ニートAIヒナリアはゲーム漬けの日々を送っていた。 そんな折、お金目当てにビホルダーグループのサーバーをハッキングしていると、 厳重に管理された二人の魔女、アリスとリメルに関する記録にたどり着く。 人間との共存を望んだ彼女たちが経験した歴史が、現代のゼノンザードへとつながる。
世界最高峰のカードゲーム大会、『ザ・ゼノン』で快進撃を続ける 東蒼汰（アズマ・ソウタ）とバディAIのアイリ。 2人は共同生活を始め、少しづつ絆を深めていく。 一躍学校中の人気者になったソウタ。 「AI」のアイリとしては、その活躍が嬉しいはずだが…
違法営業を行うBARに潜入捜査をしていた、警察AIのクロード。 そこで待ち構えていたのは元同僚であり、今は犯罪に身を染める盗賊AIのランバーンだった。 逮捕しようとするクロードに、ランバーンは１つの賭けを持ちかける。それは「ゼノンザードで勝った方に従う」。 因縁の2人に、熱狂する観客。しかし、このバトルには隠された事実があった…
ある日、探偵AIのシャーロット・シームズが大切にしているワンダーコール人形が切り刻まれて発見された。 事件の手掛かりを探すため、シャーロットは同一の被害を受けたフィンセラやメディーラ、そして意外な”協力者”と接触し調査を進める。 犯人は一体だれなのか？犯人の真の目的とは？ ”世界中の謎はボクが全て解き明かす”――名探偵の名に懸けて、シャーロットが謎に挑む。
と呼ばれる人間とと呼ばれる 超高性能AIがバディを組んで戦うカードゲーム「ゼノンザード」。 その世界大会である『ザ・ゼノン』に、人々は熱狂していた。 平凡な高校生・東蒼汰(アズマ・ソウタ)はある時、 謎の女性アイリエッタ・ラッシュに 「ゼノンザード」の対戦を挑まれる。 自らをコードマンと明かした彼女の目的は、 蒼汰とバディを組んで『ザ・ゼノン』に出場すること 渋々引き受けた蒼汰とアイリエッタの初戦の相手はなんと、 同じ学校に通う超有名プレイヤー・西園寺紫音(サイオンジ・シオン)と そのバディ、アッシュ・クロードだった。