ごくごく普通の街「さくらニュータウン」に暮らす、ごくごく普通の小学5年生「天野景太（ケータ）」は、ある夏の日に白い奇妙な生き物「ウィスパー」に遭遇した。 それからケータにつきまとうようになったウィスパーは、なんと妖怪だったのだ！ 不思議な時計「妖怪ウォッチ」をウィスパーから渡されたケータは、その日から街のいたるところに現れる妖怪たちが見えるようになってしまった・・・！ 日常にあふれる困ったことは、すべて妖怪の仕業だった！？ケータは困ったことを引き起こす妖怪を説得し、時には戦って問題を解決する。そして、その妖怪と友達になるんだ！
平凡な小学5年生の少年、ケータは不思議な腕時計・妖怪ウォッチを手に入れたことから、周りで騒動を起こす妖怪が目に見えるように。そんなある日、睡眠中のケータの腕から妖怪ウォッチが消えてしまう。その後、妖怪フユニャンと運命的な出会いを果たしたケータは、妖怪ウォッチを奪取するため、時を超えて60年前に向かう。しかし、そこには予想だにしない力を持つ敵が待っていた。