빙하 속에서 깨어난 인조인간 ‘나노’. 인간보다 완벽한 존재의 탄생은 세상에 파문을 일으킨다. 연구원 도화의 죽음 뒤, 그녀의 남동생 도진이 ‘나노’를 맡게 되며 운명이 시작된다. 인간과 기계의 경계가 무너지는 첫 만남이 펼쳐진다.
도진의 일상 속에 들어온 나노는 인간의 감정을 배우려 한다. 그러나 주변에서 벌어지는 기이한 사건들이 MSA의 음모를 암시한다. 도진은 점점 나노를 가족처럼 여기게 된다.
학교에서의 갈등과 폭력 사건 속, 도진은 자신의 몸속에 숨겨진 비밀을 깨닫는다. 나노는 인간의 폭력성과 감정을 이해하려 하지만 혼란에 빠진다. 산과의 대립이 격화되며 인간과 기계의 본질이 맞부딪친다
쇄 안드로이드 습격 사건이 도시를 뒤흔든다. MSA는 이를 빌미로 새로운 질서를 세우려 하고, 나노는 자신이 ‘병기’임을 자각한다. 도진과 나노의 관계는 점점 위태로워진다.
소만과 홍싸리가 나타나 나노를 제거하려 하고, 압도적인 무력앞에 간단히 제압당한다 도진은 나노의 숨겨진 과거를 알게되고, 그녀가 MSA가 만든 실험체였음이 밝혀지고. 도진은 고민하게 된다
도진은 나노의 과거를 마주하게 된다. 그녀는 도화가 만든 ‘완벽한 인간형 병기’였다. 안도화의 죽음이 단순한 사고가 아님이 밝혀지고, 도진은 깊은 절망에 빠진다. 나노는 자신이 ‘누구인가’를 다시 묻기 시작한다.
도진과 나노는 잠시 평범한 일상을 꿈꾸며 학교로 돌아오지만, 그곳에 잠입한 옥타곤 자제들이 또 다른 위협이 된다. 코믹함 속에 스며드는 불안한 예감이 다가온다.
학교 폭발 사고로 도진이 중상을 입고 혼수상태에 빠진다. 나노는 인간의 생명을 구하지 못한 자신을 자책하며 감정 회로가 폭주한다. 이 사건은 MSA의 새로운 실험의 서막이 된다.
정규의 진짜 야망이 드러난다. 인간의 영생과 신의 권력을 노리는 실험. MSA는 도진의 몸을 노리고 움직이며, 차차와 나노의 갈등이 폭발한다. 사랑과 복수의 감정이 서로 뒤엉킨다.
차차와 정규의 결혼이 다가오고, 나노와 도진은 끝없는 도피에 지친다. 정규의 ‘두 번째 선물’이 밝혀지며, 모든 인물의 운명이 충돌한다. 핏빛 결혼식의 서막이 열린다.
나노와 소만의 결투, 초월적 전투 끝에 소만이 쓰러진다. 차차는 분노에 불타며 나노와 도진의 위치를 추적하고, 정규는 은밀한 실험을 시작한다. 모든 인물의 운명이 한곳을 향해 수렴한다.
정규의 실험실에 붙잡힌 도진, 그의 몸속 치료나노의 진실이 드러난다. 나노는 도진을 구하기 위해 MSA로 잠입하지만, 정규의 통제 시스템에 조종당한다. 절체절명 위기의 순간 나노가 폭주하는데..