2002年11月。大会での鉄棒競技中に落下してしまった荒垣城太郎。 城太郎はコーチの天草から、成績不振、怪我、娘の玲のことを考えて現役を引退するよう告げられてしまう。自らの引退した姿を想像できずに苦悩する城太郎だったが、玲のため、ついに覚悟を決める。 どうする！？ サムライ！
引退会見中、まさかの引退撤回を宣言した城太郎。まだ体操をやらせてほしいと天草に頼み込むが、もう面倒は見ないと突き放され、クラブを追い出されてしまった。居場所を失い、一人、自ら考えたメニューでの練習を始める城太郎。しかし、何一つ思うようにはいかず…… 頑張れ！ サムライ！
突如クラブに現れた鉄男は、城太郎に勝負を申し込む。しかもそれは、負けたら今度こそ体操をやめろという無茶な条件つき。困惑する城太郎に代わり、勝手に申し出を受けてしまうレオ。さらに城太郎の復帰を見込んだ天草の思惑などもからみ、一か月半後、命運をかけた勝負が行われることになるが…… 負けるな！ サムライ！
鉄男が見せた演技の完成度に刺激を受けた城太郎は、次の目標を定めつつ、NHK杯に向けて練習を始める。一方、居候中のレオは、アルバイトに精を出す日々。そんなある日、お使いの途中で学校帰りの玲を見かけ、声をかけようとするレオ。だが、玲の様子はなんだかいつもと違っていた。 サムライの娘も、いろいろ大変！
復帰戦となるNHK杯に向け、城太郎は演技の仕上げにかかっていた。大会が楽しみなあまり、カレンダーに印をつけてカウントダウンをするレオは、ひょんなことから別の日にも印がついていることに気付く。聞けば、それは玲の誕生日であり、その日は必ず家族全員で過ごすというルールがあるらしい。 サムライ一家は、とっても仲良し！
NHK杯を終え、天草から聞いた日中合同合宿への参加を望む城太郎。しかしその期間は玲の誕生日と被ってしまっていた。胸を痛めつつも事実を打ち明けると、参加を許してくれる玲。ホッと胸を撫でおろす城太郎だったが、その実、玲は一人になると寂しそうにカレンダーを眺めていて…… サムライ！ しっかり！
鉄男、堂島、錦織、岡町らと中国との合同合宿に参加した城太郎。世界王者であるリュウ・リュウショウ擁する中国の選手たちを前に緊張感が高まる中、マイペースな城太郎は思いがけない行動にでてしまう。 サムライは、我が道をゆく！
新技『アラガキ・マーク2』の練習に取り組んでいた城太郎は、完成への突破口を見いだせずに悩んでいた。そんな時、自分にも練習を手伝わせてほしいと申し出るレオ。 一方、合同合宿で玲と友達になった中国人選手のキティ・チャンが、荒垣家に遊びにくる。 サムライの娘も、お年頃！
レオからのヒントにより新技完成への道に光明が差した城太郎は、間近に迫る全日本体操競技選手権大会に向け、練習を重ねる。城太郎からの感謝の言葉に、大きな喜びを感じるレオ。しかし、レオの献身に隠された真実を、城太郎はまだ知らない。 油断大敵！ サムライ！
レオが、城太郎と玲の前から姿を消した。怪我を負いつつも、選手権では必ずレオとつくりあげた新技を成功させ、最高の体操をしてみせると誓う城太郎。応援する玲も、なんとか城太郎の体操をレオに見てもらいたいと願う。しかし、予選が始まってもレオの席は空いたままで…… 信じろ！ サムライ！
レオと対面し、城太郎の体操を見に来て欲しいと伝える玲。しかしレオは、イギリスに帰るのだと玲に別れを告げた。いよいよ決勝戦当日、予選での不調を完全にふっ切った鉄男の眼差しに、厳しい戦いを予感する城太郎。それぞれの想いが交錯する中、限界を超える戦いが幕をあけようとしていた―― 跳べ！！ 抗え！！ サムライ！！
