Pelin şirin bir kız çocuğudur. Bir şeyler öğrenmek için çok meraklıdır. Özellikle hayvanlar ve onların gizemli yaşamlarını öğrenmek için sürekli kitaplar okur, internet üzerinden çeşitli bilgiler edinir. Yeni taşındıkları ev, aynı zamanda Pelin için yeni bir maceranın başlangıcıdır. Pelin daha ilk günden taşındıkları evi ve çevresini keşfetmeye başlar. Bu arada kendi bahçesinde yaşayan Köstebekgillerden habersizdir. Köstebekgiller, Dede köstebek, Baba köstebek, Anne köstebek, Boyo, Süslü ve Bebi’den oluşan sevimli bir ailedir. Pelin ilk olarak komşusu Caner’le tanışır. Caner yaramaz bir çocuktur. Daha ilk andan itibaren Caner ve Pelin hiç anlaşamazlar. Caner, Pelin’e kötü davranmaktadır, ondan uzak durmak istemektedir. Yeryüzünde olan bu gerginlik Köstebekgiller’e de etki eder. İnsanların toprak üstünde gezinmeleri yüzünden Köstebekgillerin evi yıkılır. .
Gözünü para hırsı bürümüş bir otel sahibi olan Fahri Fırfır ve müdür Şehnaz Şıkır, ormanları yok ederek otellerini genişletmek istemektedir. Onlara meydan okuyan bir aile, yanlarında hiç beklemedikleri bir destek bulurlar: Boyo, Süslü, Kösteban, Köstepem ve Köstosun'dan oluşan köstebekler ekibi, ormanlarını korumak için ellerinden geleni yapacaklardır.
Pelin ve Caner, Köstebekgiller’in en yakın dostlarıdır. Vaktiyle, yaptığı kötülükler yüzünden, ağaca dönüşen Gölge’yi, Köstebekgiller’den Köstan Amca, iyi bir insan olması sözüne karşılık kurtarmıştır. Fakat Gölge sözünü tutmamış ve çalışmakta olduğu müzayede salonundan, Kraliçe Sora’nın tılsımlı olduğu söylenen elbisesini çalmıştır. Elbiseye dokunur dokunmaz da, içinde olan kötülükle birlikte, Köstan Amca’nın önceden yaptığı ağaç tılsımı harekete geçmiştir. Gölge yeniden ağaca dönüşmeye başlamıştır. Onu ormanda değerli taşlara ve kürklere düşkün avcı Şahane Postum bulur. Şahane, Sora’nın elbisesini görür görmez ona hayran olur ve almak ister. Ancak, elbiseye geçen Köstan Amca’nın tılsımı, elbisenin sayesinde, Şahane’yi de geyiğe dönüştürmeye başlar. Gölge bu durumdan kurtulmak için Köstan Amca’ya gitmeleri gerektiğini söyler. Ancak Köstan Amca, çoktan Köstebekya’ya doğru yola çıkmıştır.
"Köstebekgiller: Ata Tohumu Muhafızları", serinin canlı aksiyon ile animasyonun iç içe geçtiği dünyasını bu kez "ata tohum" fikrinin etrafında daha toplu ve amaçlı bir anlatıya taşıyor.