兵士たちは、対巨人との戦いに向けて、訓練と兵器開発に取り組んでいた。 ある日、治安統制局から派遣されたイズル(平岡祐太)は、巨人の生態を研究しているハンジ(石原さとみ)と出会う。ハンジは自身の研究室で巨人の研究を密かに進めていた。そんなハンジに興味を持ったイズルは実験室に潜入し、捕獲に成功した巨人が隔離されている事を知り……。
弓矢を得意とするサシャ(桜庭ななみ)は、仲間たちと狩猟を行ないながら生活していたが、巨人の襲撃により村を追われることに。巨人の襲撃をきっかけに、サシャは新人作業員となり日々訓練に励んでいた。 ある夜、不審な少年を発見したことから事件が起こって……。
新人作業員の中でも特に優秀なフクシ(渡部秀)とリル(武田梨奈)。リルは巨人に両親を喰われた過去を持ち、いつか訪れる巨人との戦いに備え、誰よりも強くなる為に日々の訓練に取り組んでいた。フクシはそんなリルに魅かれ、密かに想いを募らせていた。ある日、それぞれの想いを抱えた二人が交錯し、激しいバトルへと発展していく……。