地球を離れること五百億光年、大キン肉星雲に位置するキン肉星からやって来たキン肉マンは、由緒あるキン肉王国の第一王子であります。 今を去る事20年前、キン肉大王とその奥方が、生まれたばかりの王子を連れて地球へ旅行にやってきました。ところが、帰り道キン肉マンを子ブタと間違えて宇宙船から外に放り出してしまったのです。 こうして日本に舞い落ちたキン肉マンは数奇な運命をたどることになったのですが・・・ドジなキン肉マンにも出番が遣って来ました。 超人ヒーロー・オリンピックが開催される事に成り、前チャンピオン、ロビンマスクの友情に依り、日本代表に選ばれたキン肉マンは勇躍出場、持ち前の強靭な身体とスピーディな動きで八面六臂の大活躍を開始します。 テリーマンやラーメンマンといった正義超人たちとのリングファイトの中キン肉マンは正義と友情にめざめ、一流の超人へと成長していく。
7人の悪魔超人との闘いを終え、自身の夢であるキン肉マンランド建設のために寄付金を集めるキン肉マン。著名人が寄付に参列するなか、空に暗雲が垂れ込め突如として現れた、メトロ星の宇宙地下プロレス連盟により、チャンピオンベルトと恋人である二階堂マリをさらわれてしまう。 ボスのオクトバスドラゴン3世はキン肉マンと改めて決着を付けるため、マリを人質に「次の日の12時までにメトロ星に来ること。一秒でも遅れれば。女を巨大怪獣ギラザウルスの餌にする」と言いつけ去って行く。 キン肉マンはテリーマンら正義超人（アイドル超人）の協力を得てメトロ星へと向かう。道中、次々と正義超人たちが自らの犠牲になることに疑念を抱き、苦悩するキン肉マンだが、チャンピオンベルトとマリの命を救うためにテリーマンと共に最後の決戦に挑む。
超人オリンピックV2達成、7人の悪魔超人撃破を果たしキン肉星へと凱旋帰国したキン肉マン。祝福のパレードの最中、キン肉族と敵対するホルモン族の女超人・ビビンバに命を狙われる。間一髪回避しビビンバを追いかけるキン肉マンだったが、負傷したビビンバの素顔を見て彼女に一目ぼれし、良い所を見せようと手当てをしたり、一族を裏切るなどアプローチをかける。そしてビビンバの父ホルモン・ヤーキの手引きにより彼女をデートに誘うが、それはホルモン・ヤーキによる罠だった。 美ヶ原にて罠にかけられ気絶したキン肉マンに剣を向けるビビンバだったが、自分を手当てしてくれた彼の優しさに触れ恋心が芽生えていた故に剣を振ることをためらう。キン肉マンは無意識にこれを破るが、見かねたキン肉大王らの手により地球へと強制送還される。 キン肉族打倒を狙うホルモン・ヤーキは、バーベキュー族のチャンピオン・シシカバ・ブーと彼に助力するブラック軍団を率いる宇宙暗黒帝王ブラック・エンペラーと手を組むことになった。しかしブラック・エンペラーは地球征服のために邪魔な正義超人打倒を目論んでいた。 そうとは知らず、キン肉マンは富士山にてビビンバを賭けシシカバ・ブーの挑戦を受ける。同じ頃、それぞれの夢を叶えるために故郷へと帰っていた正義超人たちにもブラック軍団の尖兵が襲いかかろうとしていた。
黄金のマスク編にて悪魔将軍を撃破し、地球の正義を守りぬいたキン肉マン。正義超人協会や世界各国からの謝礼で恋人の二階堂マリや幼稚園児たちとともにイースター島の見物に来ていた。同じ頃、仲間の正義超人たちもそれぞれ思い思いに過ごしていた。しかしそこに地震が起き巨大な建造物が出現。キン肉マンらのもとに宇宙の悪の支配者サタンキングの部下・古代超人軍団が現れる。仲間の正義超人たちが奮闘するもののキン肉マンは子供たちが気になり苦戦していたが、バッファローマンの手により助けられる。辛くも古代超人軍団を撃破した正義超人たちだったが、サタンキングは子供たちをさらい、正義超人に再び戦いを挑む。
ハイドラ星に潜むハイドラキング率いるかくれ超人が、宇宙征服に邪魔な正義超人打倒に乗り出し、ロビンマスクを攫い、彼が仲間たちの弱点を書き記したロビン・メモまで奪ってしまう。女王陛下は大英の誇りたる彼を救出した者の望みを叶えると言い、それを抜きにしても友を救うべく、勇んでキン肉マンたち正義超人はハイドラ星に向かう。
マリと園児たちと共に東映太秦映画村を訪れたキン肉マン。だが突如起きた落雷によって、江戸時代にタイムスリップしてしまう。そこでは悪の超人・朱天童子が将軍の娘マリ姫を狙っていた。マリにそっくりなマリ姫を守るために朱天童子と戦うキン肉マンだったが、四天王を率いる朱天童子に敗北。しかしキン骨オババの力でキン肉マンの危機を知った正義超人たちも、江戸時代にタイムスリップしてきた。マリ姫を救うため、時代を超えた戦いが始まる。
キン肉マンたちとの闘いに敗れ、宇宙にてその怨念が漂っていた悪魔将軍は人間のエネルギーを吸収して復活し、正義超人への復讐を目論んでいた。 一方、ニューヨークのヤンキースタジアムではテリーマンの合衆国栄誉賞授賞式典が行われていたが、エキシビジョンマッチに他の正義超人と共に参加する予定だったキン肉マンは、牛丼の食べすぎで下痢を起こして遅れてしまう。 キン肉マン抜きでエキシビジョンマッチが始まろうとしている中、大都会パワーに目を付けた悪魔将軍がニューヨークの大都会パワーと正義超人たちを吸収し自分の肉体としてしまう。 その後遅れて到着したキン肉マンたちが見たのは、廃墟となったニューヨークと泥人形と化した人々だった。ニューヨークの魂ビッグアップルは事の次第を教え、ここに世界に誇る高層ビルの上の特設リングでキン肉マンと悪魔将軍の再戦が始まる。
「キン肉マンとあそぼう世界の子どもたち!!」大会を無事終えたキン肉マン。記者会見によりスーパーヒーローホテルに赴くことを委員長より告げられるが、先に行ったはずのミートがさらわれてしまう。 偽委員長にミートをさらわせた鉄仮面は、ミートを人質にし交換条件として南シナ海に浮かぶインモラ島の七重の塔の戦士超人を負かし秘宝を持ち帰れば返すと約束するが、過去一族を侮辱されたことで怒り心頭に発したグレートウコン2世の手によりミートは戦士超人に引き渡され、要求を呑まざるを得なくなる。 鉄仮面は道案内に死刑囚の4771号を紹介するが、その素顔は生き延びるも身を持ち崩し、暴力沙汰を起こしたネプチューンマンであった。キン肉マンは正義超人仲間にも助勢を頼むが皆別用で断られ、そのままインモラ島へ勇躍向かう。
伝説の超人たちの戦いから数十年。今日は、新世代（ニュージェネレーション）の超人たちが地球にやって来て最初のファン感謝デーだ。ところが、そこへキン肉万太郎を抹殺すべく謎の超人、ザ・犀暴愚が乱入。その迫力に恐れをなして逃げ出した万太郎は、しかし仲間たちを傷つけ、万太郎のセコンドを務めるミートを人質に連れ去ったザ・犀暴愚に怒りを爆発させると、彼が待つ東京タワーの特設会場へ向かい激闘を開始。苦戦を強いられるも新世代の友情パワーで、見事、ザ・犀暴愚をリングに沈めることに成功する。
キン肉マンが２度の優勝を飾り、伝説の幕開けともなったこのトーナメントで、果たして万太郎は結果を残すことができるのか！？ ケビンマスク、ジェイドをはじめ、イリューヒン、ウォッシュ・アス、ヒカルド、デストラクションら優勝を狙うライバルが真剣勝負のリングへとあがる…！ どんな死闘が待っているのか？ 万太郎のあの必殺技は完成するのか…？ そしてトロフィーは誰の手に…！？
綾乃の指示で、肉としてキャストされた玉城ティナとの「キン肉マン」の実写にまつわる不思議な現象の調査を始める。 それらの3つは隠された「謎」の真実に到達することができますか？ そして、これまで誰もできなかった「キン肉マン」の実写版を作ることは可能でしょうか？ ??
