Hilsnerův obhájce ex offo, JUDr. Auředníček, se odvolal a další opravný proces byl nařízen v Písku. Mezitím se do kauzy zapojuje T. G. Masaryk, který vydává brožuru o polenském procesu, v níž poukázal na nesrovnalosti v důkazním řízení. Později je vlastními studenty, zfanatizovanými protižidovskými náladami ve společnosti, na univerzitě fyzicky napaden. Přichází další zvrat v případu – je nalezeno tělo tři čtvrtě roku pohřešované služebné Marie Klímové. Z její vraždy je obviněn opět Leopold Hilsner. Porotní soud tak pod tlakem veřejného mínění a tisku potvrzuje trest smrti na základě týchž nesmyslných důkazů jako v prvním procesu. Tentokrát je motivem vraždy sexuální úchylka a nikoliv rituální jednání. Díky úsilí Dr. Auředníčka mu je trest změněn na doživotí a Hilsner věznici opouští po 16 letech, v roce 1918.
