東西を結ぶ陸路の中心地・エクバターナを王都に掲げ、各地からの人や物資、そして豊かな文化が集まる強国パルス。この国の王太子として生まれた少年・アルスラーンは、幸福のうちに国を引き継ぐはずだった。土煙が舞う平原に、パルスの誇る騎馬隊が葬り去られるその日までは……。 パルスの豊かな領土を狙って、異教徒の国・ルシタニアが侵攻を開始。初めての直面する本物の戦いに、不安を隠しきれない“気弱な”王太子・アルスラーン。彼の不安が的中したかのように、戦場には不穏な空気が渦巻き始める。敵の策略にはまり、これまでにない脅威を感じるパルス軍と、混乱する戦況に翻弄されるアルスラーンの父王であるアンドラゴラス三世……。 駆けつけた「戦士の中の戦士（マルダーンフ・マルダーン）」の異名を持つ騎士・ダリューンとともに、次々と襲いかかる敵、そして過酷な運命へと立ち向かうアルスラーン。 運命という名の嵐が吹き荒れるなか、彼は信頼できる仲間たちとともに“王太子”として最初の一歩を踏み出す！
錬金術、それは「等価交換」の原則のもと、物質を理解、分解、 そして再構築する、この世界で最先端の科学である。 この錬金術において、最大の“禁忌”とされるもの「人体錬成」。 亡き母親を想うがゆえ、禁忌を侵し、全てを失った幼き兄弟。 機械鎧（オートメイル）をまとい、「鋼の錬金術師」の名を背負った兄、 エドワード・エルリック。 巨大な鎧に魂を定着された弟、アルフォンス・エルリック。 二人は失ったものを取り戻すため、「賢者の石」を探す旅に出る。 兄弟は「賢者の石」の真実に近づくにつれ、大きな陰謀の渦中へと突き 進んでいく。 暗躍する人ならざる者たちの存在。 徐々にその本性をむき出しにする軍事国家アメストリス。 虐げられた民の果て無き憎しみと復讐の念。 錬金術がもたらす幾多の悲劇。 点在する悲劇は、やがて線になり、人を、民を、そして国すらをも巻き 込んでいく。 兄弟は絶望と希望の狭間の中、それでも前に進む--。