Im großen Staffelfinale kommen alle Charaktere zusammen und es ist an der Zeit, das Ende der Geschichte zu erfahren.
Fujiko enters a chamber where Count Luis Yu Almeida is sitting and waiting for her, however Lupin interferes from a communications room and being gunned by Jigen, who inhaled the Fraulein Eule Cult drug, which makes Lupin flee. Fujiko falls into another chamber where message appears in blocks and Lupin assists Fujiko to reach again the top. In a special room, Lupin explains the real events that occurred in the tragedy of Eulenspiegel and the process of brutally inducing mind control to little girls. Also in the room lies Dr. Kaiser's daughter Aisha who has been long time experimented for the sake of Count Almeida and now frail and weakened. Fujiko reveals that she entered the manor as a maid and intends to steal the Fraulein Eule cult drug, however she's been cornered by Almeida's men and experimented her as well. Her drive to steal and indulge in sex made Aisha somewhat happy. As the conversation draws close, Lupin gets Aisha and unmasks "Minerva's" Owl who happens to be Aisha's mother who survived the Eulenspiegel tragedy. Lupin and Fujiko brings Aisha to a coastline, but Aisha succumbs due to her weakened state. Fujiko challenges Lupin to steal her but Lupin ends up in failure catching her because of immediate breakdown of Lupin's car.
Fujiko entre dans une chambre où le comte Luis Yu Almeida est assis et l'attend, mais Lupin s'interpose depuis une salle de communication et se fait tirer dessus par Jigen, qui a inhalé la drogue de Fraulein Eule Cult, ce qui pousse Lupin à s'enfuir.
Lupin, che sta aiutando Fujiko che ora non è più sotto il controllo di Luis Yu Almeida, spiega i veri motivi che indussero il conte alla sperimentazione umana sulle bambine. Fujiko capisce che pur essendo stata programmata per rubare e darsi ai piaceri della vita, faceva le stesse cose anche prima della sua sperimentazione. Nel frattempo Jigen e Goemon, sotto effetto della droga del culto Fraulein Eule, combattono entrambi senza sapere chi sia il loro avversario, vedendo al nemico una testa di gufo. I quattro ne escono salvi, e Fujiko, ormai libera di vivere tranquillamente, torna a fare la ladra. La serie si conclude creando continuità con la prima serie animata del 1971, con Lupin che perde la testa per Fujiko e, nella sigla finale, diventa socio di Jigen (benché non venga esplicitamente detto ma fatto capire).
峰不二子という女とは何者なのか…その真実が今、明らかになる。そして、数奇な運命に導かれるかのように、ルパン三世、次元大介、石川五ェ門、銭形警部が集結する。やがて、全てを操っていた黒幕がついに姿を現す…。どの物語にも始まりがあり、必ず終わりがある。そして、例外なく峰不二子という女の物語も終焉を迎える時がやってきた…。
