巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は高さ50メートルの巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた･･･。 まだ見ぬ壁外の世界を夢見る10歳の少年、エレン･イェーガー。エレンは仮初めの平和に満足し外の世界へ出ることを諦めた人々に違和感を覚える。彼らを「家畜」と呼ぶエレン。エレンを「異物」と感じる人々。 だが、壁をも越える超大型巨人の出現により、エレンの「夢」も人々の「平和」も突如として崩れ去ってしまう……。
今日から中学一年生。学校中、いや世界中の巨人を駆逐してやる！そんな夢と希望を胸に入学式の朝を迎えたエレンはさっそく寝坊してしまう。幼馴染のミカサに起こされ、遅刻ギリギリに家を飛び出すエレンは通学路を爆走するなか、サシャ、ジャン、コニーといった他の小学校出身者たちと出会う。 「ここが進撃中学校か」エレンたちが見上げる先にはそびえ立つ巨大な壁と校門。ここをくぐれば入学式が待っている。しかし、エレンは知らなかった。この進撃中学校は人間と巨人が共に通う人巨共学の学校だということを！果たしてエレンは巨人を駆逐することができるのか?!?