Il Generale Nero viene nuovamente rimproverato per i suoi fallimenti dal Grande Imperatore delle Tenebre e decide di reagire inviando un nuovo mostro guerriero sulla città di Tokyo, per attirare il Grande Mazinga. Infatti Tetsuya parte non appena il mostro viene individuato dalla Fortezza. Ma iniziato il combattimento arriva un secondo mostro e Mazinga soffre la superiorità numerica del nemico. Parte anche Venus ma quando la Fortezza è senza difese, Mikeros attacca senza pietà. La fortezza cerca di prendere il largo ma viene costretta alla resa. Il personale della base si allontana coi dei motoscafi ma nel tentativo il prof. Tonda perde la vita e Shiro viene catturato così come Boss Robot, in un goffo tentativo di salvataggio. Mazinga, grazie anche a Venus, riesce a liberarsi dai mostri e accorrere in difesa. Intanto si sta effettuando uno scambio fra gli ostaggi e Kenzo Kabuto, pronto a sacrificarsi per Shiro e gli altri. Ma Tetsuya arriva in tempo per sottrarre il prof dalle grinfie di Mikeros e scacciare la base nemica.
「先生、呼びつけで呼んでよ。なんだか本当のお父さんのように思えるんだ」（シロー） シローは剣造所長に不信感を抱いていた。暗黒大将軍が囮を使ってグレートマジンガーを研究所から引き離し、その隙に研究所の攻略に乗り出そうとする中、所長に対して嫌悪感をあらわにするシロー。だが暗黒大将軍の人質にされた時、所長が危険を省みずシローの身代わりになったことから、初めて彼は自分の間違いに気付く。
