全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年――。 超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚めた。 文明が滅んだ石の世界を前に、千空は、科学の力で世界を取り戻すことを決意。 時を同じくしてよみがえった、体力自慢の幼馴染・大木大樹はじめ、仲間たちと、ゼロから文明を作り出していく――石器時代から現代文明まで、科学史200万年を駆け上がる！ 前代未聞のクラフト冒険譚、ここに開幕！
謎の現象により全人類が石化してから数千年後、異能の知性と科学志向の少年、石神千空が目覚める。石の世界と広範囲にわたる文明の崩壊に直面した千空は、自分の心を使って世界を再建することにしました。幼馴染のバカバカしいオキ・タイジュと共に、文明をゼロからリセットする旅に出る…。