華麗なテクニックで次々と美術品を盗み去る謎の怪盗・ジャンヌ。その正体は、桃栗学園に通うごく普通の女の子・日下部まろんである。彼女が狙う次なるターゲットは、人間国宝の画伯の描いた絵だった。
ある朝、まろんは車に轢かれそうになった少女・浩美を助ける。だが、浩美の父の様子がおかしい。浩美によれば、以前は優しかったのだが、ある日を境に突然乱暴になってしまったのだという。まろんは浩美を救うために立ち上がる！
まろんの担任で新体操部の顧問・パッキャラマオ先生は、厳しいけれど花を愛する優しい心を持つ女性。そんな先生が、悪魔にとりつかれてしまった。まろんはジャンヌに変身するが、全校生徒が行く手を阻む。
クラス委員長・水無月ヤマトの祖父である水無月グループの会長が、悪魔にとりつかれてしまった。水無月グループに侵入したジャンヌだったが、都の罠でピンチに陥る。そこへ、シンドバッドと名乗るもう一人の怪盗が現れた！
まろんのクラスは「世界の秘宝展」の話題でもちきり。中でも目玉は「エーゲ海の涙」だ。ところが「エーゲ海の涙」には悪魔が宿っていた。一般公開前に悪魔を封印しないと、大変なことになってしまう！
ある日、まろんは公園でおばあさんを助けた。実はそのおばあさん、だまし取られたカメオを取り返すための“泥棒”のパートナーを探していた。彼女の願いを叶えるため、まろんは協力を申し出るが…。
未だにジャンヌを逮捕できない東大寺警部は、今度失敗すれば刑事生命が危うくなると所長から忠告を受ける。それを知った都は、尊敬する父のために奮起する。一方のまろんは、使命と友情との間で思い悩み…。
ある朝、フィンはどこからともなく聞こえてくる、「天界の音楽」に似たメロディに引き寄せられる。それがきっかけで出会った天才青年ピアニスト・木村宅美に、フィンは次第に心惹かれてゆく。
世界的写真家・三枝に、モデルになってほしいと頼まれたまろん。今は亡き三枝の愛娘に、まろんはそっくりだったのだ。「どこかで両親が写真を見てくれるかもしれない」という期待から、まろんは引き受けることにするが…。
ドジで気の弱い委員長が、メガネをコンタクトに代えて登校してきた。それ以来、見違えるようにかっこよくなった委員長。まろんはそんな彼に違和感を覚えるが、悪魔の仕業と知って立ち上がる。
桃栗町で頻発する引ったくり犯に遭遇するも、取り逃がしてしまった春田刑事。落ち込む彼を、仲間たちが元気付ける。その帰り道、春田は公園の「乙女の像」の前でみるみる精気を失っていく…。
舞台劇「ロミオとジュリエット」に主演するサキと正英は婚約中のカップルだが、突然不仲に。小道具の剣に悪魔が宿っていたのだ。舞台を損なうことなく悪魔を封印するため、ジャンヌはわずかなチャンスに賭ける！
花屋のユリカは、町行く人々に無料で忘れな草を配っている。彼女は3年前に別れた恋人の「忘れな草の咲く頃に迎えに来る」という言葉を信じていた。幼い頃に両親と別れたまろんは、そんな彼女の姿に自分を重ねる。
まろんの先輩・加奈子が、男子体操部の山際コーチと結婚することになった。ところが、山際の母の形見であるウェディングドレスに悪魔が宿ってしまう。ジャンヌはドレスを消さずに悪魔を封印できるのか？
またまた悪魔にとりつかれてしまった委員長。今度の悪魔は、自分が不必要だと感じている彼の心の闇を突いてきたのだ。悪魔は、まろんと都と稚空を遊園地に誘い出す。罠と知りながら、まろんは遊園地に向かうが…。
まろんたちは都に誘われ、幼稚園で人形劇を上演することに。その最中、園児の健一が人形を奪って引き裂いてしまう。健一の母は悪魔にとりつかれていたのだ。まろんは健一に「必ずママを元に戻してあげる」と約束する。
まろんと都は、偶然にも、稚空と見知らぬ少女との会話を立ち聞きしてしまう。会話の相手は、稚空の婚約者で、新体操のライバル校の選手でもある山茶花弥白だった。弥白はまろんに、新体操も恋も負けないと宣戦布告する！
都が大事に持っている、不細工な紙粘土性の勲章。それは小学1年生の時、まろんが都に贈った想い出の品だった。だが皮肉なことに、その勲章に悪魔が宿ってしまう。ジャンヌは悪魔に操られた都と戦えるのか!?
突然やって来た稚空の父・海生は、まろんに彼女の父・巧の作った遊園地“マロンドーム”の模型を見せる。本物の遊園地は、まろんの誕生日である5月30日に完成するという。父の愛を知って涙するまろんだったが…。
まろんが聞いた、留守電に残されていた信じられないメッセージ。母であるころんの口から、離婚を決意したことが語られたのだ。ショックで部屋を飛び出すまろん。事情を察した稚空は、まろんを捜し始める。
ジャンヌを追いつめた都は、水鉄砲を発射。一度付くと3日間は落ちない特殊な塗料が、ジャンヌの右頬に付着する。翌朝、右頬に絆創膏を貼っていたまろん。それはジャンヌが塗料を受けたのと同じ場所だった…。
稚空のもとに、父・海生を誘拐したという脅迫状が届く。差出人はジャンヌ。もちろんジャンヌの仕業であろうはずもなく、稚空は真犯人を探し出そうとする。犯人らしき人物に呼び出された稚空とまろんの見たものは!?
ジャンヌの名を騙る人物に呼び出された稚空は、何者かに狙撃され、そのまま連れ去られてしまう。その一方で、誘拐された稚空の父・海生が無事に帰ってきた。まろんや都が事情を聞くが、海生は何も覚えていないという。
ジャンヌとシンドバッドの次なる標的は、女社長にしてトップモデルのマリアンヌ・藤堂の持つブルーダイヤ“グランマリン”だ。パーティー会場に忍び込んだジャンヌたちだが、どうしてもダイヤを見つけられない。
まろんと都の新体操部、そして稚空たちのサッカー部が合宿をすることに。途中の列車の中では、合宿所で幽霊が出るという噂話をする都だった。その夜、実際に合宿所で幽霊を見たという部員が次々と現れて…。
まろんたちは“けっこう江戸時代村”に遊びに来ていた。江戸時代の人々の扮装をし、アトラクションを楽しんでたが、ついてきていたフィンを突然の危機が襲う。お城にある名刀に、悪魔がとりついていたのだ！
グランプリでの優勝をめざすライダー・早乙女が、悪魔の宿ったバイクに搭乗してしまった。ジャンヌはレース中のサーキットで悪魔を退治。しかし、チェックメイトの直後にジャンヌの変身が解けてしまって…。
魔王の命を受けた新たなる敵・ノインとミストが人間界に現れた。ミストは植物園のライオン像に悪魔を宿らせる。異変に気付いたまろんは立ち向かうが、ジャンヌに変身できないため、苦戦を強いられてしまう。
桃栗学園にやって来た教育実習生の紫界堂聖は、その甘いルックスでたちまち女子生徒の人気者となる。その紫界堂が、まろんに彼女の父からの手紙を渡す。まろんの父とは、フランス留学時代の知り合いらしいが…。
盲目の少女・ツグミに、家族のように寄り添う盲導犬イカロスが、ミストの手により悪魔を宿し、凶暴な猛獣へと変貌してしまう。このままでは最悪の事態もあり得る…。ジャンヌはイカロスを、そしてツグミを救えるのか？
まろんと委員長の2人に、スポーツドリンクのCMへの出演依頼が舞い込む。実はその依頼主・東雲一郎は、詐欺の常習犯だった。そうとは知らず浮かれる委員長。さらに東雲が悪魔にとりつかれ、とんでもない事態に!?
都の父・東大寺警部の拳銃に悪魔がとりついた。東大寺は完全に別人となり、ジャンヌを抹殺しても構わないとまで言い出す。都や部下たちも東大寺の様子がおかしいことに気付くが、あまりの迫力に圧倒されてしまう。
教会掃除のボランティアをすることになったまろんたち。そのさなか、稚空はまろんに告白し、まろんは稚空の気持ちを素直に受け止める。まろんと稚空が教会内に戻ると、もぬけのから。いったい何が起こったというのか!?
まろんはシンドバッドの正体が稚空だということを知ってショックを受ける。今まで稚空と過ごしてきた楽しい時間も、すべて嘘だったのだろうか？ 稚空は誤解を解こうとまろんに話しかけるが、その声は届かず…。
ショックから立ち直れないまろんを、新体操部の先輩・加奈子が励ます。その加奈子が悪魔にとりつかれてしまった。稚空はシンドバッドではなく名古屋稚空として、ジャンヌを助けることを決意する。そして、ついにミストが姿を現す。
都の兄・昴が数年ぶりに帰国。しかし、悪魔に狙われた昴は性格が豹変してしまう。何とか兄を元に戻したい都は、ある事実を思い出す。ジャンヌの事件に関わった被害者は、事件後に性格が穏やかになっていたことを。
重い病気に冒された少年・高土屋全は、5年間にも及ぶ入院の果てに命が尽きようとしていた。そこにノインが現れ、全は悪魔の契約を結んでしまう。新しく手に入れた心臓のおかげで、生きながらえた全だったが…。
全の心臓に宿る悪魔を封印すれば、彼の命はない。ジャンヌはノインを呼び出し、全との契約を白紙に戻す方法を尋ねるが、白紙に戻すと全は死んでしまう…。だが、全はジャンヌに自分の心臓を盗んでくれと頼む。
イギリスの親善大使であるストーン氏の娘・チェリーと知り合ったまろん。だが、彼女の両親が悪魔にとりつかれてしまった。チェリーの家族を助けようと変身するまろんだが、全のことを思い出し、チェックメイトをためらう。
桃栗学園に爆弾を仕掛けたという、ジャンヌからの予告状が届いた。生徒たちが全員避難した後に、ミストはまろんを呼び出す。クィーンが来る前に何とかジャンヌを倒そうと、ミストは今までにない攻撃を仕掛けてくる！
悪魔騎士ノインは、まろんに驚くべき事実を語る。彼はかつてジャンヌ・ダルクに仕える騎士で、神に復讐するため悪魔に魂を売ったのだ。そして真の目的は、ジャンヌ・ダルクの魂をまろんの体から解放することだった。
悪魔の軍団を従えて、フィンが地上に帰還した。変わり果てたその姿に、まろんは動揺を隠しきれない。そんな彼女にフィンの言葉がさらに追い討ちをかける。今まで一緒に戦ってきたことも、すべて芝居だったというのだ。
都の目の前で、まろんはジャンヌに変身した。ジャンヌの正体を知った都は、親友のまろんに騙されていたとショックを受ける。フィンは都の心の弱みにつけこんで彼女を操り、ジャンヌの命を奪おうとする。
ジャンヌはフィンを追って、氷の神殿に突入する。フィンの仕掛けた罠で、両親の幻影に苦しめられるジャンヌ。だが、彼女を信じる人たちの想いが、新たな力と勇気をもたらす…。神風怪盗ジャンヌ、最後の闘いが始まる！
