少年シャイロにはよく見る夢があった。女神が現れて、自分には使命があると語りかけてくる、そんな夢。しかし、シャイロには、その夢が意味するところはまだわからなかった。目が覚めたシャイロは、町で暴れた双子の姉弟コロナとバドに果物の収穫やペットへのエサやりを手伝ってもらい、それからドミナの町に出かけることに。そこでシャイロは、切羽詰まった表情で人捜しをしている瑠璃に出会う。
瑠璃を追いかけてメキブの洞窟に入ったシャイロだったが、瑠璃が探している人物、真珠姫と先に出会ってしまう。なぜか真珠姫に、「おにいさま」と呼ばれて慕われるシャイロ。シャイロは真珠姫と一緒に、瑠璃を探して洞窟の中を進んでいたが、いつの間にか真珠姫とはぐれてしまっていた。瑠璃と合流できたシャイロは、今度は二人で真珠姫を探しはじめる。その頃、真珠姫は巨大なモンスターに遭遇していた。
