ごく普通の薬局で薬剤師をしている草刈蛍と、世田谷中央郵便局の局員・悟郎は結婚して2年半になる夫婦。だが、ラブラブだったのは新婚当初だけで、生活習慣や価値観の違いからささいなことで毎日のように言い争うようになり、すでに離婚の危機に直面していた。 実は蛍と悟郎は、お互いに決して誰にも言えない“裏の顔”があった。蛍は甲賀忍者、悟郎は伊賀忍者という、日本の歴史の裏側で敵対を続けてきたとされるライバル忍者の末裔同士なのだ。だが、二人ともお互いの正体には気づかぬまま、夫婦生活を送っている。 そんな折、蛍は、与党民事党の国会議員・赤巻章介のスキャンダルを掴めという指令を受ける。一方、周辺の怪しい動きを察知した赤巻サイドは、秘密裏に伊賀一族に身辺警護を依頼していた・・・・・・。
薬剤師として働きながら、忍びとして暗躍する甲賀忍者の草刈蛍（菜々緖）は、与党民自党の国会議員・赤巻章介の違法薬物使用疑惑の証拠を掴むよう命じられた。赤巻邸に侵入した蛍は赤巻と対峙したが――。 一方、普段は郵便局員として働く伊賀忍者で、蛍の夫でもある草刈悟郎（鈴木伸之）は、赤巻邸を警護中に不審な人物を発見。手裏剣で攻撃したが、あっさりかわされて逃げられてしまう。その後、音無祐樹（勝地涼）とともに、毒殺された赤巻の遺体を発見する。 すれ違いばかりの夫婦生活に業を煮やした蛍は、悟郎に離婚届を突きつけて家を出、父・月乃竜兵（古田新太）のアパートに身を寄せていた。そこで蛍は、妹の雀（山本舞香）に赤巻邸での出来事を打ち明ける。 同じころ、伊賀グループの本部長・松下昇（小須田康人）は、悟郎から、赤巻が毒殺されたこと、そして現場から逃走した不審者はその身のこなしから甲賀者ではないかとの報告を受ける。松下は、逃げた甲賀者を必ず警察よりも先にとらえるよう、悟郎たちに命じ……。
気持ちがすれ違い続ける蛍（菜々緒）と悟郎（鈴木伸之）は、ついに離婚することで同意する。そんな中、蛍にある指令が下る。それは、チャリティーイベントを狙った爆弾テロを阻止せよ、というものだった。 だが、実はこの爆弾テロ情報は、赤巻議員を殺害した甲賀忍者をおびき出すために、伊賀が仕組んだ罠だった。イベントのパーティーでは、甲賀が支持している野党・未来党の党首が挨拶をすることになっていたからだ。悟郎たちの働く郵便局の局長であり伊賀忍者である熊沢治（六角慎司）は、ボランティアの郵便局員としてイベントに悟郎たちが潜入し、テロの阻止に動きだす甲賀者を捕らえよと命令する。一般参加者に怪しまれないよう、パーティーには家族同伴で参加しなければならない。悟郎が蛍との離婚を決意したことを知る同僚の音無祐樹（勝地涼）は、手伝ってくれなければ離婚届は出さない、と蛍に言ってみてはどうかと助言するが……。一方、蛍や父親の月乃竜兵（古田新太）は、このイベントが伊賀の罠である可能性についても考えていた。蛍は、かつて爆弾テロ事件を防いだことがあるという竜兵に、爆弾を作りそうな人物を調べてほしいと頼む。 そんな折、蛍と再会した悟郎は、恐る恐るパーティーのことを切り出す。会場への潜入方法に苦慮していた蛍は、不機嫌そうな態度を見せつつもこの好機に飛びつき……。
甲賀忍者の草刈蛍（菜々緖）は、イベント会場を狙ったテロの際、仕掛けられた爆弾が爆発する直前に、夫の悟郎（鈴木伸之）が自分のことをかばったことに不審を抱く。悟郎は爆弾があることを知っていたのではないか、という疑念だった。一方、伊賀忍者の悟郎も、蛍のカバンの中から爆弾を仕掛けた場所を記した地図を見つけ、蛍がテロに関わっているのではないかと疑っていた。二人は、ともに相手からさりげなく情報を引き出そうとするが……。 同じころ、伊賀忍者の音無祐樹（勝地涼）は、自宅のリビングで、イベント会場に設置した監視カメラの映像をチェックしていた。翌朝、伊賀の本部に報告書を提出しなければならなかったのだ。だが、映像を見ていた音無は、何かに気づき、焦り始める。夫の様子がおかしいことに気づいた妻の恵美（筧美和子）は、「今日の爆発のこと？」と声をかけた。すると音無は、「任務のことに口出しするな」と言い放って家を出ていってしまう。 あくる日、郵便局に出勤した悟郎は、郵便局長で伊賀忍者でもある熊沢治（六角慎司）から、音無が本部からの呼び出しを無視し、姿を消したことを知らされる。伊賀の本部は、音無が第2の爆弾のことを知っていた一人であることから、彼が甲賀に爆弾のことを教えた内通者ではないかと疑っているらしい。一方、蛍のもとへは、家を出て行ったきり連絡が取れない夫のことを心配した恵美が娘の杏（河野彩吹）を連れて訪ねてきて……。
仕事を終えた草刈蛍（菜々緒）は、唐揚げ用の鶏肉を求めて精肉店を訪れる。今朝出かける前に、悟郎（鈴木伸之）と約束したからだった。悟郎は、今日も蛍が家に帰ってきてくれると知って大喜びし、蛍のためにノンアルコールのビールを買って帰るとはしゃいでいた。 だが、帰宅する悟郎の表情は朝とは一変していた。昼間、伊賀の本部に呼び出され、赤巻議員の遺体発見直後の防犯カメラ映像を確認するよう求められたのだ。そこには、蛍によく似た背の高い女性が映っていた。映像に残っていたその女性は、悟郎にも見覚えのある、蛍とまったく同じ癖の動きをしていた……。伊賀の上層部には、とっさにわからないと答えた悟郎。 家に帰るのをためらう悟郎は、忍者居酒屋『NINNIN』に立ち寄り、赤巻議員の事件や爆弾テロ騒ぎの際の蛍の言動を頭の中で検証する。しかし、決定的な証拠となるような出来事は思い当たらず、混乱するばかりだった。 いつまでたっても帰って来ない悟郎に憤る蛍だったが、そこへ妹の月乃雀（山本舞香）から、姉の楓（ともさかりえ）が意識不明で病院に救急搬送されたという連絡が入る。蛍は、ちょうどそのタイミングで帰ってきた悟郎をなんとか誤魔化し、病院へと向かうが……。
草刈蛍（菜々緒）は、夫の悟郎（鈴木伸之）が伊賀忍者だったことを知る。そして悟郎もまた、蛍が赤巻議員の邸宅に侵入した甲賀忍者だと気づいていた。「知ってしまった以上、けりをつけるしかない」。帰宅した悟郎と、それを出迎えた蛍は、互いに武器を隠し持って対峙する。 蛍と悟郎は、夕食の間も相手の一挙手一投足に目を光らせていた。だが、心の準備ができておらず、行動を起こすことはできなかった。「明日こそ」。ふたりはそう決意し、眠れない夜を過ごす。 あくる朝、ストレッチしていた蛍は、突如背後から投げられた棒手裏剣を素早くキャッチ！ それを合図として激しくやりあい始めた蛍と悟郎は、お互いの能力の高さに驚きつつも、互角の闘いを繰り広げる。 甲賀と伊賀、ライバル同士の夫婦が決着をつけるため、激しい闘いの幕が開く！
互いの正体を知った草刈蛍（菜々緒）と夫の悟郎（鈴木伸之）は、自宅で激しい戦闘に突入する。だが、その間にも幸せだったときを思い出してしまう二人。闘いの最中、悟郎は「好きだ」といって蛍を抱きしめた。蛍も、そんな悟郎にキスをして応えて――。 闘うことを止めた蛍と悟郎は、改めてここ最近の間に起きた出来事を整理する。蛍が赤巻議員の家をドローンで偵察したこと、それが原因で悟郎は蛍と約束したレストランに行けなくなったこと、蛍が赤巻邸に忍び込んだときにはすでに赤巻議員は死んでいたこと、イベント会場の爆弾は甲賀を捕らえるための罠（わな）だったはずが、上の命令で本物の爆弾に変えられていたことを。その際、悟郎は、蛍に結婚を続けたいと申し出るが……。 一方、風富小夜（吉谷彩子）は、赤巻議員を殺したとされる甲賀の女は蛍ではないかと疑っていた。伊賀忍者の総帥でもある祖父・城水（市村正親）にそのことを打ち明けようとした小夜は、ある決心をする。 あくる朝、悟郎は、赤巻議員を殺害した犯人を捜そうと蛍に提案する。伊賀と甲賀の結婚という大問題にどう対処すべきかを考える前に、まず蛍の無実を証明したいというのだ。 そんな折、蛍の妹・月乃雀（山本舞香）のSNSに、「身勝手な者には天罰が下る」というメッセージが届く。“shuriken”を名乗るその人物は、雀の行動を逐一監視しているようだった。 同じころ、蛍には甲賀の仲間から「敵はいつも見ている」という警告が届く。蛍たちを付け狙うのは果たして……。
草刈蛍（菜々緒）が夫の悟郎（鈴木伸之）といい雰囲気になった瞬間、蛍のスマートフォンが鳴る。警戒しながら電話に出ると、流れてくる『運命』のメロディー。それは危険を知らせるための甲賀の合図だった。音無祐樹（勝地涼）と風富小夜（吉谷彩子）が草刈家を訪ねてきたのだ。 蛍は、音無たちの相手を悟郎に任せて、２階の寝室に身を潜めた。何も気づいていないふりをすることにして、ふたりを迎え入れる悟郎。そこで小夜は 「甲賀の背の高い女って、蛍さんだよね？」と切り出す。悟郎が防犯カメラの映像を見たときから様子がおかしいことに気づいていた小夜は、蛍が雀（山本舞香）のストーカーを捕まえたときの身のこなしや、イベント会場に男装して潜入し、爆弾を処理した雀の名前を知っていたことなどの証拠を上げ、悟郎から真相を聞き出そうとする。それでも「蛍は甲賀なんかじゃない。普通の人だよ」と言って何とか追及をかわそうとする悟郎。 小夜は、シンクにあった食事の形跡に気付き、蛍が隠れていることを察する。だが、小夜が２階を調べに行ったときには、蛍の姿はなく…。悟郎は、時間をくれないかと小夜に申し出る。蛍と話をして、彼女の口から本当のことを聞きたいというのだ。悟郎に同情した音無が味方をしたこともあって、彼の提案を受け入れることにした小夜は、２４時間後に結果を持って本部に来るよう命じるが……。
甲賀忍者の草刈蛍（菜々緒）は、殺害された赤巻議員と音無祐樹（勝地涼）の間に、薬物を通じて接点があった証拠を掴む。議員を殺害した真犯人は音無ではないかと疑い、伊賀の本部に向かっていた夫の悟郎（鈴木伸之）に知らせる蛍。だが蛍のもとへ向かおうとした悟郎は、何者かに襲われて拘束されてしまう。 目を覚ました悟郎の前に立っていたのは音無たち、伊賀忍者だった。音無は、蛍から何を聞いたのか、と悟郎を問い詰めた。 そこで悟郎は、音無とふたりだけで話がしたいと頼む。 一方、蛍は、悟郎の身を案じ、伊賀の本部・Ｈａｔｔｏｒｉビルを訪れる。だがそこで、伊賀忍者たちの襲撃に遭い、逃走を余儀なくされる。そんな蛍の危機を救ったのは、意外な人物だった。 音無とふたりだけになった悟郎は、議員を殺したのはお前なんじゃないか、と切り出すが……。
甲賀忍者の草刈蛍（菜々緒）は、伊賀忍者の風富小夜（吉谷彩子）と対峙し、監禁されている夫の悟郎（鈴木伸之）を解放するよう求めた。すると小夜は、悟郎を自由にする代わりに、伊賀の任務を引き受けてほしいと言い出す。その任務とは、ある人物を殺してほしいというものだった。小夜は、蛍がこの任務を成功させれば悟郎に制裁を加えない、と約束する。 草刈家に戻った蛍は、早速、現場となるシンポジウムの会場を調べ始める。一方、音無祐樹（勝地涼）も、蛍に暗殺の任務を依頼したことを小夜から教えられる。音無は、そのことを悟郎が知ったらどうするのか、と小夜に問いかけた。すると小夜は、「言わなければ知ることもない。あの２人、もう会うことはないんだから」と返す。 依然、捕らわれの身の悟郎はその事実を知ることもなく、蛍は無事に逃げおおせたと思っていた。 蛍は、父・月乃竜兵（古田新太）のアパートで武器の準備をするとともに、妹の雀（山本舞香）、伊賀忍者ながら蛍と行動をともにしてきた宇良豹馬（藤原大祐）に、伊賀から暗殺の依頼を受けたことを伝える。蛍の覚悟を知った竜兵は、「必ず、生きて戻れ」と告げて蛍を見送り……。
現代に生き永らえる“忍者の末裔”というコミカルな世界感の中で、主人公の夫婦が表と裏の顔の二面性を持ち併せて織り成す忍者×夫婦ラブコメディー。 さまざまな戦いを人知れず支えてきた影の集団である“忍者”の中でも、絶対に相いれない敵対関係にあったとされる「伊賀」と「甲賀」（諸説あり）。歴史に影を潜めて暗躍していた因縁の忍者の末裔たちは現代においても、その特殊任務を遂行し続けていた―。 妻・草刈蛍（菜々緒）は「超実力主義」の甲賀忍者、夫・草刈悟郎（鈴木伸之）は「超保守主義」な伊賀忍者。現在でも、敵対しライバル忍者の末裔でもある二人が、お互いの正体を知らずに結婚。しかし、ラブラブだったのは最初だけで、すれ違う感情、かみ合わない会話から、夫婦生活は冷めきって破綻寸前に。離婚の危機に直面した夫婦のところへ、それぞれに“特殊任務”が舞い込む。 互いの任務でニアミスする二人は、やがて互いの正体を疑いはじめ…。
