Shiro, ad un appuntamento con un'amichetta, si scontra con dei teppistelli che gli rifilano una bella suonata. Da quel momento decide di allenarsi con Boss per migliorare la sua capacità combattiva.
Nel frattempo Lord Angoras, un malefico generale dell'Impero di Mikene, invia il suo mostro guerriero nelle profondità del mare accompagnandolo con una squadra di soldati per attaccare la Fortezza delle Scienze dalle fondamenta. Tetsuya, a bordo del Grande Mazinga, parte in difesa della base e comincia il combattimento. Lo scontro finisce in parità e ognuno torna alla sua base ma i sub di Mikene hanno piazzato le bombe.
Shiro, ritrovati i teppisti, dà loro una bella lezione di fronte alla fidanzatina che però lo rimprovera di troppa violenza, con grossa delusione del bambino.
Le manovre di Mikene riprendono presto: il robot riparato viene rispedito ad attaccare la Fortezza, minata sulle fondamenta. Mazinga parte di nuovo ma deve vedersela prima con Mikeros che sta devastando la città. Partono allora anche Venus e Boss, dedicandosi a disinnescare le mine e respingere il mostro subaqueo. Tetsuya riesce a scacciare Mikeros e tornare alla base, sconfiggendo anche il pesce robot.
Shiro, infine, prende anche una severa lezione che gli permetterà di imparare che violenza genera violenza e solo la gentilezza può cambiare il mondo.
「乱暴者の結末は、いつも不幸なものです」(牧師) 憧れの美少女・白鳥ハルナを助けようとして、シローはガキ大将たちに惨敗する。特訓の結果、ガキ大将たちを力ずくでねじ伏せるシロー。だがハルナとも仲のいい牧師は言う。「愛する心を持たずに強さを自慢する者に勇者たる資格はない」と。そしてシローは、鉄也と戦闘獣との戦いを見て、牧師の言葉の意味を知るのだった。
