世界征服を阻む光子力研究所にDr.ヘルの総攻撃が始まった。迎え撃つはマジンガー軍団。出撃せよ、マジンガーZ!
光子力の平和利用モデル地区に選ばれた町では謎の事件が報告されていた。事件を単身追う暗黒寺刑事は兜十蔵に狙いをつけるが…。
マジンガーZから放たれたロケットパンチはタロス像を打ち砕く!一方、あしゅら男爵は十蔵に迫る。そして遂にDr.ヘルがその姿を現し宣戦布告を宣言するのだった…。
二体の機械獣、ガラダK7とダブラスM2が出現。マジンガーZの操縦もわからないまま二体の機械獣と戦う甲児。戦う覚悟を決めた甲児は見事にマジンガーZを操り機械獣を追い詰めるが…。
甲児の反撃に苦戦するあしゅら軍団。だが、あしゅら男爵もこのままで終るはずもない。ダブラスM2の攻撃を前に友軍へも被害が広がっていく中、さらなる敵・ブロッケン伯爵が飛行要塞グールとともに出現する!!
戦いを終えた甲児は悩んでいた。祖父・十蔵とDr.ヘルとの関係は?「光子力ビームを撃て!」と叫んだ女性は何者なのか?
街を破壊した重要参考人として警察の尋問を受ける甲児。その頃、あしゅら男爵の新たな企みが密かに蠢き始める…。
マジンガーの強奪を狙うあしゅら男爵は新たな機械獣を送り込んでくる。一方、Dr.ヘルより語られるバードス島の秘密、そしてあしゅら男爵の正体とは!?
あしゅら男爵が発動した日本侵略作戦により日本各地に同時に出現する機械獣。そんな時、「くろがね屋」に謎の三姉妹が訪れる。
機械獣に翻弄されるさやか達。だが甲児は、あしゅら男爵が送り込んだ美しき刺客アンドロイド達に襲われていた!!
ホバーパイルダーで光子力研究所に急ぐ甲児。あしゅら男爵の巧妙な作戦はその瞬間にこそあった。
機械獣に捕まったさやかを盾に、投降を強いられる甲児。甲児達のさやか救出とサルード脱出作戦が始まる。
「くろがね屋」に金髪の少女ローレライが訪ねて来た。一目で少女を好きになるシロー。少女は自分の父もロボットを作っていると告白する。
過去に芽生えた兜家を取り巻く因縁想像を越えた新たなる憎しみの連鎖となり、渦巻いていく。衝撃の連続に絶句するシロー。
憎しみが交錯する中、シュトロハイムが人生を賭けたドナウα1がマジンガーZの前に立ちはだかる。シローの心を震わせる悲しい戦いが始まる。
過去の真相に動揺を隠せない甲児とシロー。解析のために持ち帰った機械獣の残骸の中からミケーネの遺物科学である恐るべき刺客がマジンガーZに襲いかかる!!
ケドラは仕掛けたDr.ヘルにも猛威を奮う。Dr.ヘルは甲児に協力を申し出る。あしゅら男爵に案内され、「時の扉」をくぐるマジンガーZ。そこは正しく神話時代の地球だった。
甲児とあしゅら男爵、くろがね屋の面々は古代ミケーネでの出来事を目にし、ゼウスとの邂逅を迎える!!
くろがね屋で女将のつばさはあるものを見て以来、悪霊にでもとりつかれたかのように死相を浮べる。ピグマン子爵の呪法が兜家の秘密を再び解き明かそうとしていたのだ!!
亡霊でも幻でもなく、現実に存在するエネルガーZ。Dr.ヘル、十蔵、つばさ、剣造、そして剣 鉄也の因縁が暴かれる時、マジンガーZとエネルガーZの死闘が始まる…!!
因縁を断ち切るかのようにエネルガーZに戦いを挑む甲児。苛烈さを増す戦いの中、祖父・十蔵の残した秘密兵器が女将の叫びで空を舞う!熱海を、人々を守れるのか!?マジンガーZ!!
度重なるDr.ヘルの猛攻の残した傷跡はあまりに大きかった。ミケーネの時代より様々な死線をくぐりぬけてきた、あしゅら男爵もまた…。
味方のロボット軍団もマジンガー軍団としてパワーアップ。さやかの新しいロボット・ビューナスAも完成!そして遂にDr.ヘルからの最終決戦への宣戦布告がなされる!
Dr.ヘル軍団による総攻撃がはじまり、総力戦と化していく。マジンガーZは、苦戦を強いられながらも戦っていた。しかし、そこには甲児のやりきれぬ思いが響いていた…!!
『バードス島攻略作戦』の真の内容が明らかになる!ゴッドスクランダーとマジンガーZが合体した時、新たな力が生まれる…!人が創り出した、神にも悪魔にも劣らぬ力が今ぶつかり合う!!
遂にその姿を現すDr.ヘルの最後の機械獣。光子力の全てを奪わんと迫り来るその圧倒的なパワーの前に、マジンガー軍団は歯が立たない。愛する者を、ミケーネの全てを奪われたと、あしゅら男爵の悲痛な慟哭が響き渡り、事態は思わぬ方向へと進んでいく!!!
