二年前、父がパイロットを務める月行きシャトルの墜落事故から、たった一人奇跡的に生還したカミシナ・ジン。彼にそそがれたのは、世間からの非難と好奇のまなざしのみであった。 そんなある日、偶然にもジンは、連続殺人事件の現場を目撃する。追われるジンを救ったのはトアと名乗る一人の少女。運命に導かれるかのように恋に落ちる二人。果たしてその出会いの意味するものは？
ISDAに身柄を拘束されたジンに知らされる、2年前のシャトル事故の衝撃の真実。そしてかつての親友カズキとの思わぬ再会。 立て続けに起こる事態に動揺しつつも、再会の約束を信じ、トアに会いに行くジン。だがその裏では、トアを狙う者達の思惑が動いていた――
突然現れた怪物の襲撃にさらされる新小笠原ターミナルシティ。事態を収拾するために軍とISDAが動き出す。 出撃命令が下り、その真の姿を現すドラゴノーツ。進行する混乱の中、トアを追おうとするジンの前に現れたのは――？
新小笠原の騒動から一命を取り留めたジンと謎の青年ギオ。２人を捕えるべく捜索を行うドラゴノーツたち。 だが、トアとの再会を望むジンを、ギオはドラゴノーツに引き渡し、あげく自らも投降してしまう。 ISDA基地に連行されるジンとギオ。果たしてギオの目的は何なのか！？
地球を離れ、トアを探すジンとギオ。だが未だジンを信用しきれないギオは、ジンを置いて姿を消してしまう。 しかしその隙に、ジルアード軍の指揮官ガーネットの魔の手がジンに迫る！ 果たしてガーネットの仕掛ける作戦とは！？
利害の一致したドラゴノーツとジルアード軍は、トア捕獲の共同作戦を行う事を決定する。 一方、手掛かりを失いつつもトアを探し続けるジンとギオ。 果たしてジンはドラゴノーツと軍の追撃をかわし、トアとの再会を果たすことができるのか――！？
シェリーの誘いで、月面にある温泉施設にやってきたジン達。だがその一方、ジン達を追ってライナ、ジークリンデらドラゴノーツも月面温泉にやって来ていた。 ドラゴノーツの面々には一般人を巻き込むことなく、３人を捕獲せよとの指令が下ったにも関わらず、ジン達と遭遇するなり、戦闘になってしまう。ドラゴン達の戦いの余波で破壊される温泉施設。 そして、ジンとジークリンデは崩落した地下区画に閉じ込められ、ほかの仲間とはぐれてしまう。２人は果たして無事に脱出できるのか！？
突如、トアの脳裏に響く謎の声。その声の導きに、トアは忽然と姿を消してしまう。再び行方をくらませたトアを探し求めるジンとギオ。 だが、トアが現れたのは、ジンではなく、ドラゴノーツであるライナ・クロムウェルの元だった。自ら進んでドラゴノーツに拘束されるトア。 果たしてトアの真意は？そしてその頃、月へ降り立つ１体のドラゴンの姿があった――
ジン達を乗せ、地球に帰還するドラゴノーツのトランスポーター。それを強襲するガーネットの戦闘機部隊。 策略に嵌り、トランスポーターから引き離されてしまうライナたちドラゴノーツ。守る者のいなくなった大気圏突入中のトランスポーターをアガシオンが襲う！ アガシオンの攻撃で大気圏への突入角度が狂ってしまうトランスポーター。このままではトランスポーターは大気との摩擦熱で燃え尽きてしまう！この窮地をドラゴノーツ達は乗り切れるのか！？
ドラゴノーツに拘束され、離れ離れになったジン、トア、ギオ。ギオは危険因子として離島のドラゴン処理施設に送られ、トアとジンは研究対象としてドラゴノーツ基地地下にそれぞれ監禁されてしまう。 自力で拘束を解くが、脱出するのではなく基地の深部を目指すトア。トアの目指す所とは一体どこなのか？ その頃、トア脱走の混乱の中、ジンの独房を訪れる人物があった。そして混乱するドラゴノーツ基地で、暗躍する何者かの影。 ジン、トア、ギオの３人は果たして再会する事ができるのか！？
キタジマによって、ドラゴン廃棄施設「タルタロス」に移送されるトアだったが、その行路には、ジルアードによる罠が仕掛けられていた。 事態をドラゴノーツ基地に知らせようとするキタジマ。だが、通信機は破壊され、連絡を取ることはできなくなっていた。トアを探すジン達は、手掛かりを失い、途方に暮れる。 急変する事態に、困惑するドラゴノーツ達。一方、冥王星軌道に停滞するタナトスには異変が現れていた。タナトス表面に明滅する謎の光。それは刻一刻と、新たなる危機を告げていた――
タナトスからの新たな使者の到来に出動するドラゴノーツ達。だがそれは、ドラゴノーツ達の目の前で、忽然と姿を消してしまう。不安とパニックに見舞われる新小笠原全土。 全島を封鎖し、ドラゴノーツによる必死の捜索活動が開始されるが、手掛かりも無く、発見できないまま時は過ぎる。 そして、タルタロス島で拘束されているギオの元を訪れる人影。絶体絶命の危機に晒されるドラゴノーツ基地。ドラゴノーツは果たしてこの危機を退ける事が出来るのか？
トアを探してタルタロスを脱出し、大空へと飛び立ったジンとギオだったが、さらわれたトアの居場所は依然として知れなかった。その間にも進行する新小笠原の破壊。 迎撃に出撃するライナ、アキラ、ジークリンデらドラゴノーツ達だったが、その圧倒的な力の差に傷つき、追い詰められていく。 一方、監禁されたトアの前に、ジルアード軍部の実質的な指導者、アーシム・ジャマールが姿を現す。トアに迫るアーシムの魔の手。彼の目的は一体何なのか！？
地球圏で立て続けに起きたドラゴンによる騒動に、世間から厳しい追及を受けるISDA。 壊滅の危機を退けたものの、休む間もなくＤプロジェクトの準備を急ぎ進める事になるドラゴノーツ達。 大打撃を被ったドラゴノーツ基地は、その中枢機能を宇宙船「アヴニール」に移し、月への打ち上げの時を待っていた。 その一方、傷つき、眠りから覚めないギオを見守るジンに、ライナはドラゴノーツへの正式加入を誘いかける。ライナから語られる、ライナとジンの父親の関係とは…？
地球では度重なるドラゴンによる騒動に、タナトスへの攻撃を急ぐ機運が高まっていた。月都市でDプロジェクトの準備を進めるドラゴノーツ達。 一方、トアを追い求め、アーシムのいる宮殿へと辿り着くジンとギオ。だがそこには、囚われたトアを救い出そうとするジンとギオを待ち受ける、アーシム・ジャマールとガーネットの罠が張り巡らされていた。 卑劣な罠に苦戦するジンとギオ。そして、その間にもトアに迫る、アーシムの魔の手。ジン達はトアを救い出すことができるのか？
傷ついたギオを癒すため、偶然見つけた資源採掘プラントに立ち寄るジン達。自らの特殊能力でギオの傷を治すトアだったが、その時、トアの体に起きている異変にアキラは気付く。 水資源採取場で入浴し、疲れを癒すジン達。束の間の休息の中、トアはアキラとマキナに、自らの体の秘密を明かすのだった。そして、共に闘いを乗り越え、信頼を深めたジンとギオ。 2人はトアを守り通す事を固く誓う。だが、アーシムはトアを諦めてはいなかった――
トアに執着するアーシムは、トアを自らのものとするため、ジンの命を狙う。執拗に襲い来るアーシムとガーネット。 異常を察知したライナとジークリンデは、サカキの制止を無視し、ハウリングスター・アマデウスと共に一路ジン達の元へ向かう。襲いくるガーネットの猛攻に、絶体絶命のピンチに陥るジン達。 ジン、ギオＶＳアーシム、ガーネットによる激闘の結末は？そして、ジン達の元に向かったライナとジークリンデが見たものは――！？
火星の事件を機に、地球でのドラゴノーツ達の立場は激変していた。地球をタナトスの危機から救う英雄としての立場からの転落。 人類の敵とみなされたドラゴノーツ達に襲い来るかつての同胞。襲われ投獄されるドラゴノーツ達。辛うじて追跡の手を逃れたジークリンデは、素性を隠し生活しているジンの元を訪れる。決断を迫られ、戸惑いを隠せないジンと、それを支えるトア。 一方、地下に潜伏しているノザキとキタジマは、再起に向けての準備を進めるのだった――
ISDAのドラゴン捕獲部隊エクスフォード・フォースによる旧ドラゴノーツのメンバーへの追撃の手は緩む事は無かった。エクスフォード・フォースに襲撃されるジン達の隠れ家。 からくも脱出したジンとドラゴノーツ達は行く先を失うが、ジークリンデの提案で日本にあるバウムガルド家の別荘に身を隠す。そこでジン達を迎えたのは、ジークリンデの父親、ヴィルヘルム。 一方、散り散りなっていたオトヒメとハバラギにもエクスフォード・フォースの手が伸びるのだった――
タルタロスに収監されているライナ・ハウリングスター・アマデウス・オトヒメを救い出すため、タルタロスへ向かうジン達一行。だが、その途中、ギオが姿を消してしまう。 行方をくらませたギオを心配するジンだったが、ギオを探す間もなく奪還作戦は決行される。そして、タルタロスに突入したジン達の前に立ちはだかったのは――？ 果たしてジン達は仲間を救い出すことができるのか！？
タルタロスで受けた襲撃により、散り散りになってしまったジン・トアとライナ達ドラゴノーツ。 再び姿を現したギオの振舞いに戸惑うジンとトア。ギオの口からジンに明かされるトアの秘密、タナトスとギオの関係とは！？ そして、３人の前で現身し襲い来るドラゴンの正体は？
再起に向け、隠れ家で準備を進めるジンとドラゴノーツ達。だが、ギオの変貌にジン、トア、そしてドラゴノーツ達は否応なくドラゴンと人間の存在について再認識を迫られる。 そんな中、ノザキからキタジマに明かされる、アルブム、アトルム、ラウム３体のオリジナル・ドラゴンの真実。 果たして、タナトスの真意は一体何なのか！？その頃ISDAでは、対タナトスの新作戦のために、着々と準備が進められていた――
それは、最悪の展開だった。タナトスに無謀な攻撃を仕掛けるジルアード軍。タナトスの出現に騒然となる地球全域。 そんな中、トアの寿命が短いという事実に苦しみ抜いたジンは、苦渋の決断を下す。同じ頃、カズキとウィドーにも重大な変化が起きていた。 再び対面するジンとカズキ。果たして２人の朋友の行く末は！？そして、アヴニールに結集したライナ達ドラゴノーツの作戦とは――？
全世界的な危機は続いていた。もはや人類になす術は無いかと思われる中、決意のジンは宇宙へと向かう。 そして、ライナ・ジークリンデ達ドラゴノーツは、アヴニールの最終兵器「アイギス」をもって、タナトスへの最後の作戦を試みる。 ジンとカズキ、そしてドラゴノーツ達が降り立った場所、そして目にした人物とは――？
本格化したタナトスによる侵攻に、人類は壊滅の危機を迎える。地球を守る力は、もはやドラゴノーツだけだった。 圧倒的な彼我の戦力差に、絶望的な戦いに赴くドラゴノーツ達。一方、トア、ギオと共に、ジンはタナトスの中枢を目指す。 タナトスの深奥で、ジンが見るものは？そして、トアとジンの愛の行方は――！？ 今、全ての戦いに終止符が打たれる！
嵐のため、離島にあるISDAの保養所に隔絶されてしまったドラゴノーツ達。 ドラゴン達は何故かアクチュアライズができなくなり、ついには目を疑いたくなるほどのとんでもないことが起きてしまうのだった。 雷鳴轟くこの島には一体何が――！？ 今、全ての戦いに終止符が打たれる！
