バード・カザミは、プロのベイブレーダーになるために「X市」に来たアマチュアブレーダーです。
もう一度ゼロからXタワーの頂上を目指そうとする黒須エクスに刺激されたバードは、心が熱くなり共に闘う決意を固める。ベイを壊されて失ってしまいバトルに出ることができないと焦るバード達の前に、謎の人物が現れベイを譲ってくれる事に。しかし、実はその人物は…！？そして、プロを目指すべく「プロ選抜試合」に挑む2人の前に、人気と実力を兼ね備え、ベイを自由に操るブレーダー・七色マルチが立ち塞がる！！
「仮面Xなら七色マルチに勝ってくれる」と信じるバードだったが、マルチは既に仮面Xの闘い方を研究しており、新たなベイと自らの姿を変えて有利な戦法で勝ちにくる！万全のマルチに対し、仮面Xは臆するどころかまさかの瞬殺宣言…！？不利な闘いの中、必殺のエクストリームダッシュを放つが、果たしてマルチに勝利し、チーム「ペルソナ」はプロに昇格することができるのか…！
プロ選抜試合で勝利した仮面Xは、マルチをチームに勧誘。晴れてプロになることが出来たと喜ぶバードだったが、正式にプロになるにはスポンサーが必要だ！さっそく仮面Xにオファーがあり、スポンサーの会社があるという場所へ向かうとそこはなんと創業200年のお寿司店だった…！バード達は、スポンサーの最終プロテストに合格し、無事にスポンサーになってもらうことが出来るのか！？
正式にプロチームになったペルソナはついにXタワーへ。プロ専用エリアに入り、負け続ければ全てを失うという緊張感と、4Xアバターが出現する迫力満点のバトルに心躍るバード達。プロ専用エリアで練習バトルをして、初試合へのモチベーションが高まる中、ライバルチームの試合速報が流れ、バードは衝撃を受ける。なんとそのバトルの勝利チームがペルソナの初戦の相手になることが決定する。
プロ初のバトルで、万獣キング率いるチーム「ズーガニック」とのバトルが決まったバード達は、そのスポンサーが運営する動物園「ライオンズジャングル」に偵察へ。潜入していたバード達だったが、リーダーのキングの鋭い嗅覚によって見つかってしまう。動物園のお客さんも見守る中で、挑発されたペルソナは臆さずキングの前に歩み出る。予期せず両チームのメンバーが対峙することになり、一触即発…！？
ついにプロデビュー戦に臨むペルソナ。バードは初の憧れの舞台に足を踏み入れ、会場のスケールと巻き起こる歓声に感極まる。両チームメンバー同士がステージ上で対峙し、ファーストブレーダーが決まり、早速ズーガニックとの対決が始まる！バトル開始前から心理戦を仕掛ける億長トグロ、データ無し実力未知数のチョー・パンと、圧倒的な実力を誇る万獣キング達に、果たして勝つことができるのか！？
公式戦無敗の記録を持つ仮面Xと万獣キング、チームの要でもある2人の圧倒的実力者が相まみえる。バトル開始前から煽り合い、強者同士が放つ迫力に、観客の緊張と期待が高まる中、お互いの強烈なシュートが放たれる！4Xスタジアムで火花を散らすハイレベルなバトルが繰り広げられ、ここまで激闘を続けてきたペルソナ対ズーガニック、プロデビュー戦のゆくえは一体・・！？
デビュー戦を終え、注目を浴びたペルソナがプロとして受けた初の依頼は、ベイカフェでのデモンストレーションバトルだった。仮面Xとマルチ宛に依頼されていたバトルだったが、勝つだけでなくプロとして「魅せるバトル」を覚えてもらう為にも、バードに出てもらうことに。マルチはバードの実力を引き出す為に新たなベイを作るが、果たしていままで良いとこ無しのバードは今度こそ活躍することが出来るのか！
ペルソナのプロ2戦目の相手は、アマチュア時代にバードのベイを破壊した石山タクミの所属するファランクス。試合直前、スポンサーの要求に応えられず追い詰められる石山の姿を目撃したバードは悶々としながら試合に臨む。一方仮面Xは、勝ち抜き戦で3人抜きを狙えることにテンションが高まる。試合が始まり、万全なドランソード対策をしてきたファランクスに向けて、仮面Xが驚きの事実を告げる…！
Xタワーの1階を突破するためにはチーム全員が「カドバーの試験」に合格することが必要！しかしバードは失敗してしまう。ペルソナの弱点をおぎなうため、タイショーの提案によりバードは1人でキャンプ施設でのトレーニングに送り込まれる。なぜかそこへエクスも合流し、一緒に特訓することに…！？エクスのペースに巻き込まれ戸惑うバードだったが、試験を突破するため練習を続ける。果たしてバードは合格できるのか！？
ペルソナのメンバーは、個人戦の「シングルバトルフェス」に参加する。予想以上に真剣な雰囲気の中、気合を入れてステージに上がったバードが対戦する丸湖カルロは、ある理由で「本気のバトル」を要求してくる。カルロはかつてバードが使用していたベイの力を存分に引き出し、引退直前とは思えない強さを見せて立ちはだかる。バトル後にカルロの口からバードに「本気のバトル」を求めた理由が語られる…。
ペルソナの中で唯一人気がないバードだったがファンだという少女が現れる。感激してファンサービスをしていたところ、悪意を持って近づいてきたブレーダーたちに絡まれ…
最近緊張感がなく、たるんでいるエクスに、冥殿はブレーダージムでの特訓を命じる。トレーニングメニューをこなせばノルマクリアの特典として、冥殿自らベイバトルの相手をするという。様々なベイが収められたケースを見せられ、エクスのテンションは最高潮に！用意されたメニューはバトルとは関係がない筋トレやランニング、水泳！？冥殿は、特訓はエクスのためだけでなくバードのためでもあるというが…。
ベイとナゾトキを同時に楽しめる新感覚テーマパーク「ゾナモスハウス」から、インフルエンサーであるマルチに招待状が届いた。一番人気の4Xアトラクション「ナゾアンドベイ」では、数々の謎と、未知の生物とのバトルがペルソナを待ち受けていた！？バード達はチームで協力しながら挑戦する！いくつもの問題を乗り越え最終的に辿り着いた先で、謎の人物が登場し、更なる難問がペルソナに繰り出される！！
ゾナモスハウスのメインアトラクション「ナゾアンドベイ」で数々のナゾトキをクリアしたペルソナに、ゾナモスハウスの管理人、ゾナモスから更なる難問が出題される。「実行せよ！ Do it！」という掛け声からスタートした謎が解けずに苦戦する仮面Xとバードだったが、マルチは2人のバトルを見ている中で何かに気づく。かつてこの「ナゾアンドベイ」をクリアした者はいないというが、ペルソナはクリアすることが出来るのか！
Xシティ中にばら撒かれた謎のベイ。バードがその存在を知った頃には、既にたくさんのブレーダーたちの手に渡っていた。それを手にしたアマチュアブレーダーたちの力はプロにも匹敵し、無邪気にバトルをする子供たちが放つシュートですら、そのベイでは目で追えない程のスピードを出していた。いたるところでそれを目の当たりにしたバードは驚愕する。圧倒的な速さを誇る謎のベイが、Xシティを包み込む…！！
人気低迷により、プロの地位が危ぶまれたファランクスとの3度目の対戦が決まる。スポンサーの意向で、ファランクスのメンバー全員が、Xシティ中で話題の謎のベイを使用していた。勝利を重ねて一気にXタワーを駆け上がってきた彼らが、再びペルソナの前に立ちはだかる！！永久スポンサーを獲得するために自らの信念を曲げてまで勝利にこだわる石山たちは、どのように襲いかかってくるのか！？
ズーガニックの万獣キング主催のイベント『DATTO』にゲスト参加するペルソナ。バードはなぜかアマチュア参加者に間違えられ、逃げる側で参加することに！？各所でベイバトルが繰り広げられ、アマチュアブレーダーにはXシティで話題の謎のベイを使用する者も。終盤に差し掛かるにつれ、さすがのプロブレーダーたちにも次第に疲れが見え始める。プロもアマチュアも脱落していく中、なんと最後まで残ったのは…！？
Xタワー上層階を目指すためにはバードの人気を上げることが重要！ペルソナは駒刃寿司の新商品を考案しつつ、ベイの特訓をする動画の配信をする事に！バトルで負けたブレーダーが個性的なオリジナル寿司を試食し、レビューをしていくが、エクスとマルチの考えたお寿司は上手くいかず。そんな2人に対し、バードはまさかの才能を発揮する！一方、エクスはお寿司を見てふとペンドラゴンの頃の思い出を思い浮かべ…。
「日ごろ見た目を気にしなさすぎ！」とマルチに叱られ、エクスとバードは身なりを整えるため「ブレーダーズドレス」へ連れてこられた。店内で声をかけてきた人物に…
Xタワー50階まで登り詰めたペルソナと、強敵揃いのチーム「ユグドラシル」との対戦が決まる。しかし、入場コールが終わってもステージに肝心のリーダー・不死原バーンの姿は無い。ユグドラシルはどのような作戦でペルソナに挑んでくるのか！？ファーストブレーダーのゾナモスはペルソナに変則ナゾトキバトルを提案してくる！ゾナモスお得意の「ナゾ」が再びペルソナに襲いかかる！
ユグドラシルとの闘いは、いまだにバーンの姿が見えないままセカンドバトルを迎える。2戦目のバトルはマルチ対ゆに。ゆにはマルチに、お互いインフルエンサーの引退をかけて闘うことを提案してくる。リスクある提案に対し、マルチは臆さず受けて立つ！序盤から激しいアタックを繰り出し、派手にバトルを進め、マルチを追い詰めるゆにに対しマルチも反撃を始める。インフルエンサー同士の対決、果たして勝つのは…！？
ユグドラシルとの決戦、ついにバーンがヘリで駆けつけ、バトルアリーナに現れる。緊張感が場を包む中、バーンは闘えることに興奮し、突如仮面Xを抱擁する！？負けたチームは解散という無茶な提案をしてくるバーンに対し、なんと仮面Xは提案を飲んでしまう。Xシティ中を賑わせた謎のベイから更に進化を遂げた最速のベイがついにそのベールを脱ぐ！「最速」対「最速を超えた最速」のバトルが始まる…！
ペルソナ対ユグドラシル、チームの勝敗が決まるバトルがついに始まった。仮面Xは得意のエクストリームダッシュで仕掛けていくが、バーンは余裕の笑みで迎え撃ってくる！自身の最大の武器でもあるスピードでバーンに上回られ、ピンチに追い込まれた仮面Xは、「ベイタイムシフト」を起こしたバーンとの戦いに果たして勝利することができるのか…！？ペルソナのチーム存亡の行方はいかに！？
既存のチームをバラバラにし、運営が新たにランダムでチーム編成を行うイベント「シャッフルバトルフェス」が開催される。バトルの勝敗ではなく人気投票によって順位が決定し、最終的に最も人気のあるチームと、人気のある個人ブレーダー上位3人で組むチームでのバトルが行われる。結果を出せばXタワー頂上への挑戦に近づけるこの大会を前に、バードは今までのペルソナの闘いを振り返り、1人考え込む様子で…。
バードがアマチュアアリーナを通りかかると罵声が耳に飛び込んでくる。中ではなぜか石山が多数のアマチュアを相手に、負けたブレーダーのベイを壊すこともなくただひたすら闘い続けていた。バードに気づいた石山は煽りながらバトルを挑んでくるが、幾度ものバトルを終えて明らかに限界を超えており、何か事情があるように思い詰めた表情をしている…。やがて自分のベイを持ち、あらぬ行動に…！そこへまさかの人物まで現れ…！？
ついにシャッフルバトルフェスが開幕！！現役プロだけでなく引退したプロやスポンサーからもブレーダーがイベントに参加し、まさかの編成チームが出揃う。オープニングマッチから早速、未知の組み合わせチーム同士が激突しアツい闘いが繰り広げられる。誰も予想しなかったまさかのブレーダーまで参入する大注目チームの対決と、メンバーがバラバラになったペルソナの、投票のゆくえはいったい！？
仮面X対パンのバトルが始まる。キングは、ズーガニックのメンバーとの出会いを語り、仲間達が真の強者であることを思い知るだろうという。煽ってくるパンに対して仮面Xはどう出るのか！ペルソナはシャッフルバトルフェスで活躍し、票を集めることが出来るのか！？各チーム最後の対戦は、まさかのブレーダーがついに登場！4XマスコットAIのイチゴーちゃんは一体どうやってバトルをするのか！？
シャッフルバトルフェス2日目、マルチが所属するチーム「マルチ様とアタシ」と、チーム「男独楽」の闘いが始まる。ファーストバトルで登場したゾナモスは、得意のナゾトキベイバトルを提案してくる！トグロはナゾトキに対し乗り気ではなかったが、会場の盛り上がりにも押されて受けることに。続くバトルでは、ゆに、そしてペルソナとも因縁深いあの男が激突！！果たして2つのバトルのゆくえは…！
チーム「マルチ様とアタシ」と「男独楽」の対戦は、ついに最終戦に！サードバトルはマルチと、Xタワー運営でもあるカドバーの対決！マルチは派手な演出でステージに登場し、アイドルの衣装で会場を盛り上げる。ペルソナがチームとして投票数を獲得することを意識し、目立とうと仲間のために動くマルチに対して、カドバーはバトル前から1人チームで活動していた頃のマルチの話を持ち出し始め…！？
シャッフルバトルフェス最終日を迎え、バードが所属するチーム「授業参観」が出場する。エクスとマルチの活躍もあり、ペルソナに票が集まっているが、チーム投票1位にはまだ届かず更なるアピールが必要！バードは助言を受けてカスタマイズしたランチャーに持ち替え、新たな相棒と共にバトルに挑む。万全の準備をしてきたバードはこのイベントで活躍し、ペルソナに票を集めることが出来るのか！？
バードのチーム「授業参観」の最終バトルは冥殿が出場。かつてXタワーの頂上に登り詰めると期待されたチームでプロブレーダーとして活動していた冥殿は、とある事情で現役を引退していた。過去の活躍を知る観客は冥殿の登場に盛り上がる。バトルの前に、ベイを手にしたまま意味深なことを告げた冥殿が、このシャッフルバトルフェスに参加する意図とは一体何なのか…！？そしてイベントは終わり、更なる闘いの幕が開ける。
