完全記憶能力を持つ准教授・高槻（伊野尾慧）と人のうそが分かる能力を持つ大学生・尚哉（神宮寺勇太）の謎解きミステリー。近所の小学校で「コックリさん」を巡る怪異事件が発生し、教員・まりか（志田未来）と副校長・真鍋（温水洋一）は困惑。尚哉は高槻と助手・瑠衣子（岡田結実）と共にその謎を追う。
青和大学・陸上部の期待の新入生・山崎綾音（山田杏奈）のトレーニングシューズから一本の針が見つかる。姉の琴子（金澤美穂）は「自分が何とかする」と告げるが、その直後、無数の針が突き立てられたわら人形が見つかり――― 怪異好きの民俗学准教授・高槻（伊野尾慧）の助手として、怪異事件の調査の手伝いをすることになった尚哉（神宮寺勇太）。そこに「誰かが妹を呪っている」と琴子が相談に来る。 入学以降、綾音の身辺でタオルや靴から針が見つかることが続き、記録が伸び悩んでいるというのだ。呪いというより誰かの嫌がらせなのではないかと思う尚哉。だが、そんな尚哉の思いをよそに、高槻は「素晴らしい！」と依頼を引き受けてしまう。 「周辺調査は助手にやらせましょう！」「え？」 人の嘘が歪んで聞こえる能力を得て以来、人と距離を置いて生きてきた尚哉。さりげなく人間関係を探るなど最も苦手なことなのに……警戒心をあらわにする綾音を前に案の定、大苦戦する尚哉。絶対無理だ。そう思ったその時――救世主のように偶然通りかかる同級生の難波（須賀健太）。尚哉はそこで綾音のとある言葉が歪んだのに気付く――― 一方、瑠衣子（岡田結実）は綾音のチームメイトを調べていた。陸上部の同期・細木まりな（喜多乃愛）らは綾音の才能を妬んでいるという。そんな中、尚哉は古書店で怪しい男（吉沢悠）に出会い… 人を呪う動機は古来より恨みと嫉妬。果たして高槻たちは“わら人形の怪”の真実を解き明かすことは出来るのか！？
高槻（伊野尾慧）が運営するサイト『隣のハナシ』に投稿された1本の動画。そこには洞窟の中で鬼に襲われる男の姿が…。殺到する問い合わせに困り果てた役場の依頼で調査を開始する高槻と尚哉（神宮寺勇太）、瑠衣子（岡田結実）たち。鬼伝説が残る山村の洞窟で彼らが目にしたのは額の部分に穴が開いた髑髏だった。そこに現れた、毛皮を羽織り猟銃を手にした異様な姿の老人（久保酎吉）。「鬼神様に何する気だ！」鬼気迫る表情で高槻達に迫る。その後ろには無表情に赤子を抱いた女（奥村佳恵）の姿が。女に誘われ高槻達は鬼を守る家に足を踏み入れる。
「私、幽霊を見た事があるんです」 高槻（伊野尾慧）のもとを訪ねてきたのは女優の藤谷更紗（市川由衣）。青和大在学中に女優デビュー、主演映画で注目されたがその後はパッとせず、最近は幽霊が見える『霊感女優』としてバラエティ番組などで再ブレイク中だった。そんな更紗が主演する新作映画の現場で怪異現象が起きているという。早速調査を約束する高槻だったが、更紗のマネージャー・宮原（馬渕英里何）は何故か苦い顔を浮かべる。 一方、尚哉（神宮寺勇太）は耳の不調で病院を訪れていた。中耳炎と診断され治療を受ける尚哉。帰宅すると嘘を見抜く能力が消え去っていて…。 不安を抱えたまま始まった調査。高槻は尚哉、瑠衣子（岡田結実）、難波（須賀健太）らと聞きこみを始める。だが怪異現象のたびに撮影が止まり、現場には嫌な空気が流れていた。監督の佐竹（時任勇気）には「ただの見学だ」と言ってくれと更紗に釘を刺される高槻たち。スタッフらも高槻たちをあまり歓迎していないようで…。 そんな中、突然、高槻の父の秘書・黒木（夙川アトム）が佐々倉古書店へ現れる。その場にいた高槻と佐々倉（吉沢悠）に、黒木は映画の現場で撮られた高槻の写真を突きつける。
嘘が分かる能力を失い「助手を止めさせてほしい」と尚哉（神宮寺勇太）が言う。高槻（伊野尾慧）は「分かった」と受け入れるが…。そんな中、何故か不幸続きの難波（須賀健太）が尚哉に泣きついてくる。原因は不幸の手紙にありそうだが、事もあろうに高槻は自分が代わりに呪われると言い出す。指定された５通の不幸の手紙の一通を高槻に渡す難波。その瞬間、薄暗い影が研究室を包み込み… 『隣のハナシ』に新たな相談が入る。相談者は桂木奈々子（鞘師里保）。一人暮らしの部屋で何度引っ越しても怖い体験が続くのだという。 「最初になんとか予算に合うアパートを見つけたのが…むかし、『黒髪切(くろかみきり)』が出たという場所でした」 奈々子が何かに取り憑かれたのか、それとも部屋自体に怪異が潜むのか…原因を調査すべく瑠衣子（岡田結実）と不動産屋に向かった高槻は、そこで店主の山口（螢雪次朗）と息子の雅史（金井浩人）に会う。山口は奈々子の母親と同郷だという。瑕疵物件は一度誰かに貸せば、報告義務がなくなることから、瑠衣子は山口を疑うが…。 そんな中、調査のため奈々子の部屋を訪れた高槻が不可解な転落事故で怪我を負ってしまう。 「いつか先生が本物の怪異を引き寄せてしまうんじゃないか…」 瑠衣子の不安に、高槻と距離を置いていた尚哉は自ら怪異の解明に乗り出すため、佐々倉(吉沢悠)に決意の告白をする。 「俺、嘘が分かるんです」
図書館から帰宅途中の女子中学生・美弥（横溝菜帆）。ふと気配を感じ立ち止まると、“黄色いワンピースを着た少女”がふわりと道を横切っていくのが見えた。次の瞬間……美弥に向かって大型トラックが猛スピードで突っ込んできて…。 女子中学生が“図書館のマリエさん”に呪われたかもしれないという話が高槻（伊野尾慧）のもとに舞い込んでくる。“マリエさん”とは図書館に棲みついている女子高生の幽霊で、図書館の本に書かれた数字の暗号を声に出して読むと呪われるという。 「三日以内に暗号を解かないと、マリエさんに殺されてしまう――」 聞いたことがない暗号解読型という珍しい呪いにテンションが上がる高槻。一方、尚哉（神宮寺勇太）は瑠衣子（岡田結実）の様子が少しおかしいことに気付き…。 呪われた少女・美弥は難波（須賀健太）の彼女・愛美（吉田あかり）の妹・柚香（平澤宏々路）の親友だった。美弥と柚香に話を聞き、謎を解くため難波と共に図書館へ向かう高槻。 一方、尚哉（神宮寺勇太）は留守番を命じられ高槻の研究室で手持無沙汰にしていた。ふと、とあるスクラップブックを見つける尚哉。何気なく開いたページには新聞記事が貼りつけられていた。「誘拐」「一か月後に鞍馬で発見」「12歳男児」「保護されたのは高槻彰良くん」、衝撃的な記事に尚哉は言葉を失い…。 「暗号を解くのは難しいかもしれない」 高槻の言葉に不安を募らせる美弥と柚香。図書館職員の雪村桃子（松本若菜）に話を聞こうとするが雪村は「マリエなんて知らない」と答える。呪いの発動まであと数時間。追い詰められた美弥の蒼白な顔を見た柚香は、あろうことか携帯に保存していた数字の暗号を読み上げてしまい…！？ 高槻の過去、瑠衣子の異変、呪いの悲しい背景―――淡く切ない思いから生まれた最もピュアな都市伝説、感涙必至の第6話！！
畑中の大学時代の剣道部の先輩である佐々倉（吉沢悠）から相談を受けた高槻（伊野尾慧）と尚哉（神宮寺勇太）。呪いの被害に遭ったのは記者クラブのベテラン・村田とエースと呼ばれる林だった。落ちてきたレンガで足を怪我したという村田。書棚が突然倒れ下敷きになった林。一歩間違えれば命にかかわってもおかしくない状況に畑中も怯えている様子だった。 しかし、呪いなど信じていない佐々倉は、どうも畑中が嘘を吐いている気がすると言う。佐々倉の勘を裏付けるように、畑中の言葉は一か所だけ歪んで聞こえ…。 そんな中、県警広報官の遠山宏孝（今井朋彦）との出会いが尚哉の運命を大きく揺り動かす。高槻たちの調査を見張るように、付きまとう遠山。間違いなく今回の「呪い」に何かしら関与していると判断した高槻は、遠山を問い詰める。案の定、遠山の声は歪み、思わず反応する尚哉だったが、そんな尚哉を遠山が冷たく見据える。 「――君は嘘が分かるんじゃないか？」 尚哉の秘密を知る男の登場で、事態は思わぬ方向へ。残り二話、尚哉にかけられた「孤独の呪い」は解けるのか！？ 物語はクライマックスへ加速していく――
『べっこう飴を選べば、お前は孤独になる』 人の嘘が分かる呪いをかけられてから8年。尚哉（神宮寺勇太）は高槻（伊野尾慧）とともに、再び“青い提灯の祭”に足を踏み入れる覚悟を決める。 「俺、行ってみたいです。あの祭がどういうものなのか、確かめたい」 佐々倉（吉沢悠）の運転で亡き祖父母が住んでいた村へ向かう３人。村ではもう祭は行われていないというが、祖母の知人女性（ふせえり）や謎の老人（モロ師岡）の言葉は、それが嘘であることを示していた。 一方、瑠衣子（岡田結実）は佐々倉古書店で「のろいの盆踊り」「青い提灯」などと書かれた一冊の本を手にする。高槻の身を案じた瑠衣子が知り合いの神主（ベンガル）を訊ねると、そこで得たのは、「のろいの言葉が死者を呼び起こす」という不吉な情報だった。急いで高槻に連絡を取ろうとする瑠衣子だったが…。 その頃、高槻と尚哉、佐々倉は“尚哉の記憶にある神社”にいた。村人たちが「お盆の間は行かない方が良い」と話す“お山の神社”には山神様が住むという。 「下りるのは夜8時を過ぎてから。子どもがいてはいけない祭りに行くよ」 高槻のその言葉の意味とは…。尚哉らが目にする怒涛の展開に、誰もが手に汗握る！ 凸凹バディのヒューマンミステリー第一章、ここに完結！！
Season1から1年――。完全記憶能力を持つ准教授・高槻彰良（伊野尾慧）、人の嘘が分かる大学生・深町尚哉（神宮寺勇太）のもとに、寺内一（小池徹平）がやって来る。バス転落事故で生き残った「奥多摩の奇跡の少女」に母が騙されていないか調べてほしいというのだ。一の言動に違和感を抱きつつも、生方瑠衣子（岡田結実）とともに調査を始めた高槻たち。事故現場に向かうと、目撃者の鎌田亮平（長谷川純）に出会い――。
「奥多摩の奇跡の少女」と呼ばれる刈谷愛菜（粟野咲莉）と愛菜の母・真紀子（矢田亜希子）のもとを訪れ、母・清花（高橋ひとみ）と過ごした少年時代を思い返す高槻。彼の脳裏には、一の言動も引っ掛かっていて――。そんな中、愛菜の様子で気になることがあった高槻は、尚哉たちとともに再び刈谷家にやって来る。高槻の推察が始まると、真紀子の声がゆがみ――。そして、一の真の目的が明らかに――。
「民俗学Ⅱ」を受講している学生・葉山（萩原利久）が高槻の研究室にやって来る。高槻が講義で扱っていた「百物語」を実際にやってみたいというのだ。尚哉、瑠衣子とともに、会場の廃屋に向かう高槻。すると、そこに遅れてやって来たのは、寺内一だった。不穏な空気の中、「百物語」が開催されるが――。一方、一の言動が気になっていた佐々倉健司（吉沢悠）は、今までに起きた数々の失踪事件を調べ始める。
「百物語」に参加していた栗本小春（田辺桃子）が、まるで“神隠し”にあったかのように失踪したと連絡を受ける高槻。真剣に取り合わない警察に代わって失踪の謎を解いてほしいと、高槻の研究室にやって来る小春の夫・幹夫（菅原健）。高槻は尚哉、瑠衣子とともに調査するものの手掛かりはつかめず。そんな中、高槻の父の秘書・黒木（夙川アトム）からの伝言により、数十年ぶりに高槻家に顔を出すことになった高槻だったが――。
尚哉の弱みに付け込み、尚哉を追い込んだ一の狙いを知るべく、高槻は一のもとに向かう。 一にうまくかわされてしまったものの、今回の小春の失踪も含めた“神隠し”事件には、一が絡んでいるかもしれないと推察する高槻。 そんな中、過去に尚哉と同じ怪異を体験して人の嘘が分かる千葉県警の遠山宏孝（今井朋彦）が、新たな行方不明者が出たと、高槻の研究室にやって来る。
佐々倉が独自に調査して作った地図により、失踪の原因の手掛かりを見つけた高槻。 高槻は、尚哉、瑠衣子とともに、再び小春の母・杉原聡子（宮地雅子）と父・邦明（朝倉伸二）のもとへ向かう。 一方、４歳の女の子・長谷部千里（永尾柚乃）の行方不明事件の目撃者として捜査協力をしていた一。 そこに偶然やって来た遠山は、一の証言が所々ゆがんで聞こえてきて――。
“神隠し”の謎が少しずつ明らかになってきた高槻たち。 瑠衣子の調査によって一の過去を調べた佐々倉は、一が少年時代に仲が良かったある人物にたどり着く。 それらの情報から手掛かりをつかんだ高槻は、足早に一のもとに向かうものの、すでに一の姿はなかった。 そんな中、千里を誘拐したのではないかと警察に疑われる千里の父・長谷部康介（武田航平）と麗子（佐藤めぐみ）は、ある秘密を隠していて――。
己の過去と向き合うため、少年時代の高槻が禁忌を犯した場所である大沼池近くの旅館までやって来た高槻たち。 翌日、大沼池に向かった高槻。 “神隠し”の謎、そして高槻と一の知られざる過去が明らかに――。 最大の怪異事件、Season２、ついに完結。
