西暦2159年。敏腕時空刑事ヴァーンへ、時空の歪みの根源とされる1500年代の調査の任務が下った。しかし500年以上の時間移動は危険極まりなく、ほとんど不可能に近かった。ヴァーンの妹の時空刑事ユリーは、兄と対等に認められない自分に苛立ちを感じていたことから、兄を出し抜いて単身で1500年代へ飛ぶ。
一方、1555年の越後国、鳶の里。伝説の忍者・加藤段蔵は、主君・長尾景虎を討って天下を取ろうと企んでいた。段蔵の娘ゆりは、密かに慕う景虎にこのことを伝えるために里を抜け出すが、執拗な追っ手に討たれ、偶然にもユリーに救われる。
