Sandy hat die Aufnahmeprüfung an der Universität bestanden und ist mit seinem Vater auf dem Heimweg. Unterdessen bekommt Bud Besuch von einem Ozeanografen, der bittet, sich Flipper ausleihen zu dürfen, da er mit einer Delphingruppe Experimente zur Intelligenz der Tiere durchführen möchte. Wie schlau Flipper tatsächlich ist, kann er gleich selbst feststellen. Denn Sandy und sein Vater treffen auf dem Heimweg eine verzweifelte Frau, deren Mann auf dem Meer verschollen ist. Nun soll Flipper den Vermissten finden.
