突然、戦国時代にタイムスリップしてしまった高校生の相良良晴。 合戦の真っ只中で足軽のおっさんに救われるも、なんとそのおっさんが流れ弾に当たって討ち死にしてしまった。おっさんの名は木下藤吉郎。 「木下藤吉郎って、豊臣秀吉じゃねーか！」 歴史が変わったことに動揺する良晴だったが、今度は騎馬武者に襲われている一人の美少女に出会う。 彼女こそ、天下を目指す尾張の姫大名、織田信奈であった！
織田家の足軽となった良晴は、信奈の弟・織田信勝が姉の悪口ばかり言うのに腹を立て、思わず殴ってしまう。だが、信勝は織田家長男。本当なら家を継ぐ筈だったと、信奈に謀反を繰り返している超問題児だったのだ。 良晴の首を要求され、悩む信奈。下手に拒めば、御家真っ二つの内乱になる。足軽が殴れば問答無用だが、侍大将に出世させれば交渉の余地はあるかも……。 「一週間以内に米を八千石を調達しなさい！」相場の二倍という無理難題。だが、成功させなければ良晴の命はない！
斎藤道三の息子、義龍が謀反！美濃三人衆も敵となり、戦場で孤立する道三と明智光秀。だが、信奈は援軍を出さない。今、尾張は強大な今川家に狙われているからである。 良晴は「それでいいのか？」と問い詰めるが、信奈の目尻に涙を見てしまう。「わたしが好きになった人はすぐに死んじゃうの……」それが信奈の本心。戦国武将であると同時に一人の女の子でもある。 そんな折、北近江の大名・浅井長政が政略結婚を持ちかけてくる。
織田軍の十倍に達する大軍で尾張へと侵攻を開始する今川義元。この危機を前にして、信奈は良晴を追放する。それが良晴を巻き込むまいとした心情の裏返しだと知り良晴は自分にしか出来ないことで信奈に報いようと思う。すでに幾つかの歴史を変えた今、自分が知っている通りには進まないかもしれない。だが、歴史を知っているから、死ぬはずだった人も救えた。 「だったら、歴史は俺の味方だ！」 良晴は五右衛門らと、織田軍が唯一勝てる場所──桶狭間へと向かう。
美濃攻略へと出陣した信奈たちだったが、なんと連戦連敗させられてしまう。その原因は、日本随一と言われている天才軍師・竹中半兵衛の存在だ。美濃を攻める前に半兵衛を味方につける必要がある。 史実通りならそれを成したのは豊臣秀吉、つまり──「こいつは俺のイベントなんだよ！」 半兵衛を調略するため、光秀の案内で井ノ口の町へとやってきた良晴だが、そこにはまたしても浅井長政が！長政の狙いも同じだった。はたして良晴は天才軍師を手に入れることが出来るのか！？
美濃攻略上、最大の要所である墨俣。信奈たちは城を築こうとするが、そこは敵地の真っ只中。途中で攻撃を受け、勝家たちは工事を完成することが出来ずにいた。 しかし、良晴にはとっておきの秘策があった。 「一夜で城を造ってしまえば、邪魔したくても出来ないぜ」 それは豊臣秀吉だけが完成させた前代未聞の作戦。秀吉が天下人へと上り詰めるきっかけとなった最大のイベントだ。信奈から託された瓢箪を旗印に、良晴は未来の建築術で墨俣一夜城に挑む！
武士の頂点に立つ征夷大将軍が襲われ、室町幕府が滅亡した。 将軍を奉じて上洛する信奈の計画は台無しになったが、代わりに将軍の血を引く今川義元を担ぎ、上洛を開始するのだった。 一方、本隊に先駆けて京都へと偵察に向かった良晴が目にしたのは、統治者を失った無法地帯。 この国を作った神々の子孫が住むやまと御所までもが襲われていた。 「ここって、やんごとなき御住まいじゃねーのか！？」 良晴たちは悪漢どもを撃退し、一人の美しい少女を救うのだったが……。
関白・近衛前久は今川義元の将軍宣下に対し、十二万貫もの大金を要求してきた。 困った信奈は日本最大の貿易都市・堺から金をかき集めようとする。 しかし、堺では豪商の今井宗久と津田宗及が激しい権力争いを繰り広げており、巻き込まれた良晴は新たな名物料理を生み出すため、光秀と対決しなければならなくなる。 「サル人間には絶対に負けません！」 異様なまでにやる気の光秀、織田家でも権力闘争勃発か！？ 光秀と戦う良晴が考えた秘策とは？
信奈の天下統一を阻むため、張り巡らされる織田包囲網。 武田信玄や上杉謙信が動いたとの噂も流れ、尾張滅亡の危機が迫る。 京を捨て、全軍撤退しようとする信奈を引き止める良晴。 「天下を目指すなら、ここが踏ん張りどころじゃねーのか！？」 しかし、本国には大切な人たちがいる、それを守れなくて何が天下人か！ 良晴と喧嘩別れになった信奈は、わずかな守備隊だけを残して尾張へと引き返すが、その機を逃さず、妖将・松永久秀が京を襲う！
京を治めたものの、北陸には反織田最大勢力・越前の朝倉義景がいる。 信奈は良晴を京の守りに残し、その隣国・若狭へと進攻した。歴史通りなら、織田は朝倉を攻めて大敗している。 史実と違うのに困惑しつつも安心する良晴だったが、信奈は若狭と見せかけて越前を奇襲する作戦を立てていた。事実を知った良晴は慌てて信奈のもとへ向かう。 「信奈、逃げろ！」 だが、時すでに遅く、織田軍は浅井・朝倉連合軍に挟撃されてしまうのだった。
信奈を逃がす為、敵を引きつける囮り役となった良晴。3万もの大軍に対し、良晴と残ったのは川並衆ら5百名。数の差は歴然、共に戦ってきた仲間たちは一人、また一人と倒れていった。敵は大将の良晴を狙い、味方は大将を守る為に進んで命を投げ捨てていく。この状況に良晴は上に立つ者、信奈の心境を痛感する。「重い…重過ぎるぜ……」 朝倉軍の猛攻に万策尽きた良晴はついに断崖へと追い詰められてしまう。
良晴、帰らず。悲嘆の淵に沈む信奈は弔い合戦だと、敵がたてこもる聖地・比叡山を包囲する。歴史通りなら織田信長は比叡山を焼き討ちし、乱世の魔王へと成り果てた。 「お前に魔王は似合わない。今のままの信奈でいてくれ！」 そう訴え続けた良晴はもう信奈のそばにいない。陰謀と共に日本を支配しようとする諸悪の根源たちは目の前にいる。 はたして織田信奈が選んだ道は――！
