ハルヒシリーズ初の公式ギャグ漫画と同人誌で絶大な人気を誇る癒し4コマ漫画のアニメ化。 爆走団長のハルヒに、ちょっとオタクになった長門、ツッコミ担当のキョンたちが繰り広げる全く新しいハルヒワールド。
ただの人間には興味ありません！ 「この中に宇宙人、未来人、超能力者がいたら、あたしのところに来なさい。以上！」 入学早々、時を止めるような挨拶をした涼宮ハルヒ。 そんなSF小説じゃあるまいし…と、誰でもそう思う…。 しかしハルヒは心の底から真剣だった。 それに気づいたキョンをとりまく日常は、もうすでに超常になっていた…。 涼宮ハルヒが団長の学校未公式団体「SOS団」が繰り広げるSF風味の学園ストーリー。