Taking place half a year after the events of the first game, prior to the events of the second game. Komaru Naegi, the younger sister of the first game's protagonist, Makoto Naegi, has spent the past year locked inside an apartment complex in Towa City, unaware of the events that have gone on in the outside world. She is suddenly forced to flee when was she attacked by deadly Monokuma robots and comes across Future Foundation member Byakuya Togami, who gives Komaru a special Hacking Gun that can fight against the robot and orders her to escape the city.
Tiene lugar medio año después de los eventos del primer juego, antes de los eventos del segundo juego. Komaru Naegi, la hermana menor del protagonista del primer juego, Makoto Naegi, pasó el año pasado encerrada en un complejo de apartamentos en Towa City, sin darse cuenta de los eventos que ocurrieron en el mundo exterior. De repente se ve obligada a huir cuando fue atacada por robots mortales Monokuma y se encuentra con el miembro de la Fundación Futuro Byakuya Togami, quien le da a Komaru una pistola de pirateo especial que puede luchar contra el robot y le ordena escapar de la ciudad.
