Jinki ist die Geschichte um die Hauptperson Aoba. Sie ist ein einsames Mädchen, das hervorragend im Modellbau von Robotern ist. Eines Tages wird sie von ihrer Mutter in den Dschungel Südamerikas entführt, wo eine Organisation, genannt "Engel", einen Roboter vorbereiten. Dieser Roboter wird Kampfroboter Moribito Nummer 2 ("Der Beschützer") genannt und wird im Kampf gegen antike "jinki" ("menschliche Maschinen") eingesetzt.
Aoba is a young girl who loves to build models of robots. She lived alone with her grandmother until her grandmother passes away. Shortly after she is kidnapped and brought to a secret base where she discovers a huge robot. The piloted robots fight against Ancient-Jinki in The Grand Savanna, but the true meaning behind the fights is hidden. Aoba works hard at the base so one day she can pilot one of the robots and discover these secrets.
プラモデル作りが好きな少女・青葉は、ある日突然誘拐され、南米ベネズエラに連れて行かれた。そこは地球最後の秘境、大小100以上もあるという断崖絶壁のテーブルマウンテン。その地では近年、【古代人機（コダイジンキ）】と呼ばれる謎の機械生命体が出現し、人類に牙をむいていた。その侵攻を防ぐため、政府はアンヘルという秘密機関を組織。【人機（ジンキ）】と呼ばれる巨大ロボット兵器で対抗していた。やがて青葉は人機の操主となり、事態は大きく動き始める……！
そして、それから３年後の東京。ロストライフ現象と呼ばれる、ひとつの町が消滅するほどの爆発が世界各地で起き続けていた。その実態は、キョムという組織が人機を使って世界各地を攻撃していたのだ。アンヘルはそれを食い止めようと追い続けていた。３年より前の記憶をもたない少女・赤緒は、自ら人機の操主となって戦い、人々を守る決意をする。赤緒の周囲には、同じように人機を操る少女たちが集まっていた。
ベネズエラで戦う青葉。
その３年後、東京で戦う赤緒。
同時進行で進む２人の物語は、やがてひとつの謎に集約される。
少女たちの壮絶な戦いの先にあるのは、明るい未来か、それとも暗黒の絶望か？
ハイクオリティーロボットアクション、ついに開幕!!
A Aoba le gustan las maquetas. Un día la secuestran y la llevan a Venezuela, donde han aparecido unos seres misteriosos, llamados Kodai Jinki, que atacan a los habitantes. El Gobierno, para protegerse de sus ataques, creó la división Anhel y construyó unos mechas, a los que llamaron Jinki, para luchar contra ellos. Poco después, Aoba se convierte en una piloto de Jinki.
Han pasado tres años, el "Fenómeno de la Vida Perdida" destruyó ciudades enteras por todo el mundo, y por lo que parece, las provocó una organización, Kyomu, a la que Anhel ha estado investigando. En Tokio hay una chica que se llama Asao y que no recuerda nada de los últimos tres años. Decidió hacerse piloto de Jinki y salvar a los ciudadanos, y, desde entonces, se le unieron otras pilotos.
Las vidas de Aoba en Venezuela y de Asao en Tokyo van confluyendo lentamente. Después de duras luchas, ¿qué les espera?, ¿un brillante futuro?, ¿la desesperación?
女主角津崎青葉是個美麗開朗的女孩，在奶奶去世後的一天突然被神秘人士綁架，帶到了南美洲委內瑞拉的一個叫做安貝爾的組織裡，並成為了一種叫做人機的巨型作戰兵器的駕駛員。與她成為好友的黃阪蕾也成為另一人機的駕駛員。此後所出現的一個被稱為“虛無”的組織利用人機來攻擊各個國家，造成整個城鎮消失的“lost life現象”。安貝爾則在世界各地尋找能夠駕駛人機的駕駛員與之對抗。
在三年之後的日本，失去了三年前記憶的少女柊 赤緒為了守護而搭乘人機，成為“虛無”對抗者。她為整個事件的關鍵，赤緒的記憶逐漸恢復，卻因為熙芭（shiva）出現陷入了更大的危機……
한 항구마을에서 자란 소년 히이라기 소우키는 갑자기 거대로봇 '진키'들의 싸움에 말려들게 된다. 그때 아버지 아카시가 만든 진키 '몰리비트 천호'에 탑승하게된 소우키는 아카오라는 이름의 소녀와 만나게 되는데...
