Dr. Bacterium's Erfindung gegen Ungeziefer funktioniert nicht wie beabsichtigt. Das Atomare Sulfatspray macht Insekten zu Riesen. Das Sulfat fällt in die Hände des Diktators Brutishrausen, der eine Armee von riesigen Ameisen erschaffen will, um die Welt zu beherrschen. Die Agenten Clever & Smart sollen das Sulfat zurückholen.
Clever & Smart nehmen die Verfolgung des Zauberers Maginn auf. Er benutzt seine Hypnotischen Kräfte, um Banken auszurauben. Um der Festnahme durch seine Verfolger zu entkommen, versetzt er sie in Trance. Clever benötigt die Hilfe seines Hundes und des zerstörerischen Kleiderständer - Roboters.
Eine neue Bande von Kriminellen taucht in der Stadt auf: Die vereinte Bruderschaft der gemeinen Rowdys. Die V.B.G.R. kennt keine Gnade und sie machen vor keiner städtischen Einrichtung halt. Wird es den Geheimagenten Clever & Smart gelingen die Gangster Dingfest zu machen?
Eine Gruppe von Terroristen hat ein Bakteriologisches Gas hergestellt und in einem Fußball versteckt, der verloren geht. Durch ein Loch im Ball strömt das Gas aus und droht nun jeden, der es einatmet, in einen Esel zu verwandeln. Clever & Smart machen sich auf die Suche durch Diverse Club's.
Mr. L ordnet an, dass Dr. Bacterium einige Erfindungen mit Clever & Smart testen soll, um aus ihnen Superhelden zu machen: Für eine Unterwasser-Operation werden sie in Fisch-Männer verwandelt, um fliegen zu können werden sie zu Pelikan-Männer. Ihre Supermacht wächst und sie ziehen das Unheil magisch an.
Brutale Ganoven versuchen Dr. Bacterium aus dem Tia gebäude zu entführen. Mr. L beauftragt Clever & Smart, weitere Potentielle Opfer Undercover zu beschützen. Durch die Unorthodoxen Methoden, die die Beiden Agenten Anwenden, fragen sich die Opfer, ob es nicht besser wäre entführt zu werden.
Die Stadt wird von Bestechungsfällen überschattet; vom Baugeschäft bis zum Hunderennen. Sogar im Gebäude der Tia scheint es einen wunden Punkt zu geben. Mr. L setzt Clever & Smart auf den Fall an. Sie sollen den Verbrecher finden, der hinter den Bestechungen steckt.
Ein Page ist der einzige Augenzeuge eines Terroristischen Bombenanschlages. Mr. L ist davon überzeugt, dass der Terrorist versuchen wird, den Pagen zu Liquidiren. Clever & Smart sollen ihn beschützen und versuchen, den Ganoven festzunehmen, wenn er auftaucht. Der Page muss feststellen, dass die Gefahr nicht vom Terroristen ausgeht, sondern von den Agenten.
Clever & Smart ist es gelungen, den Berüchtigten Bankräuber Bernie Butterfisch zu verhaften. Den Verbleib der Beute gibt er nicht bekannt. Clever & Smart fingieren einen Banküberfall, um mit Butterfisch eingesperrt zu werden und sein Vertrauen zu gewinnen. Doch das gestaltet sich schwieriger als gedacht!
Ein bakteriologisches Gas ist in einem Fußball ins Land gekommen, es strömt durch ein winziges Loch im Ball aus und verwandelt jeden, der es einatmet in einen Esel. Clever & Smart sollen schnellstmöglich den Ball ins Hauptquartier bringen, natürlich ohne daß sich inzwischen jemand in einen Esel verwandelt. Dazu ist es allerdings bereits zu spät. Herr Egidius, zuletzt im Besitz des Balles, hat diesen soeben an die Fußball-Nationalmannschaft übergeben... Clever & Smart machen sich auf die Suche - und begegnen immer wieder diversen Eseln...
Der Kinofilm besteht aus den zusammengeschnittenen Folgen der dritten Staffel.