夏休みが終わり、二学期を迎えた五星学園。学園長の墨友団十郎（柳葉敏郎）が極秘に推し進めていた「五星プロジェクト」と謎の魔人“黒十字魔人”がついに始動し、魔人アプリによって生徒たちが次々に洗脳されていた。 学園内で不良生徒として知られていた豪田景樹（佐藤新）もそのひとり――アプリによって墨友に忠誠を誓い、真面目キャラに変貌した景樹は、大浦飛馬（浮所飛貴）を排除し、新たな生徒会長に就任。“黄金魔人”となって、飛馬に襲いかかる！ さらに、学園の卒業生で文部科学省秘書官の後藤勤（鈴木裕樹）の尽力により、文部科学大臣の五星学園視察が実現目前に。後藤は大臣の視察を前に『学園防衛部』を排除するよう進言する。 その頃、『学園防衛部』でも滝川雄亮（那須雄登）らが景樹の変化に疑問を抱いていた。魔人の仕業ではないかと疑う雄亮と土門龍平（佐藤龍我）に対し、森村直哉（藤井直樹）は「飛馬も心を入れ替えたし、もう魔人は生まれないのでは？」と楽観視。しかし真中大成（岩﨑大昇）は、ラスボスともいうべき“黒十字魔人”の存在を確信し、それを倒さない限りは学園に平和は訪れない、と断言する。 「ハイスクールヒーローズ」が使っているヒーローアプリと魔人アプリの類似点に気づいた大成は、母・瑠璃子（中山美穂）から、アプリの開発者である父・大志（関智一）の死の真相を聞く。初めて聞く内容に驚いた大成は、大志のかたきを討つためにも学園長を倒すことを決意する！ 『学園防衛部』の解散を宣言した大成は、父のかたきを討つべく、ひとりある場所へと向かい…？