アフリカ軌道エレベーター近くの軍事演習場で、AEUの新型MSイナクトのデモンストレーションが行われていた。そこに突如、刹那の乗るエクシアが現れる。一方、人革連の高軌道ステーションには危機が迫っていた。
ソレスタルビーイングによる突然の全世界に対する武力介入宣言に、各国の首脳陣は半信半疑のまま、議論を繰り返していた。刹那たちは、長年続いている民族紛争への介入へと行動を移す。
セカンドミッションが終了し、世界が混乱する中、絹江はソレスタルビーイングを名乗る老紳士の正体を突き止めるが…。地球に下りてきたセルゲイは、戦局跡地を確かめるべくセイロン島に向かう。
人革連領地で、軍事介入による死者の慰霊祭が行われる様子をモニタリングするプトレマイオスのクルーたち。世界がガンダムに対して動きを見せる中、ユニオンに属する南米の一国・タリビアが独立宣言をする。
日本の学生、沙慈とルイスは人革連の低軌道ステーションに向かい、リニアトレイン内での一時的な擬似重力などを楽しむ。一方、アレルヤも次の任務のため宇宙へと戻っていた。
軍需による経済で成り立つヨーロッパ南部の一国、モラリアは経済が破綻しかけていた。モラリアの軍事力が必要なAEUは救いの手を差し伸べるべく、合同軍事演習を行う。
サーシェスの乗るイナクトと対峙したエクシア。サーシェスの操縦に翻弄される刹那。攻撃パターンを読まれているようなその動きに、過去の記憶を呼び起こした刹那は、思わぬ行動に出る。
ソレスタルビーイングの行動は、新たな争いの火種となる。一方、アザディスタン王女、マリナの外交旅行は続くが、シーリンから報告される本国の状況、うまく行かない外交にマリナは…
度重なるソレスタルビーイングの軍事介入に、ユニオン、ＡＥＵがほぼ静観の態度を示す中、人革連は対立の姿勢を崩さずにいた。 探査装置を大量投入し、物量にものを言わせた索敵ミッションを遂行するセルゲイ。その真の目的はガンダムを捕らえることにあった。
執拗な人革連の追撃に苦戦するガンダムマイスターたち。アレルヤの乗るキュリオスは鹵獲（ろかく）されてしまうが、ピーリス少尉の声を聞いて目覚める。
鹵獲（ろかく）作戦を退けた、ソレスタルビーイング。ミスをとがめるよう、スメラギに食ってかかるティエリアだったが、それは自らガンダムナドレの姿を晒してしまった苛立ちからでもあった。
古い慣習に倣う保守派と、豊かな国作りをしようとする改革派とにアザディスタンは二分していた。改革を推し進めるため擁立されたマリナだが、思うようにいかない状況に疲弊する。
自分の想いが結果と結びつかず、悔しさを抱く刹那。国連の軍派遣でアザディスタンの内情は、より悪化する一方だった。引き続き第三勢力の存在の可能性などを調べる刹那だが…
世界規模での軍事演習が自分たちへの挑戦とわかりつつ、介入を試みるソレスタルビーイング。ユニオンのグラハムは、対ガンダム調査隊の、カスタムチューンしたフラッグの姿に胸躍らせていた。
ついに３つの陣営による大規模な対ガンダムの鹵獲(ろかく）作戦が展開される。合同演習の名を語ったガンダムを呼び込むその作戦に、罠とわかりつつ武力介入を行うソレスタルビーイング。
ソレスタルビーイングの動向を見つめ、全員の意思が統一されたときのみ、その行動の拒否権のみを司る者、「監視者」。彼らが一堂に会する場所で、アレハンドロ・コーナーはこれまでのソレスタルビーイングの介入行動について振り返る。
新しいガンダムマイスターと、スローネという機体の出現に困惑するプトレマイオスのクルーたち。会談を終えた彼らは次なるミッションを受け、スローネを駆り、MSWADの基地に強襲をかける。
スローネたちの武力介入のあり方に疑問を抱く刹那。しかしスローネの出現は、３陣営の代表者たちに、ソレスタルビーイングに対抗する手段と戦力とが潰えたと考えを改めさせるのだった。
スローネによる一方的な蹂躙は、刹那にソレスタルビーイングの理念を自問させることに。一般人も巻き込むその行為に、刹那はエクシアを駆ってスローネを強襲するが窮地に陥る。
ガンダムへの思いはひとつにまとまり、３国家群による軍事同盟の締結に至る。打倒ガンダムの名目で統合されつつある世界。皮肉にも、それまでのスローネによる絶対悪としての行動からだった。
スメラギは万一の事態に備えるため動く。自分の存在意義、ヴェーダとの関係に悩むティエリアに、ロックオンは声をかける。ソレスタルビーイングの行く末とは裏腹に、チームはまとまり始めた。
スメラギの作戦と新武装によるサポートで窮地を脱した刹那たち。だが、その代償は大きかった。世界の統合は進み、ガンダムはもはや捕獲対象ではなく、殲滅対象として存在していた。
サーシェスの駆るツヴァイに翻弄される刹那とトリニティ。その戦いの中、得たものはＣＢの反撃の切り札となりえるように思えたが、代わりに失ったものも計り知れない大きさだった。
ジンクスの猛追に傷付くガンダム。ロックオンの想いが、アレルヤの気持ちが、ティエリアの決意が、そして刹那が、最後の灯火をひときわ明るく輝かせるかのように闇の戦場を飛翔する。
漆黒の宇宙に次々と散る命。刹那は自分の信念を誇示するように、相対する歪んだ存在を否定するように、最後の戦いに身を投じる。衝撃と感動のファーストシーズン最終回!!
地球圏連邦・独立治安維持部隊「アロウズ」は反政府勢力「カタロン」の鎮圧を行っていた。シーリンに建設途中のコロニー「プラウド」そのコロニーでは、技師となった沙慈が働いていた。
ライルがリビターの構成員だと知る刹那は、世界を変えたいという意思があるならソレスタルビーイングに来るようライルに告げる。一方、アロウズの軍本部もガンダムの再登場で慌しくなる。
反政府勢力収監施設に拘束されたアレルヤ。尋問に立ち会うピーリスに、アレルヤは「マリー」へと呼びかけるがその声は届かない。一方、刹那は、スメラギに救出プランを立案するよう求める。
アロウズは次の作戦を展開するため、リント少佐を招聘。カティは前回のプトレマイオスの作戦を分析し、何かを感じていた。カタロン幹部のクラウスたちはソレスタルビーイングとの接触を図る。
ソレスタルビーイングの出現を逆手にとり、アロウズの重要性を説く連邦政府。それはリボンズによる情報操作の指示でもあった。リボンズはイノベイターや、ある人物を使い、統合計画を推進する。
アロウズの攻撃に倒れるカタロンの兵士。スメラギは忌むべき過去を思い返し、気を失ってしまう。時を同じくして、リントから戦果報告を受けていたカティもまた、過剰な作戦に表情を曇らせる。
意識を取り戻したスメラギの作戦で、戦線から離脱したプトレマイオスだが、ピーリスのアヘッドと共に墜落したアリオスを補足できずにいた。一方、海岸線へと不時着したアレルヤとピーリスは…!?
自分と同じ容姿のリジェネの出現にティエリアは驚く。だが、リジェネから聞いたイノベイターの情報はさらに心を動かした。その後、アロウズの高官が集まるパーティの情報を得たCBメンバーは…!?
サーシェスの駆るアルケーガンダムと対峙した刹那とティエリア。ロックオンの仇と怒りを向けるティエリアだが、その攻撃力に圧倒される。ライルはサーシェスが兄・ニールの仇であることを知る。
連邦の強引な再生計画に反対する中東諸国の中でも最大の国力を持つスイール王国。スイールの蜂起とそれによる中東諸国の追随を懸念する連邦は、スイールへのアロウズ派遣を決定する。
ダブルオーの支援機オーライザーの調整が進む中、アロウズの新兵器の威力に笑みを浮かべるアロウズとリボンズ。彼らのやり方に憤りを覚えたティエリアは、イノベイターの存在をソレスタルビーイングのクルーに明かす。
アロウズの強襲にあい、急いで脱出を図るプトレマイオス。だがカティの戦略と新型のMSに苦戦を強いられるマイスターたち。そんな中、ダブルオーのツインドライヴが真の能力を発揮する。
衛星兵器「メメントモリ」へ攻撃を仕掛けるカタロンの宇宙艦隊に、なおもアロウズMS部隊が迫る。そして刹那に接近していくヒリングのMS。しかしそれは、オトリ役である刹那の誘導だった。
イノベイターからの猛攻を受け、破損しながらも、地球へと降下するプトレマイオス。地球へと向かいプトレマイオスを探す刹那だったが、そこにサーシェスの乗るアルケーガンダムが現れる。
カタロンの補給を受け、修理をしながら巡航するプトレマイオス。刹那が帰艦せず、防戦一方のプトレマイオスだが、そこに連邦内部でのクーデター勃発の情報が入ってくる。
アロウズの突然の撤退、それは連邦内部でのクーデター勃発を告げる情報によるものだった。刹那は、ダブルオーの進路をアフリカへと向ける。だがそこで刹那を待ち構えていたのは…
状況が逼迫する中、修理が不完全なまま現状を打開できずにいたプトレマイオス。そんな中、負傷した刹那は、今なすべきことをなすために、傷を負った体で立ち上がる。
沈黙していたソレスタルビーイングが活動を再開したという報告がホーマーたちのもとに届けられた。ティエリアはプトレマイオスクルーに、今こそヴェーダを取り戻す作戦を決行すべきと進言する。
混乱する戦況の中、ルイスの機体を探し求める沙慈。現れたヒリングとの交戦時、刹那はツインドライヴの力を解放させ、加速する粒子が戦闘宙域一帯に広がった。
プトレマイオスに軟禁されるも、余裕の笑みを浮かべ、スメラギらの問いかけにもはぐらかす返答を重ねるリヴァイヴ。そのとき、フェルトから、ミレイナが連れ去られたという通信が入る。
時間差があって届いた留美からの連絡は、ラグランジュ５のある宙域のポイントだけのものだった。不審に思うプトレマイオスクルー一同だが、刹那は進路を向けるよう提案する。
連邦軍も統合したアロウズの大艦隊が、ソレスタルビーイング殲滅のため集結しつつあった。プトレマイオスでは、戦いの決着をつけるべく、刹那たちが互いの決意を口にする。
リボンズにとうとう造反の意思を示したリジェネ。一方、カタロン、連邦軍をも巻き込んだ、アロウズとCBの戦いは熾烈を極めていた。そこに突如、巨大な光の帯が戦場を包み込む。
敵母艦内に侵入したティエリアはそこで驚愕の事実を知る。そして…。防戦に撤するプトレマイオスだったが、敵の休むことのない猛攻に劣勢を強いられ続け、次々と倒れていく仲間たち。
最後の決戦に身を投じる刹那。ライルの意思が、アレルヤの想いが、ティエリアの思念が漆黒の宇宙を翔けるとき、ダブルオーライザーから発せられた粒子が周囲一帯を包みこんだ。
24世紀初頭、戦争根絶を掲げる私設武装組織・ソレスタルビーイングの出現から2年。廃船となった木星探査船の接近と共に地球圏に異変が続発。やがて謎の異星生命体が迫る中、ソレスタルビーイングの面々も、人類の存亡をかけた戦いに参戦するが…。
西暦2307年。化石燃料は枯渇したが、人類はそれに代わる新たなエネルギーを手に入れていた。3本の巨大な軌道エレベーターと、それに伴う大規模な太陽光発電システム。しかし、このシステムの恩恵を得られるのは、一部の大国とその同盟国だけだった。3つの軌道エレベーターを所有する3つの超大国群。アメリカ合衆国を中心とした『ユニオン』。中国、ロシア、インドを中心とした『人類革新連盟』。ヨーロッパを中心とした『AEU』。各超大国群は己の威信と繁栄のため、大いなるゼロサム・ゲームを続ける。そう、24世紀になっても、人類は未だ一つになりきれずにいたのだ……。そんな終わりのない戦いの世界で、「武力による戦争の根絶」を掲げる私設武装組織が現れる。モビルスーツ「ガンダム」を所有する彼らの名は、ソレスタルビーイング。ガンダムによる全戦争行為への武力介入がはじまる。
西暦2312年。ソレスタルビーイングと、国連軍との最終決戦から4年。地球連邦政府を樹立した人類は、さらなる国家の統合、人類の意思統一を目指すべく、連邦正規軍とは別に、独立治安維持部隊『アロウズ』を組織する。しかし、その実態は、統一に名をかりた反政府勢力や主義、思想等への非人道的な弾圧であった。夢を叶え、ルイス・ハレヴィとの約束を守るべく、宇宙技術者の道に進んだ沙慈・クロスロードも、否応なく連邦政府の改革に巻き込まれていく。一方、4年前の最終決戦で生き延びた刹那・F・セイエイは、ソレスタルビーイングによって変革を促された世界の行く末を見つめていた。監視者、アレハンドロ・コーナーを倒し、争いのない平和な世界になることを夢見て。しかし、彼が目の当たりにしたものは『アロウズ』によって作られた弾圧という名の平和、歪み続ける現実であった。彼は再び戦う決意をする。世界を変革出来うる力、ガンダムと共に。再び動き出す世界で刹那や沙慈の進み行く先はどこに向かうだろうか?
西暦2312年。ソレスタルビーイングと、国連軍との最終決戦から4年。地球連邦政府を樹立した人類は、さらなる国家の統合、人類の意思統一を目指すべく、連邦正規軍とは別に、独立治安維持部隊『アロウズ』を組織する。しかし、その実態は、統一に名をかりた反政府勢力や主義、思想等への非人道的な弾圧であった。夢を叶え、ルイス・ハレヴィとの約束を守るべく、宇宙技術者の道に進んだ沙慈・クロスロードも、否応なく連邦政府の改革に巻き込まれていく。一方、4年前の最終決戦で生き延びた刹那・F・セイエイは、ソレスタルビーイングによって変革を促された世界の行く末を見つめていた。監視者、アレハンドロ・コーナーを倒し、争いのない平和な世界になることを夢見て。しかし、彼が目の当たりにしたものは『アロウズ』によって作られた弾圧という名の平和、歪み続ける現実であった。彼は再び戦う決意をする。世界を変革出来うる力、ガンダムと共に。再び動き出す世界で刹那や沙慈の進み行く先はどこに向かうだろうか?
