızır ve Zeynep bir daha karşılaşmamak üzere ayrıldıklarını düşünseler de kader onları yeniden bir araya getirecektir. Oruç ve İlyas kendilerine kurulan tuzağın başında kimin olduğunu öğrendiklerinde çok şaşırırlar. Kendilerini yine bir çatışmanın içerisinde bulacaklardır. Ailesinin gözleri önünde katledilişini izleyen İshak, Korsan Antuan tarafından esir alınır. Gördüğü ağır işkenceler sırasında İshak, adeta yardım diler gibi kardeşlerinin adını sayıklar. Tek amacı Oruç’u öldürerek kardeşinin intikamını almak olan Antuan ise sabırla Oruç’un ağasını kurtarmak için gelmesini bekler.
Düşmanlarını deryanın derin ve karanlık sularına gömen İshak; Baba Oruç ve İlyas’ın tüm ısrarlarına rağmen evine, Midilli’ye dönmeyi seçer. Fakat yaşadığı hadisenin etkisi hala üzerindendir ve Midilli’de onu büyük bir yüzleşme beklemektedir. Pietro, peşinde olduğu demirciyi her yerde ararken, adım adım da sırra yaklaştığını düşünmektedir. Sırra ulaşmak uğruna eline geçen her fırsatı değerlendirmeyi de ihmal etmeyecektir.Baba Oruç’a destek olduğu için başı belaya giren İsabel kaldığı durumdan kurtulmak için planlar yaparken aynı anda babasıyla da karşı karşıya kalır. Hızır ve sırrın peşinden gidenler, yeni soruların cevabını bulmak için oldukça çetin mücadelelerin içerisine girerler. Hızır soruların cevaplarını bulup kadim düşmanlarını alt edebilecek mi? Pietro yaklaştığını düşündüğü sırrın cevabını bulabilecek mi? İsabel, Baba Oruç için öz babası Silvio’ya karşı çıkabilecek mi?
Pietro’nun emriyle içinde büyük sırların olduğu kitabın peşine düşen Radko, Süleyman’ın yaşadığı Midilli’ye çıkarma yapmış ve izini sürerek İshak’ın evine baskın verip onları sıkıştırmıştır. Bir anda Radko’yu karşısında bulan Hızır ve İshak acaba bu cendereden kurtulabilecek midir? Papalığın peşinde olduğu mühendis Ebu Muhammed’i Tekgöz Theo’dan kurtarmayı başaran Oruç, ardından kötü bir sürprizle karşılaşmıştır. Isabel’den, aldığı gemisi Şahin tarafından zapt edilmiş, kurtardığı Ebu Muhammed de esir edilmiştir. Oruç, adına kara çalacak olan bu hadiseye nasıl bir tepki verecektir? Şahin’in bu ihanetine babası Kılıç Bey’in tavrı ne olacaktır? Diğer yandan Pietro’nun emriyle Oruç’u bitirmek için uğraşlara giren Sylvio ilk olarak kızı Isabel’i ondan uzaklaştırmaya çalışacaktır. Öz babası ile Oruç arasında kalacak olan İsabel’in tavrı ne olacaktır? Baba Oruç kendisine karşı yapılan haksızlıklar karşısında nasıl bir yol izleyecektir?
Baba Oruç ve tayfası, zulme uğrayan köylüleri kurtarıp yeniden yelken açarlarken, Kara Korsan adıyla deryalara tekrar dönen Antuan tarafından saldırıya uğramışlardı. Baba Oruç ve leventler bu saldırıdan sağ kurtulabilecekler mi? Öte yandan Hızır ve Niko, Eshter’i yakalamış fakat Radko’nun da tuzağına düşmüştü.. Hızır ve Niko bu saldırıdan kurtulabilecekler mi? Radko, Eshter’i İskenderiye’den çıkarabilecek mi? Isabel’in, Baba Oruç’un evine yapılacak baskını ifşa etmesi ve Radko tarafından açıkça tehdit edilmesi üzerine kızının saklandığı yetimhaneyi adamlarıyla basan Sylvio geri dönüşü olmayan kararlar mı alacak? İshak’la karşı karşıya kalan Sylvio durumu ne kadar ileri taşıyacak? Perdenin arkasında kuklalarını yöneten Pietro, hem Eshter’i ele geçirip hem de Baba Oruç’u bertaraf ederek nihai hedefine yaklaşmak için o büyük adımı atmayı başarabilecek midir?
Baba Oruç’tan haber alınamaması İskenderiye’de hızla yayılmıştır. Haberin üzerine Kılıç Bey, Baba Oruç’u ve leventlerini bulması için Hızır Reis ve Niko’ya destek olmuş; Şahin Bey ve tayfasıyla beraber deryalarda Baba oruç ve leventlerinden bir iz bulmak için yelken açmışlardı. Baba Oruç ve leventleri, kendilerine kurulan tuzakları püskürtmüş fakat en sonunda ıssız kayalıklarda Pietro’nun gönderdiği acımasız savaşçılar tarafından kıstırılmış ve üzerlerine oklar çekilmişti. Baba Oruç ve leventler bu kıskaçtan nasıl çıkacaklardır? Hızır Reis, Baba Oruç’un düştüğü darboğazı uzaktan görmüş ve yardım etmek için harekete geçmek istemişti. Ancak Şahin Bey engel olmuştu. Hızır Reis, Şahin Bey engelini geçerek Oruç ağasının yardımına yetişebilecek midir? Deryalarda ölüm kalım mücadelesi verilirken Oruç’un kaybolduğunu öğrenen Despina, Isabel’I suçlamaktadır.
