Das Phoenix-Team um MacGyver (Lucas Till) versucht Paula Matos (Anabelle Acosta) aufzuspüren, die legale Geschäfte für den internationalen Waffenhändler Gustavo Salazar (Juan Pablo Gamboa) ausführte, bevor dieser sie in eine kriminellen Machenschaften ziehen wollte. Mac und Russ (Henry Ian Cusick) schaffen es den Sohn des Hotelbesitzers Vincent Broulee (Jessie T. Usher) zu überreden, ihnen Zugang zur edlen Übernachtungsstätte zu verschaffen, in der sich Paula aufhalten soll. Doch der Plan geht nach hinten los...
L'équipe doit faire face à la pandémie. Alors qu'ils retrouvent un semblant de vie normale, et pensant être débarrassés de Codex, ils vont se retrouver confrontés à un Codex 2.0.
