Sydney erwacht in Tokio in einem Haus der CIA. Erschrocken stellt sie fest, dass zwei Jahre vergangen sind und sie sich an diese Zeit nicht erinnern kann. Als Sydney in die USA zurückkehrt, ist nichts mehr wie es war: Ihr ehemaliger Gegenspieler Sloane leitet eine humanitäre Hilfsorganisation und ihr Freund Vaughn hat eine andere Frau geheiratet.
Sydney tries to piece together the last two years of her life and discovers the fates of her friends and family. She confronts Vaughn about his marriage and learns the shocking fates of Jack and Sloane. Meanwhile, she is granted temporary CIA clearance on a case that may help her regain her memory.
Sydney vit un véritable cauchemar. Réveillée en plein coeur de Hong Kong deux ans après la bagarre avec le double de Francie, elle n'a aucun souvenir de ce qui a pu lui arriver depuis. La confrontation avec la réalité lui est des plus pénibles. Elle découvre que tout le monde la croyait morte, que Vaughn est remarié et ne travaille plus pour la CIA, que son père est en prison, que Dixon est le nouveau directeur de l'Agence et... que Sloane serait désormais dans le camp des " gentils " depuis qu'il est parvenu à monter la machine de Rambaldi !
Amikor Sydney magához tér, rájön, hogy két év kiesett az életéből. Semmire sem emlékszik. Megdöbbenten hallja, hogy szerelme, Vaugh megnősült, és hogy apja börtönben van, mivel felvette a kapcsolatot anyjával, hogy őt felkutassák. Dixon, aki időközben főnök lett, beveszi a csapatba. Sydney mindent elkövet, hogy apját kiszabadítsa, ezért olyan információkat szerez, melyekért cserébe visszaadják az apja szabadságát.
Dopo aver ricevuto alcune spiegazioni da Vaughn, Syd decide di fuggire, ma viene fermata e portata in ospedale, dove scopre che suo padre è in prigione. Per ottenere la sua scarcerazione, Syd partecipa ad una missione per recuperare un chip. Jack mostra alla figlia un filmato dove lei sta uccidendo un diplomatico russo.
Sem lembranças sobre o que aconteceu em sua vida nos últimos dois anos, Sydney luta para tentar se adaptar a uma realidade totalmente nova e confusa para ela. Sydney confronta Vaughn sobre o casamento dele e descobre chocantes informações sobre os destinos de Jack e Sloane. Enquanto isso, a CIA autoriza Sydney a participar de uma missão que talvez possa lhe ajudar a recuperar sua memória.
Sydney ha despertado en Hong Kong sin tener las más remota idea de cómo ha llegado allí. Su conmoción aumenta al descubrir que ha estado desaparecida más de dos años. Todo ha cambiado. Vaughn se ha casado, Dixon es el nuevo jefe de operaciones y su Padre ha sido confinado en una remota isla bajo el control de la CIA por haber establecido contacto con Irina, la Madre de Syd y la sexta persona más buscada por el gobierno de los Estados Unidos.
Sydney se po více než dvou letech vrací zpět do USA. Návrat není veselý, protože zjistí, že otec je ve vězení. Sydney ho hodlá osvobodit za každou cenu.
Sydney probeert de laatste twee jaar van haar leven in kaart te brengen en komt erachter wat er met haar vrienden en familie is gebeurd. Ze probeert in het reine te komen met een zowel vreemde als angstwekkende werkelijkheid. Voor haar herstel moet ze Vaughn met zijn huwelijk confronteren en leert ze de schokkende feiten over Jack en Sloane. Intussen heeft Sydney tijdelijke inzage van de CIA gekregen in een zaak die haar kan helpen haar geheugen terug te krijgen.
