ある日、ちはやは更衣室に忍び込んでいた傷ついた小動物姿のナツキを見つける。 ちはやに助けられたナツキは次第に元気を取り戻し、突然家を飛び出した！ちはやがナツキを追いかけていくと、そこには“種人間”と化した醜い人間の姿が…。 その時、ナツキの首に付いていたヘキサグラムが激しく点滅し、ちはやは魔法戦士に変身してしまう。 何がなんだかわからないちはやに襲い掛かる“種人間”。果たして、ちはやとナツキの運命は！？
突然魔法戦士にされたことに怒り出すちはやに、少年の姿となったナツキは自分の使命を話しはじめた…。 魔法の国エヴァ・グリーンからやってきたナツキは女王の特命で、人間の欲望に取り付く種を回収しに来たのだと言う。しかし、ナツキが人間に変身したのは自分の「キス」の力だと知り、初めてのことにショックを受けたちはやはナツキに強くあたってしまう。ちはやが魔法戦士になることを断ると、ナツキは姿を消してしまった…。
ナツキと協力して種を探すことになったちはや。だが、ナツキは再び動物の姿に戻ってしまい、何を言っているのかさっぱりわからない。困ったちはやはとりあえず、ナツキが地図で示した秋葉原に行ってみることに―。 そこへ、ちはやに気がある隣のクラスの鈴原剛君がやってきて一緒に秋葉原に行くことになってしまう。怪しいフィギュアショップや、コスプレ喫茶を調べていたちはやは、剛に勝手にコスプレ好きだとと勘違いされて…。
今日はさやかの家でのお泊り勉強会。お城のような家に興奮するちはやと美由利だったが、そこには厳しい家庭教師たちが勢ぞろい。スパルタ勉強会に、ちはやと美由利がぐったりしていると、突然カバンに隠れていたナツキが飛び出した！ すぐに後を追ったちはやが目にしたものはまたしても“種人間”。油断した隙に攻撃され、身動きが出来なくなってしまったちはや。そんな時、どこからか甲高い笑い声が！一体、彼女は何者なのか！？
今日は日曜日。ちはやのお母さんのお店「エンジェルキッス」はたくさんのお客さんで混み合っている。ちはやがお店の手伝いに行くと、従業員の戸野村がバイトの子が急に来られなくなって人手が足りないと困っていた。 そこでちはやは、人間形態の那津樹にお店の手伝いをさせることに。お皿を洗ったり、野菜を切ったり、慣れない仕事に何度も動物形態に戻りそうになりながら頑張る那津樹。そんな時、突然ちはやが倒れてしまう…。
ちはやのクラスに城之内という新しい教師が赴任してきた。彼は、先日ちはやのママの喫茶店に来ていたお客さんで、ちはやにとっては顔見知りの存在であった。 そのころ、校内ではロボット研究会の部員たちが学生ロボット格闘コンテストの準備で盛り上がっていた。 優勝のために必死になっている部員たちは周りの生徒の迷惑も気にせず、校内でロボットを走らせている。校内を暴走するロボットがちはや達の更衣室にも入り込んできて…。
ナツキをピンチから救ってくれた謎の男は、これ以上“種”をめぐる事件に関わってはいけないとちはやに警告して姿を消した。ぐったりしたままのナツキを心配するちはや。そんな時、ナツキのヘキサグラムが点滅し、二人は“種人間”を倒しに向かうことに。しかし、そこには既に魔法戦士セルリアンブルーの姿が…。そして、今回収した“種”はクローンであり、一刻も早くオリジナルの種を回収しなければなとちはやたちに告げる。
銘鳳学園で美少女コンテストが開かれることになった。にわかに沸き立つ女生徒たち。美由利に巻き込まれ、ちはやとさやかも参加することに。審査用の写真撮影のため写真部に集まる参加者たち。ちはやのスクール水着、さやかのウェイトレス、美由利のアニメキャラ――と、なぜかコスプレも交えながら撮影は無事終了。しかしその夜、事件は起こった。種人間の気配を感じ、学校に向かったちはやとナツキは、そこで……!?
押入を片づけていたちはやは母の古いアルバムを見つけた。そこには絵美そっくりの女学生＝若き母の姿が。ただの偶然かそれとも……!?そして父の写真がないことにちはやは落ちこんでしまう。その夜、種人間が出現した。戦うカーマイン。追って現れたセルリアンブルーは相変わらずの高飛車かに見えたが、カーマインとの信頼は確実に生まれ始めていた。しかし、今度の敵は手強い。果たして２人の魔法戦士は勝てるのか!?
ちはやは、決意を表した表情で母から父親の写真を見せられる。初めて見る父の写真にうれしさを隠せないちはや。だが、そこでもっと重大な秘密が明かされた――「あなたのパパは生きているの」。ちはやは母の言葉に驚愕した。そのころ那津樹は女王ツユハからベルガモット捕獲の命を受けていた。どこか釈然としない那津樹。また、葉津那とさおり、城之内と小嶋絵美の間でもそれぞれ決意を表すやりとりが……。事態は佳境へと突入していく。
カレンデュラとカーマインの戦いはベルガモットの介入により、カレンデュラが撤退しベルガモットも姿を消した。ちはやはベルガモットが写真で見た父にそっくりだったことが気になって仕方がない。一方、ベルガモットはフェンネルの潜む空間を探し出そうとしていた。フェンネルもその気配を察知し行動を開始。種人間の出現を示す那津樹のヘキサグラムが点滅し始めた。しかし、那津樹たちはちはやの変身を回避しようと妙な行動をとる。一体なにがあったのか!?
ベルガモットの正体がわかったちはやはセプティムに懇願し、ナツキとフェンネルの居る闇の世界へ向かうことになった。ベルガモットの結界の張られた入り口までたどり着いた一行。だが、ちはやだけがまるで誘い込まれるように入り口に吸い込まれてしまう。中で捕らえられたちはやはフェンネルから事件の真相を聞かされる。
“種”の力にのみ込まれたカーマインが、新たな力を得て覚醒した。自分の存在をかけてちはやを守る決意をした那津樹は、新しいヘキサグラムの力を解放した。しかし正気を取り戻したちはやの目の前には微笑みながら消えゆく那津樹の姿が…。悲しむちはやの前に現れたフェンネルとの最終決戦！ 果たしてちはやの運命は!?