Un terribile terremoto sconvolge la zona del Fuji e i movimenti tellurici riportano alla luce un fossile di un dinosauro gigante. In realtà il luogo era un nascondiglio-deposito di mostri iguana dell'Impero delle Tenebre. Venus e Boss intevengono sul luogo con la supervisione di Tetsuya che consiglia di eliminare il fossile, a causa di un brutto presentimento. Gli scienziati presenti si ribellano a questa scelta ma il mostro presto viene fatto risvegliare dal Generale Dreidow. Venus, assieme a Boss Robot, cerca di contenere il nemico mentre Tetsuya torna alla base per prendere il comando del Grande Mazinga. Ma il nemico bracca il giovane pilota che però riesce a raggiungere la fortezza e salire sul Grande Mazinga. Comincia lo scontro ma arriva un secondo mostro che si unisce al primo, dando vita ad un terribile rettile robot. La lotta è tremenda ma alla fine è il bene a trionfare.
「敵と戦うだけがビューナスの仕事じゃない。平和利用もまた、大切な仕事だよ」（剣造） 発見された巨大爬虫類の化石の運搬にグレートマジンガーの出動が要請されるが、鉄也の強い反発でビューナスAが向かうことになる。だがその化石の正体は戦闘獣イグアナスだった！イグアナスの奇襲攻撃に対し、グレートマジンガーの出撃で研究所の破壊は阻止されるものの、妖爬虫将軍ドレイドウは新たな作戦を思いつく。
