『本能字学園ほんのうじがくえん』、そこは『極制服（ごくせいふく）』という 特異な制服を身にまとった生徒たちにより管理される学園。 生徒会長・鬼龍院皐月（きりゅういんさつき）は「人は服を着た豚だ」と豪語し、 忠実な部下本能字学園四天王と共に学園を絶対的な支配下に置いていた。 そこへ現れる流浪の転校生、纏流子（まといりゅうこ）。 流子の片太刀バサミを知る皐月から話を聞き出そうとするが…。
マコの実家、満艦飾家に居候することになった流子。 しゃべるセーラー服を『鮮血』と名付ける。 翌朝、マコと共に学園に登校するといきなり マコがテニス部からリンチを受ける。 流子はマコを救おうとするが何故か鮮血が発動せず、部長・函館臣子（はこだておみこ）の返り討ちにあってしまう。 流子のクラス担任である美木杉愛九郎（みきすぎあいくろう）に救われた流子。 鮮血は『神衣』と呼ばれる特別な衣服であり、着た者の血を吸うことで起動すると聞かされる。
極制服の力の源、「生命戦維」を使い、鬼龍院皐月は全国学園支配を進めていた。 流子の父親、纏一身（まといいっしん）博士は、それに対抗するために生命戦維だけで織り上げた『神衣』を作った。 それが鮮血。しかし神衣はもう一着存在していた。 その名は『純潔』。神衣を着た皐月の強さは圧倒的で流子は追い込まれる。 自分が鮮血を着こなせないのは、自分の心が原因だと気付いた流子は……。
起きてみると朝からなにやら騒がしい。今日は一学期に一度風紀部により執り行われる『本能字学園ノー遅刻デー』なのだ。通学路には無数のトラップ、遅刻をすれば即刻退学。流子はマコに連れられ、地獄絵図と化した本能町で登校を開始する。そんな中、流子たちはひょんなことからクラスメイトの大暮麻衣子（おおぐれまいこ）と行動を共にすることに。3人は力を合わせて次々とトラップを破って行くが…
順調に本能字学園の部長たちを倒し続ける流子。その前に現れる一人の男、黄長瀬紬（きながせつむぐ）。黄長瀬は極制服の能力を無効化するミシンガンを操り二つ星の部長をすら寄せ付けない。そしていきなり流子に「神衣を脱げ」と迫る。校内で他の部活部員も交えて大乱闘となる流子と紬。追いつめられた流子を逃がそうと鮮血は自分だけで紬に戦いを挑もうとする。
皐月の右腕である四天王。その一人、猿投山渦（さなげやまうず）は皐月に直談判し、流子と一戦交える許可を得る。驚異的な動体視力で相手の動きを全て読み取り先手を討つ猿投山、流子はあっという間に追い込まれる。しかし、目さえ封じれば良いと気付いた流子は鮮血を刻んで猿投山の目を塞ぎ勝利を収める。一方負けた猿投山は、皐月にある覚悟を見せることで流子との再選のチャンスを請う。彼の覚悟とは…！
部活や学業等の成績をそのまま家庭の生活レベルに反映させる。それが本能字学園のシステムだ。マコのせいで最低水準で生活する満艦飾一家だが、彼らはいつも幸せそうだ。そんななか流子は部活制度を逆手にとってマコを部長に任命、『喧嘩部』を創立する。部の成果が上がるほど満艦飾家の生活も向上。大喜びで流子に感謝する満艦飾家。しかしマコは手に入れた生活を手放すまいと次第に流子を酷使するようになり、一家は贅沢に慣れ冷たい人間へと変わっていってしまう。
全生徒が全生徒に対し平等な攻撃権を持ち学園の頂点をかけて争う校内行事『壊惨総戦挙』。その戦いの火蓋が切って落とされた。七日後に行われる『決戦闘兵』の日まで、互いの無事を信じ分かれる四天王。大荒れの学校をよそに、流子はマコと共に亡き父の墓参りへ向かい自らの目的を確かめる。しかしその帰り道、乗って来たバイクが故障していた所を四天王のひとり風紀部委員長・蟇郡苛（がまごおりいら）に助けられる。
『塔首頂上決戦』。 四天王全員に勝ち抜けば皐月と戦うことが出来る、それが皐月が流子に提示した試合の報酬だった。試合のレベルの高さを危惧する美木杉には棄権を薦められるが、皐月と戦うためだと流子は譲らない。最初の対戦相手は蟇郡。その能力を既に知る流子は、蟇郡へ攻撃を加えずに乗り切ろうとするが、蟇郡は自らを痛めつけることで力を蓄え流子への攻撃を開始。
二人目の四天王は情報戦略部委員長・犬牟田宝火（いぬむたほうか）。最小限の戦闘で流子と鮮血の動きを分析する犬牟田。その極制服の力は光学迷彩によるステルス機能だった。しかし流子は競技場の端から全面へ向かって鮮血を変形し犬牟田をあぶり出すが、不利となるや否や犬牟田はあっさり棄権。文化部委員長・蛇崩乃音（じゃくずれののん）の出番となる。マーチングバンドを引き連れた派手で華やかな蛇崩の攻撃に手も足も出ない流子。そんな中、美木杉は「最悪の事態」が起きることを懸念していた。
蛇崩と戦う流子、鮮血を飛行形態に変形させたことでなんとか優勢に転じる。しかし『アンコール』と称して復活する蛇崩。生命戦維に響く演奏で流子ではなく鮮血を直接攻撃する。しかし流子は受けた演奏を蛇崩に返し逆転勝利する。ついに最後の四天王、運動部委員長・猿投山との戦いを迎えようとした。ところがそこに、片目に眼帯、ゴスロリ服に身を包んだその女、針目縫（はりめぬい）が現れる。
半年前、針目縫が流子の父、纏博士を襲った理由。それは生命戦維に対抗出来る武器、断ち斬りバサミの回収だった。一身を彼自身の発明品であるハサミで仕留めたが、引き換えに片目を潰されていた。断ち斬りバサミの半分を奪い逃げる縫の後ろ姿を、流子は目撃していたのだ。縫の言動に怒りを覚える流子の攻撃は激しさを増す。鮮血と流子を挑発する縫。理性のたがが外れ力の加減も分別を失い暴走状態に陥る流子と鮮血は本能字学園を破壊していく……！
全国学園支配を狙う本能字学園では、まだ制圧が終わらぬ最後のエリア、神戸・京都・大阪への大規模侵攻作戦、『三都制圧襲学旅行』の準備が進められていた。皐月は最終作戦開始の報告のため、母、羅暁（らぎょう）が待つリボックス社に向かう。そんな中、神衣での暴走により心に傷を負った流子は鮮血を着られず不登校になってしまう。そこへ元新聞部員・凪田信二郎（なぎたしんじろう）が現れる…
美木杉のアジトで目を覚ます流子。美木杉が拾った鮮血のスカーフのおかげでバラバラに切り刻まれた鮮血となんとか意志の疎通ができるが、残りのパーツが関西だと知り美木杉と共に関西へ向かうことに。その頃、本能字学園の生徒たちは配布された鮮血を手にそれぞれ三都市へ進んでいた。関西に到着した流子は着々と鮮血の切れ端を生徒達から回収していくが…
道頓堀の地下には生命戦維対抗組織『ヌーディストビーチ』の地下アジトがあった。戦闘員たちが臨戦態勢で待機する中、美木杉と紬が帰還する。一方、難波金満高校生徒会長・宝多金男（たからだかねお）の前についに皐月が姿を現す。皐月は宝多が金で雇った戦闘員を気合いだけで蹴散らすが、宝多は負けじと対本能字学園機動兵器『道頓堀ロボ』に乗り込み、攻撃をしかけてくる。
鬼龍院との戦いの裏に『人類』や『宇宙生命』といった大きなものが付随してきたことに戸惑う流子。美木杉は「鮮血は生命戦維に対抗するために、纏一身によって作られた流子のためだけの服だ」と告げる。しかし、流子は「鮮血には鮮血の意思がある、戦うだけの戦闘服じゃない」と、鮮血を脱いで戦うと宣言するが…
本能字学園では、三都制圧により完遂された全国学園支配を祝し、学園理事長である羅暁を迎えての式典『大文化体育祭』の開催が発表されていた。 そこで皐月と羅暁を一気に叩こうと考えた流子たちは会場にもぐり込もうとするのだが…。
すべては羅暁に裏切りを気取られないための芝居、本能字学園は羅暁並びに生命戦維との戦闘に備え築かれた戦闘部隊だと明かす皐月。幼い頃に死んだ父の志を継ぎ、羅暁の計画を阻止するために長きに渡り画策してきたのだ。原初生命戦維の活動も停止させ、その場を治めるかに見えた皐月だが、羅暁は人間を越えた不死身の肉体を手に入れていた…。
心臓を引き抜かれても、なお生きている自分に驚く流子。流子はその身体に生命戦維を組み込まれた、羅暁の実の娘であり、流子と皐月は姉妹だったのだ。流子は衝撃の真実に愕然とする。上空からカバーズに襲われた市民たち、そしてマコまでもがカバーズに吸収され本能字学園は羅暁と縫、カバーズらの手に渡ってしまう。大阪では逃げ延びた四天王はじめ生徒たちとヌーディストビーチが共にレジスタンスとしてカバーズと戦っていた。
自分の正体を知り傷付いたことで、最早他人の言葉を聞く耳を持たない流子。カバーズのみならず美木杉たちにも刃を向け、神衣も極制服も着ることなく自らの体内の生命戦維の力でビルを薙ぎ払い大阪を後にする。残されたレジスタンスの面々は本能字学園の地下牢に皐月が幽閉されていることを知り皐月奪還に乗り出す。単身学園に乗り込んだ流子は、そこで縫と戦っていたのだが…。
純潔を着た流子と鮮血を着た皐月、ねじれた運命の姉妹の戦いが始まった。純潔を着ることによる快楽に酔いしれる流子に、純潔を脱ぐよう説得する鮮血。しかし流子はその言葉に耳を貸さない。流子は皐月には鮮血の声が聞こえず二人が意志の疎通を取れていないことを見抜き、皐月を追いつめる。流子は鮮血を切り離しとどめを刺そうとするが、そこへマコが身を投げ出す。
怒りに任せ生命戦維を引きちぎり、純潔を引きはがした流子は再び鮮血と合体。縫と自分の決定的に違うもの、それは、自分の周りには「わけのわからないもの」が沢山いることだと言い放ち、縫を圧倒する。ようやく落ち着いて皐月と対面した流子。過去を清算するため皐月を一発殴ろうとするが、その拳を四天王が代わりに受けとめる。それを見た流子は、皐月もまた「わけのわからないもの」に囲まれ守られているのだと気付く。
戦線に立ったマコを船に残し、流子と皐月は羅暁を乗せた原初生命戦維を目指す。ふたりを相手に戦う羅暁、しかしその傍らで原初生命戦維から『裸の太陽丸』にカバーズを送り込まれて来る。戦いでぼろぼろになるマコたちだが、その前に三ツ星極制服最終形態の四天王が現れ戦闘を引き受ける。羅暁を追い詰めるふたりだが、縫が全身全霊で作り上げた最後の服『神羅纐纈』で身を固めた羅暁に圧倒されるのだった。
『神羅纐纈』、その力は、神衣、極制服に含まれる全ての生命戦維の力を絶対服従させるものだった。最終局面にして流子たちは一切の戦力を失ってしまう。唯一、生命戦維と人間の融合体である流子だけは絶対服従の力が効かなかった。鮮血を脱ぎ流子ひとりで羅暁と戦うも力の差は圧倒的。ついに人類は生命戦維へと化されようとする。しかし、脱がれた鮮血自らが羅暁を攻撃、神羅纐纈を傷つけることに成功するのだった。
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