Due to the incredible success of the Sibyl System, Japan has begun exporting the technology to other countries with the hope that it will one day be used all around the world. In order to test its effectiveness in a foreign location, the war-torn state of the South East Asian Union (SEAUn) decides to implement the system, hoping to bring peace and stability to the town of Shambala Float and keep the population in check.
Vier Jahre nach dem Tod von Shougo Makishima und dem Verschwinden Shin'ya Kougamis beginnt die japanische Regierung das Sybil-System weltweit auszubreiten.
Während in einer kleinen Küstenstadt in 'Shambala Float' ein Bürgerkrieg herrscht, führt die SEAUn (South East Asia Union) das Sybil-System ein, welches vorübergehend für Frieden in der kleinen Stadt sorgt. Doch dann tauchen plötzlich Terroristen der SEAUn in Japan auf und greifen das Sybil-System von innen heraus an. Akane Tsunemori und ihr Team müssen nun nach Shambala Float reisen und versuchen die Terroristengruppe aufzuspüren.
人間の精神を数値化するシビュラシステム管理下の2112年、新人監視官の常守朱と執行官の狡噛慎也は、ある大事件の黒幕・槙島聖護と出会う。狡噛は自らの信念を貫き槙島に復讐（ふくしゅう）を果たした後、姿をくらます。2116年、日本政府が輸出したシビュラシステムを内戦状態のSEAUn（東南アジア連合）が実験的に導入するが、SEAUnから日本へテロリストが送り込まれ……。
Trois ans se sont écoulés depuis les événements de la première saison. Le Système Sibyl commence à se répandre à travers le monde, notamment grâce à la vente de drones aux pays en difficulté. En proie à la guerre civile, le SEAU (South East Asia Union) devient un sujet d'expérimentation pour Sibyl.
Sous ce nouveau système, la ville côtière de Shambala connait une paix et une sécurité nouvelle. Jusqu'à ce que des terroristes employés par SEAU se rendent au Japon. En tentant de s'infiltrer dans la société japonaise, ils veulent frapper Sibyl de l'intérieur mais sont stoppés par la Sécurité Publique. L'ombre d'un homme plane sur cet incident...
En charge de l'enquête, Akane Tsunemori se rend à Shambala. La vérité sur la justice devient peu à peu plus claire. Désormais, Akane devra choisir entre sacrifier la paix civile ou bien perdre ses idéaux...
Debido al increíble éxito del Sistema Sibyl, Japón ha comenzado a exportar la tecnología a otros países con la esperanza de que algún día sea utilizada en todo el mundo. Para poner a prueba su eficacia en el extranjero, el estado de guerra de la Unión del Sudeste Asiático (SEAUn) decide implantar el sistema, con la esperanza de traer paz y estabilidad a la ciudad de Shambala Float y mantener a la población bajo control.
2112 年新人监视官常守朱和执行官狡噛慎也与以前发生的恶性案件的幕后黑手槙岛圣护相遇。槙岛圣护动摇了维持和平的系统的根基，质疑正义的存在。最后，狡啮对他执行了自己的正义，从此消失无踪。2116 年，日本政府开始向战乱国输入“Sibyl System（西比拉系统）”和无人驾驶机器人，企图让这个系统控制全世界。他们在处于内战状态的 SEAUn（东南亚诸国）实验性地导入了“Sibyl System”，令其治理下的水上都市“香巴拉弗洛特”短暂地得到了平稳和安定的生活。但是，SEAUn 却向日本派出了恐怖分子。恐怖分子偷偷潜入香巴拉弗洛特，企图对中枢发动攻击。其中出现了某名男子的身影。刑事课一系的常守朱奉命前往香巴拉佛洛特进行调查。为这片新土地带来正义的真相。
