Il magistrato Luca Bartoli torna in città dopo essere sfuggito a un attentato mafioso. L'amico Michele indaga su un giro di riciclaggio che coinvolge l'avvocato Villani.
Michele trova documenti compromettenti grazie a Ghedin, collaboratore di Villani. Poco dopo Ghedin viene trovato morto con una pistola accanto.
Luca non crede al suicidio di Michele. La vedova di un poliziotto gli consegna una registrazione in cui Ghedin appare terrorizzato.
Un incidente aereo in cui muore il conte Arcalli sembra collegato all'omicidio di Ghedin e conduce ancora una volta verso Villani.
La relazione tra Luca e Serena entra nell'indagine. I due confessano di essere stati insieme la notte della morte di Michele, mentre Luca lascia il proprio incarico.
Il giornalista Manni rende pubblici gli illeciti di Villani. La procura ammette che Luca aveva ragione e prepara gli arresti, ma un nuovo elemento cambia ancora il quadro.
Luca indaga sull'omicidio del ricercatore Adriano Giusti e concentra i sospetti su un collega, mentre si prepara a sposare Chiara.
Luca e il vicecommissario indagano sulla morte violenta di due biologi. Chiara confessa intanto una relazione con Stefano Magri.
L'avvocato Stefano Magri ottiene documenti su una controversa ricerca genetica e viene trovato ucciso nel proprio studio. Luca diventa il principale sospettato.
Il vicecommissario Monica Raimondi crede nell'innocenza di Luca. Una testimonianza porta alla sua scarcerazione, ma il magistrato viene comunque rinviato a giudizio.
Durante il processo emerge che il procuratore Riva è stato ricattato da Valeri e ha manipolato l'indagine. Il suo gesto estremo contribuisce a scagionare Luca.
Luca prosegue l'indagine, identifica e fa arrestare i responsabili. Sul piano personale capisce di amare ancora Chiara.
Divenuto procuratore capo, Luca accusa Catherine Fischer, che ha confessato l'omicidio del proprio amante. A difenderla arriva l'avvocato Giacomo Marzi.
Dopo la misteriosa morte di Martin Fischer, Catherine diventa l'unica erede. Luca scopre un piano legato al controllo della società farmaceutica di famiglia.
Il professor Losiani conduce una sperimentazione segreta del farmaco Roxan con gravi effetti collaterali. Luca sospetta che alcune persone siano state usate come cavie.
Luca incarica Simona di cercare prove nella clinica di Losiani. Lei trova una cartella medica decisiva sugli effetti del Roxan ma, sotto pressione, la nasconde.
Tiziana migliora grazie al Roxan. Luca viene espulso dal Senegal e scopre che Simona ha lasciato la magistratura per diventare l'avvocata di Losiani, prima di subire un grave attentato.
Sopravvissuto all'attentato, Luca riprende l'indagine con ancora più determinazione. Simona è schiacciata dalle responsabilità e dal ricatto di Losiani.