“Zaferi kim tarif ederse kazanan da odur. Gerisi, her gün sadece adı değişen, aslında bitmek bilmeyen kadim bir kavga…” diye tarif etmişti olan biteni Agah Bey. Milat, Agah Bey'in söylediği kavganın bugünkü en kızgın cephesi Milli İstihbarat Teşkilatı'nda kitabın ortasından yürüyen kahramanların hikayesidir.
ehlike adım adım yaklaşmaktadır. Güç odakları çeşitli eylemlerle Türkiye'de bir kaos ortamı oluşturmayı amaçlamaktadır. Milli İstihbarat Teşkilatı, Türkiye'nin büyümesine direnen bu odaklarla yurt içinde ve dışında etkin bir mücadele sürdürmektedir.Teşkilat, bir yandan milli enerji politikasının sekteye uğramaması için var gücüyle çalışırken, diğer yandan uluslararası bir operasyonla Türkiye'de başlatılması hedeflenen yeni bir terör dalgasının önüne geçmeyi hedeflemektedir.
Tehlike adım adım yaklaşmaktadır. Uluslararası terörist olarak nam salmış olan Asaf, teşkilatın tüm çabalarına rağmen, iç ve dış güç odaklarının katkılarıyla Türkiye’ye giriş yapar. Şimdi sıra, bu odaklarla bir araya gelen Asaf’ın, Türkiye’nin önünü kesmek için uygulayacağı terör girişimlerine engel olmaya gelmiştir. Bunun için Milli İstihbarat Teşkilatı var gücüyle çalışmaktadır. Diğer yandan ülkenin enerji politikalarını baltalamak isteyenlere karşı ünlü iş kadını Esin Alpkaya, Teşkilatla işbirliği içinde yeni bir yapılanmaya imza atacaktır.
Türkiye’ye giriş yapan uluslararası terörist Asaf, İbrahim'in organize ettiği sünnet düğününe, beklenmedik bir saldırı düzenlemiştir. Teşkilat, bu hain pusunun intikamını alabilecek mi? Çatışmada ağır yaralanan Ferhat kurtarılabilecek mi? Hamza'yı, Duru ile çıktığı akşam yemeğinde, hiç hoş olmayan bir sürpriz beklemektedir. Diğer taraftan, Gökçe, Yağız Ali ve Esin Alpkaya arasındaki ilişkiler yumağı gittikçe daha da karmaşık bir hal almaktadır.
Gökçe, İsrail’den tarifeli uçakla gelenlerin istihbaratına ulaşır. Murat Bey, bu konuda ekibini dikkatli olması yönünde uyarır. Geliş amaçları kaos, huzursuzluk ve ölüm olan bu kişilerin karşısında Hamza ve ekibi vardır. Ender Gümüş, içinde bulunduğu durumdan kurtulmak için Esin Alpkaya’dan yardım ister.
Benzincideki çatışmada yakın arkadaşı Mustafa’yı kaybeden Hamza intikam için kolları sıvar. Teşkilatın kendisinden bir şeyler sakladığını düşünen Hamza, Murat Bey’le toplantı yaparak soru işaretlerini ortadan kaldırmak ister. Şirketi ve kendi geleceği arasında bir seçim yapmak durumunda kalan Ender Gümüş, kendine ait olan hisseleri bir anlaşma yaparak Esin Alpkaya’ya devreder. Çaresiz durumuna Esin Alpkaya ile çözüm bulan Ender Gümüş, ani ölümüyle kızı Duru’yu yasa boğar. Babasının ölümündeki şüpheli durumları araştırmak isteyen Duru ise çaresizlik içinde Hamza’dan yardım ister. Hamza, Duru’nun bu isteğini geri çevirmeyerek kabul eder.
Teşkilattan istediği yanıtı alamayan Hamza, kendisine gönderilen ipucundan yola çıkar ve geçmişini daha detaylı araştırmaya başlar. Büyüdüğü yetimhaneye giderek soru işaretlerini çözmeye çalışan Hamza, istediği cevabı burada bulacak mı? İstihbaratta Murat Bey’in yardımcısı olan Gökçe, Esin Alpkaya ile aynı masaya oturur. Gökçe’nin Esin Alpkaya’yla gözlerden uzak görüşmesi istihbarat tarafından nasıl karşılanacak? Oğlu Sencer’in hastanede olduğunu öğrenen İbrahim soluğu hastanede alır.
Asaf, Yağız Ali'yi Kaçırır! Figen’i aradan çıkaran Esin Alpkaya, sonunda Yıldıray Gürata ile yüz yüze görüşür. Gökçe’yi Yıldıray’ın sağ kolu yapmak isteyen Esin Alpkaya’nın planı kafaları karıştırır. Bu durumdan rahatsız olan Gökçe, içinde bulunduğu durumu sorgulamaya başlar. Yağız Ali’yi kaçıran Asaf, Murat Bey ve teşkilata istediği darbeyi vurmaya hazırlanır. Asaf’ın yerine ulaşan teşkilat harekete geçer. Hamza ve ekibi Rafael Sami’nin en iyi adamı Reşid El Mahran’ı konuşturmaya çalışacaklardır. Binbaşının konuşmasının sakıncalı olduğunu anlayan Rafael Sami, Asaf’tan yardım isteyecektir.
Final... Hamza Duru’ya Ne Cevap Verecek? Gökçe Rafael’in Elinden Kurtulabilecek mi? Esin Alpkaya, Duru’ya birlikte hareket etme teklifiyle gelir. Esin Alpkaya’nın babasının katili olduğunu düşünen Duru, bu teklif karşısında ne yapacağını şaşırmıştır. Yalnız ve kötü günler geçiren Duru, Hamza’ya duygularını açarak ona sığınmak ister. Bu aşk itirafının ardından Hamza ne diyeceğini bilemez. Diğer yandan kafasındaki soruların cevabına ulaşmak isteyen Hamza, Dilaver’i sorguya alır ve Asaf’a ulaşmanın yollarını bulmaya çalışır. Esin Alpkaya ile bir araya gelen Asaf Rafael’den gelen son görev talebiyle harekete geçer. Gökçe’yi ele geçiren Rafael teşkilatın baskınıyla köşeye sıkışmıştır.