L'inglese James Brooke, ha ormai ottenuto potere e terre e si fa chiamare "Rajah bianco di Sarawak", l'unico suo avversario è Sandokan, un principe malese che aveva perso la famiglia anni prima, sterminata dagli inglesi. Cresciuto è diventato un pirata, il cui obiettivo è rovesciare il Rajah bianco e allontanare dalla sua terra natale l’Inghilterra. La puntata termina con il ferimento del pirata (si pensava che fosse morto), colpito in pieno da un proiettile, durante un agguato condotto da Brooke e Sir William Fitzgerald. Sandokan cade a mare scomparendo.
Nella seconda puntata vediamo Sandokan ancora vivo ma ferito gravemente raggiungere, grazie alle correnti, la spiaggia di Labuan dove giace privo di sensi. I servitori di Lord Guillonk lo salvano e Marianna si prende cura della sua ferita. La ragazza è la nipote di lord Guillonk, per la sua bellezza viene chiamata “la Perla di Labuan”. Il secondo di Sandokan Yanez, credendo che il loro comandante sia ancora vivo organizza una spedizione alla sua ricerca.
Lord Guillonk organizza una battuta di caccia, dove Sandokan riesce ad uccidere una tigre, dedicando la preda a Marianna. Fitzgerald presente in quell'occasione, riconosce il suo nemico e ordina ai suoi uomini di catturare il pirata, che con l’aiuto di Yanez giunto da poco, riesce a fuggire. Ritornato a Labuan, Sandokan decide di sposare Marianna che porta con lei, il matrimonio viene celebrato da Yanez sulla nave durante il viaggio di ritorno a Mompracem, prima di giungere a destinazione vengono attaccati da Brooke, e nello scontro fra le due navi Sandokan viene catturato.
Sandokan riesce a fuggire di prigione e grazie all'aiuto di Yanez che utilizza una falsa identità cercano di salvare Marianna. Il ragazzo riesce ad introdursi nella casa di Lord Guillonk ma viene scoperto da James Brooke.
Sandokan con i suoi uomini attacca William Fitzgerald per salvare Marianna, dopo uno scontro salva la ragazza ed in seguito riesce anche a catturare Brooke. Viene poi effettuato uno scambio di prigionieri: Brooke per Yanez. Dopo un periodo tranquillo si diffonde il colera sull’Isola di Mompracem.
L'epidemia di colera ha ucciso molte persone e i superstiti vengono attaccati da James Brooke. Sandokan cerca di fuggire ma mentre Yanez viene ferito, Marianna viene uccisa, colpita da un proiettile. L'isola viene conquistata da Brooke. Sandokan riesce a scappare in una scialuppa con i fedeli Yanez e Sambigliong, intento a voler lasciare la pirateria. Ma non appena incontra sul mare un nutrito manipolo di malesi decisi ad unirsi a loro, reagisce e decide di continuare la sua lotta contro l’Inghilterra ("...la Tigre è ancora viva!" esclama alla fine) .
Dieci anni dopo la caduta di Mompracem, l'isola è comandata da Abdullah, un sultano pavido, crudele e grossolano al soldo degli inglesi. La giovane mezzosangue Jamilah, accompagnata da un giovane avventuriero greco di nome Teotokris, intraprende un viaggio in India, allo scopo di convincere Sandokan a tornare a combattere per la libertà e spodestare l'impostore. I due cercano subito di entrare in contatto con Yanez de Gomera, fraterno amico di Sandokan, che intanto ha sposato l'indiana Surama, maharani dell'Assam; Yanez, tuttavia, sconsiglia a Jamilah di perseverare nel suo intento, perché la "Tigre della Malesia", dopo le ultime pugne, ha perso fiducia nella lotta senza quartiere agli inglesi e si è ritirato a vita privata. La ragazza, però, riesce ad incontrare Sandokan nella giungla e lo convince a tornare a Mompracem.
Lady Dora arriva in India, nel territorio dell'Assam, insieme al suo fotografo Alfred per scrivere un articolo sul pirata Sandokan, soprannominato la "Tigre della Malesia". Il destino vuole proprio che Sandokan incontri la donna, salvandola da un gruppo di banditi. Yanez de Gomera, amico fraterno di Sandokan e ora compagno della regina Surama, chiama Sandokan a palazzo dove spiega all'amico che il cugino della sua consorte, Raska, ha intenzione di conquistare il regno e di diventare maraja usurpando il trono. Sandokan decide, quindi, di aiutare l'amico facendo da scorta a Surama durante la festa del governatore inglese. Ma proprio qui il pirata viene scoperto dagli inglesi tramite un tranello di Yamira, concubina di Raska, per poi essere condotto in prigione. Jams Guilford, segretario del governatore e nipote di lord Brooke, si allea con Raska e uccide il governatore, facendo ricadere la colpa su Sandokan, nel frattempo fuggito grazie all'intervento di Dora, di Alfred e dello stesso Guilford. Mentre Andrè, il figlio di Yanez, viene ferito e guarito dal santone di un villaggio, Yogi Azim, Surama viene rapita dal cugino, il quale ferisce Yanez mortalmente.
Sandokan e Andrè soccorrono Yanez e lo portano da Yogi Azim, il quale riesce a curare il portoghese. I soldati di Raska, tuttavia, scoprono che Yogi Azim è alleato di Sandokan e dei suoi compagni, e così lo torturano pesantemente. Andrè per liberare la figlia di Azim, Baba, di cui è profondamente innamorato, si reca al palazzo di Raska, dove viene anch'egli catturato e imprigionato. Intanto, Sandokan, con la complicità di Dora, arriva nel nascondiglio di Raska, uccide i soldati e libera Surama, che poco dopo viene nuovamente catturata. Durante la lotta Sandokan viene ferito da Raska e, una volta guarito, esorta Dora a non seguirlo. La ragazza, però, è intenta a scrivere l'articolo per il suo giornale e non è disposta ad accettare la richiesta del pirata.
Sandokan e Dora si rifugiano nella foresta. Yamira si invaghise di Andrè, e tenta in tutti modi di salvarlo. Intanto Guilford convince Lord Parker a nominarlo Governatore. La richiesta viene accettata e James convince gli inglesi ad allearsi con Raska. Quest'ultimo si presenta con Guilford alla riunione e uccide tutti i raja, diventando automaticamente il nuovo maraja dell'Assam. Sandokan e Dora raggiungono le montagne dell'Assam e qui incontrano Kammamuri e la sua banda. Il malese convince il compagno a unirsi a lui nella speranza di sconfiggere Raska. Giunti al villaggio di Azim, incontrano Yanez e decidono di prepararsi alla battaglia tenendo un'imboscata a Kadek, il braccio destro di Raska, il quale è intendo a sacrificare Baba alla dea Kalì. I guerrieri capeggiati da Yanez e Kammamuri riescono a salvare la ragazza, ma Sandokan viene catturato e reso cieco attraverso uno dei veleni di Kadek. Dora, intanto, cerca di far credere al padre che Sandokan è innocente e che non ha ucciso lui il governatore, ma questi non gli crede.
Sandokan, reso cieco, è prigioniero di Raska. Yanez decide di consegnarsi a Raska, in cambio della vita della vita del figlio Andrè, che invece viene liberato. Yamira, innamoratasi di Andrè, viene punita da Raska e, per vendicarsi, fa in modo che Sandokan riottenga la vista attraverso un suo antidoto. Kammamuri, Yanez e i loro compagni fanno irruzione nel palazzo di Raska, dove liberano Sandokan. Successivamente il gruppo raggiunge il palazzo di Surama, dove la maharani sta per abdicare il trono in favore di Raska. Sandokan interviene appena in tempo: dopo un duro scontro la tigre della malesia uccide Raska e Guilford. Dora, che intando si è innamorata di Sandokan, viene costretta dal padre a partire per l'Inghilterra. Sulla strada del ritorno appare Sandokan che le augura una vita felice e fugge nella foresta.
