どんよりとした雲に包まれた、不気味な街。その路地裏で少年ツヨシは、目を覚ます。口の中には紙切れが入っていて、「シブヤから出ろ レヴ」と血文字で書かれていた。ふと見上げると「109」と思いきやその横に「108」、上空にはゆっくりと浮遊する飛行船…ここは、知っているような知らない街《シブヤ》であった…。
ツヨシが目覚めると、そこはシブヤの街だった。口の中から吐き出した付け爪を見て、ツヨシの脳裏に様々な記憶が蘇る。記憶を辿り、自分がツヨシとしてシブヤに戻って来たと確信した彼は、エマを探して駆け出した。ラブゲンのアサギとブンカムのDJ、パルハンズのリュウゴに会い、エマのことを尋ねるツヨシ。そこにピースが出現し、続けてエマも現れた。だが彼女はツヨシに冷たく「いってらっしゃい」と言い放つ。エマはパルハンズのボスだったのだ。ショックを受けたツヨシは、エマに倒されてしまう。痛む体を引きずりながら「KOYA」へとやってきたツヨシ。彼がリストアされていないと知り落胆するケンゴは、ツヨシにある映像を見せて…。
109のカウントダウンが始まった。世界の終わりが近づいている、と呟くオオトモ。そして、自分の本当の名前を思い出したアサギたちは「KOYA」に集まる。しかし、一人沈んだ表情のエマは突然姿を消してしまう。カウントダウン029分。アサギから教えられたエマの居場所へやって来たツヨシ。そこでエマは、自分はシブヤが作られたきっかけの凶悪事件の犯人だと告げる。それでもなお、ツヨシは彼女と街を出ることを誓うのだった。カウントダウン019分。ピースを倒したアサギとリュウゴ、DJはボーダーラインを一気に走り抜ける。一方、ツヨシとエマも街を出ようとするが、そこで起き上がってきたピースに襲われてしまい…。