When Suginami is telling everyone about the mysterious places of the school, Sakurai inadvertently mentions the hidden stairs in the principles office. Surprised, Suginami drags Sakurai to the principles office to find the stairs. After going down them, they find a girl in a capsule. Sakurai accidently presses a red button setting off an alarm and waking the girl. Who is this mysterious girl?
小恋の思いを受け止め、彼女と付き合うことになった義之。幼馴染みのクラスメイトから彼女へと変わった存在・小恋に対する接し方に、まだぎこちなさは残るものの、ともかく彼の新たな日常が始まった。だが、その日常に早くもさらなる変化が訪れようとしていたのだった。
昼休み、義之が先日学園長室で発見した謎の地下階段のことを、クラスメイトたちに話したときのこと。その情報に食いついた「非公式新聞部」の杉並に、無理やり学園長室に連れて行かれ、詳しく調査することになってしまう。やがて地下階段を降りた２人が目にしたものは、一人の少女が眠るカプセル。ところが義之は、偶然カプセルのスイッチを押してしまい、少女・天枷美夏を目覚めさせてしまう。
そのとき、学園の養護教諭でありロボットを製造する天枷研究所の職員でもある、水越舞佳が２人の前に姿を見せた。彼女は義之たちに、美夏がロボット、しかも初音島で市販されているメイドロボット・μ（ミュー）よりも感情表現が豊かな特別タイプであることを告げる。そんな美夏の起動という想定外の事態に対し、今は緊急の対応をせざるを得ないという水越。それは、美夏がロボットであることを隠しながら、彼女を風見学園２年生として学園へ通わせることだった。水越から彼女のサポートを頼まれた義之は、起動させた責任を感じ、引き受けることに。だが美夏は、ずっと眠っていたかった自分を起こした張本人である義之に対して、冷たい態度をとるばかり。こんな状態で、義之は小恋たちをうまくごまかしながら、美夏の面倒を見ることができるのか!?
