木々が赤く色付く季節。 ごく普通の高校生・春日珠紀は、両親の海外転勤に伴い、祖母・宇賀谷静紀の家で暮らすため、自然に囲まれた季封村を訪れる。 幼い頃の記憶をたどり、祖母の家へ向かう珠紀だが、その直後化け物に襲われる。 その危機を救ったのは、無愛想な少年・鬼崎拓磨だった。
祖母・静紀から、玉依姫となり「鬼斬丸」の封印を守れと告げられた珠紀。 珠紀は戸惑いながらも、玉依姫を守る守護者の鬼崎拓磨・鴉取真弘・狐邑祐一・大蛇卓たちに囲まれて、新しい生活を始める。 玉依姫とは、鬼斬丸とは何なのか。珠紀は独自に調べようと思い立つが……。
転びそうになった珠紀を抱き留めたのは、守護五家の五人目・犬戒慎司だった。 慎司との再会を喜ぶも、どこか歓迎しない様子の拓磨たちを、珠紀は不思議に思う。 そんな中、鬼斬丸を封印している五つの宝具の見回りに向かう五人の守護者。突然の頭痛に襲われた珠紀は、不安を感じて……。
宝具が封印されてる地で、その結界を解こうとする謎の集団「ロゴス」と遭遇した珠紀たち。 退けはしたものの、迫る再戦を予感して落ち着かない珠紀は、卓に封印の宝具について尋ねに向かう……。
謎の少女・アリア率いる「ロゴス」により、第一の封印を解かれてしまった珠紀と守護五家。 しかし、静紀はこともなげに、珠紀に玉依姫としての覚醒を促がす。 覚醒しないことに思い悩む珠紀だが……。
封印をめぐり、アリアたちとの決戦を約束した 珠紀と拓磨・真弘・祐一・卓・慎司の 守護五家たち。 美鶴の手料理に励まされ、決意を新たにする。 そしてついに、ロゴスと守護五家の全面対決が今始まろうとしていた……！
ロゴスとの対決以降落ち込む守護五家たちを励まそうとする珠紀だが、俺たちの何がわかると拒絶されてしまう。 人ならざる者の宿命を背負う守護五家との間に、溝を感じた珠紀は……。
芦屋正隆が宇賀谷家を訪れた。 芦屋は国の機関・典薬寮の人間だと名乗り、緊急事態だからと協力を申し出る。 芦屋の意図を読めず卓たちはいぶかしむが、静紀は珠紀に判断を一任する。 珠紀は申し出を受け入れたことで、俺たちは役立たずなのかと真弘たちを怒らせてしまう。
突如として、封印の森に住まうカミたちが暴れだした。 「鬼斬丸」の封印が弱まった影響で、続々と妖に身を落としたのだった。 千年ぶりの異変に山ノカミも目覚め、怒りのままに暴風を起こす。鎮めようとする拓磨たちだが……。
「鬼斬丸」封印の宝具が次々とロゴスに奪われてしまった珠紀たち。 鬼斬丸の封印を司る玉依姫、珠紀の警護により力を入れるため、守護五家は宇賀谷家で寝食を共にすることになる。
状況は悪いままだが、共同生活の中で皆と仲良くなっていく珠紀。 玉依姫の力による幻視を自覚して、僅かでも覚醒に近づいたことを感じる珠紀は、皆の前で、覚醒して自分が守ると宣言する。 そんな時、珠紀は蔵の中で玉依姫の力に導かれる…。
宇賀谷家での共同生活の真意を知り驚く珠紀たち。 そして珠紀たちは残る封印が、同時に襲撃される気配を察知する。 迫るロゴスを二手に分かれて迎え撃つ守護五家。 鬼斬丸を巡る戦いも、最終局面に突入する……！
