春。散り始めた桜の下で、２人の少女が出会う。 ひとりは、黒衣マト ――天真爛漫な笑顔の裏に、 彼女自身すら気づいていない"想い"を抱えた少女。 そしてもうひとりは、小鳥遊ヨミ ――凛々しくも大人びた表情に、 誰にも打ち明けられない"秘密"を隠した少女。 時おり寂しげな顔を見せるヨミに、 マトはなぜか心かき乱される。 一方のヨミもまた、 くるくると変わるマトの表情に吸い寄せられていく。 まるで自分の欠けている部分を、 相手のなかに見出したように、 引き寄せられていく２人。 初めは遠慮がちに、 でもいつしかしっかりと握られた手と手。 運命の糸に導かれるように、 マトとヨミは"絆"を結ぶ。 だが、やがて明らかになる、ヨミの"秘密"。 そしてマトが胸の奥に秘めていた"想い"。 少女たちの心と心がぶつかりあい、 叫び声を上げ始めるとき。 そのとき、世界は変わり始める。 鋭く胸を刺す痛みとともに。 誰も予想していなかった姿へと……。
物語は、残念ながら他の人とはかなり親密なように見えるクラスメートの一人である高梨陽美とのつながりを模索している若い女子大生の黒井マトに続きます。 ある日、少女は友達を訪ねて、お気に入りの絵本をシェアする機会を得ました。 黒井が車椅子の少女、カガリ・イズリハと出会うのもヨミの家で、ヨミの親友に他ならない。 黒井が知らないのは、彼と平行して、すべての人間の分身が生き、長い間絶え間ない戦争が続いている世界があるということです。 この世界では、彼女自身の分身はブラックロックシューターと呼ばれ、神秘的な青い炎を燃やす目を持つ若い女性です...これらの2つの世界の住民の間にはつながりがありますか？