一年前の事件をきっかけに学園長の墨友団十郎（柳葉敏郎）に弱味を握られ、以来墨友の右腕として働き続けなくてはいけなかった生徒会長の大浦飛馬（浮所飛貴）。その結果、“黄金魔人”となってしまった飛馬は、ある意味では被害者だと知った真中大成（岩﨑大昇）は、彼を“救う”ため、ハイスクールヒーローズとして“黄金魔人”を倒すことを決意する。 しかしこれまでの魔人たちとは比べ物にならない強さに、ヒーローたちは大苦戦。圧倒的な強さを見せつけたかと思った矢先、大成の「お前は本当の一番なんかじゃない」という言葉に動揺した飛馬は、苦しみながら変身を解除し、その後、なぜか再び“黄金魔人”に変身できなくなってしまう！ ヒーローたちと飛馬の戦いを遠くから見つめていた学園長秘書の鳴沢亜子（南彩加）は、事の顛末を墨友に報告。飛馬の中にある“大きな欠点”を確認した墨友は、不要となりつつある飛馬の「卒業」をほのめかし…？ その頃、『喫茶ゴン』では、飛馬との最終決戦を前に滝川雄亮（那須雄登）、土門龍平（佐藤龍我）、森村直哉（藤井直樹）、桜井一嘉（金指一世）が大成と金井歩（片岡信和）から、一年前に飛馬に起きた出来事について聞いていた。当時、飛馬が保健教師の灰谷十和子（小林涼子）と交際していたこと、その十和子が複数の男性に襲われ、それを助けようとした飛馬が逆に相手側から被害届を出されていたこと、そしてその一連の出来事をもみ消すために、墨友に服従せざるを得なかったこと――すべてを知ったヒーローズは、墨友の手から飛馬を守るため、行方をくらませた飛馬を探し始める！ しかし墨友が推し進める「学園の美化」計画は着々と進行していた…。やがて、飛馬を陥れた人物の正体が明らかに！ そしてある人物に、墨友の魔の手が迫る…！